147 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3813 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3813  conjugation TrbI-like protein  100 
 
 
459 aa  890  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.387098 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3982  conjugation TrbI family protein  90.63 
 
 
459 aa  729  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3647  conjugation TrbI family protein  89.32 
 
 
459 aa  734  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0441061 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4171  conjugation TrbI-like protein  42.93 
 
 
406 aa  151  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4438  conjugation TrbI-like protein  35.49 
 
 
445 aa  150  7e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6398  conjugation TrbI family protein  39.57 
 
 
403 aa  146  7e-34  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9812  type IV secretion protein AvhB10  40 
 
 
402 aa  145  2e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4556  conjugation TrbI family protein  39.46 
 
 
410 aa  141  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.451217  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6213  conjugation TrbI family protein  37.44 
 
 
444 aa  135  1e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.190231 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0160  hypothetical protein  30.2 
 
 
363 aa  128  2e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009469  Acry_3528  conjugation TrbI family protein  29.88 
 
 
378 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0178  hypothetical protein  29.8 
 
 
363 aa  124  5e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4370  conjugation TrbI family protein  37.43 
 
 
381 aa  122  1e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0042  type IV secretion system protein VirB10  30.6 
 
 
447 aa  121  2e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6153  type IV secretion system protein VirB10  32.98 
 
 
372 aa  119  8e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1667  conjugation TrbI family protein  37.57 
 
 
439 aa  117  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8219  type IV secretion system protein VirB10  31 
 
 
373 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0020  conjugation TrbI-like protein  31.1 
 
 
445 aa  114  3e-24  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0684  conjugation TrbI family protein  34.04 
 
 
391 aa  114  4e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5002  conjugation TrbI family protein  30.48 
 
 
405 aa  112  2e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.480101  normal  0.925872 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3095  conjugation TrbI family protein  30.91 
 
 
421 aa  110  4e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5821  conjugation TrbI family protein  35.75 
 
 
445 aa  108  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0174  cmgb10  31.46 
 
 
403 aa  108  3e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.224464  n/a   
 
 
-
 
NC_010509  Mrad2831_6332  conjugation TrbI family protein  29.63 
 
 
380 aa  108  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0006  type IV secretion system protein VirB10  46.51 
 
 
486 aa  108  3e-22  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.44093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7449  putative conjugal transfer protein trbI  29.26 
 
 
335 aa  106  8e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.838533  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2995  conjugation TrbI family protein  32.98 
 
 
418 aa  105  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.674957 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3991  conjugation TrbI family protein  30.63 
 
 
414 aa  106  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0367583  normal  0.111143 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9257  conjugal transfer protein TrbI  32.5 
 
 
437 aa  105  1e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0531878  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4339  conjugation TrbI-like protein  30.52 
 
 
390 aa  105  1e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.350964  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5079  conjugation TrbI family protein  32.28 
 
 
386 aa  105  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.454831  normal  0.261339 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1144  conjugation TrbI family protein  35.26 
 
 
396 aa  105  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0038  cmgB10  32.4 
 
 
391 aa  104  3e-21  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0170  conjugation TrbI family protein  35.47 
 
 
395 aa  103  4e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.238278  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1761  putative type IV secretion system protein VirB10  33.16 
 
 
409 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.359566  normal  0.289006 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0060  type IV secretion system protein VirB10  29.26 
 
 
391 aa  103  6e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0055  type IV secretion system protein VirB10  29.26 
 
 
380 aa  103  6e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0741  type IV secretion system protein VirB10  32.02 
 
 
457 aa  103  6e-21  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.177823  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3860  conjugation TrbI-like protein  29.88 
 
 
388 aa  103  7e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.757301  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8323  conjugal transfer protein TrbI  32.6 
 
 
437 aa  103  9e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.294198  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1679  type IV secretory pathway, VirB10 component  34.92 
 
 
484 aa  102  1e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.394042 
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a018  conjugal transfer protein TrbI/VirB10  29.41 
 
 
391 aa  102  2e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2232  conjugal transfer protein TrbI  31.69 
 
 
466 aa  101  3e-20  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5386  conjugal transfer protein TrbI  32.4 
 
 
430 aa  101  3e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0420791 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0860  conjugation TrbI-like protein  32.71 
 
 
402 aa  101  3e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.194892 
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4267  conjugal transfer protein TrbI  33.89 
 
 
472 aa  100  4e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.119587  hitchhiker  0.00641799 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0455  putative type IV secretion system protein VirB10  32.99 
 
 
402 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2650  putative type IV secretion system protein VirB10  33.16 
 
 
410 aa  100  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.373277  normal 
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6509  conjugal transfer protein TrbI  33.89 
 
 
473 aa  100  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6628  conjugal transfer protein TrbI  33.89 
 
 
473 aa  100  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5455  conjugation TrbI-like protein  34.46 
 
 
422 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0206751 
 
 
-
 
NC_010000  Sbal195_4698  conjugation TrbI family protein  32.57 
 
 
431 aa  99.4  1e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3836  conjugation TrbI family protein  33.85 
 
 
411 aa  98.6  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0604  conjugation TrbI family protein  34.55 
 
 
415 aa  98.6  2e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5237  conjugation TrbI-like protein  33.7 
 
 
483 aa  98.2  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2091  conjugation TrbI-like protein  34.55 
 
 
402 aa  98.2  3e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.561013  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0690  conjugation TrbI family protein  34.51 
 
 
383 aa  97.8  3e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0169  conjugation TrbI family protein  32.49 
 
 
400 aa  97.4  4e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.340419 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2690  conjugation TrbI family protein  33.87 
 
 
422 aa  97.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00708765  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0958  conjugation TrbI family protein  29.17 
 
 
397 aa  97.1  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6498  conjugation TrbI family protein  32 
 
 
414 aa  96.7  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3697  conjugation TrbI family protein  35.36 
 
 
425 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3203  conjugation TrbI family protein  30.96 
 
 
388 aa  95.9  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.71331  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0500  conjugation TrbI-like protein  31.65 
 
 
399 aa  95.9  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.167407  n/a   
 
 
-
 
NC_010679  Bphyt_7352  conjugation TrbI family protein  30.57 
 
 
432 aa  96.3  1e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.312586 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2653  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 
423 aa  95.5  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.382892  normal  0.720932 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1711  conjugation TrbI family protein  33.49 
 
 
428 aa  95.1  2e-18  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  3.1555e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2359  conjugation TrbI family protein  36.41 
 
 
427 aa  95.5  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.412444 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2887  conjugation TrbI family protein  33.51 
 
 
401 aa  95.1  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.174381 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4203  conjugation TrbI family protein  34.08 
 
 
439 aa  95.5  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.139872  normal  0.82202 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1186  conjugation TrbI family protein  26.99 
 
 
465 aa  94.7  3e-18  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2446  conjugation TrbI family protein  31.31 
 
 
417 aa  94.7  3e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7750  putative conjugal transfer protein trbI  30.71 
 
 
399 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.911232  normal  0.149579 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2013  conjugation TrbI family protein  34.41 
 
 
427 aa  94.7  3e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1325  conjugation TrbI family protein  34.64 
 
 
427 aa  94.7  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00353837  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0147  conjugation TrbI family protein  32.98 
 
 
391 aa  94.7  3e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0249  Type IV secretory pathway AvhB10 protein  32.78 
 
 
381 aa  94.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.77314 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3892  conjugation TrbI-like protein  31.03 
 
 
400 aa  94.4  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.562266  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2833  conjugation TrbI family protein  31.41 
 
 
400 aa  94.4  4e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4559  conjugal transfer protein TrbI  30 
 
 
433 aa  94.4  4e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5492  conjugal transfer protein TrbI  30.9 
 
 
426 aa  94  5e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2575  conjugal transfer TrbI transmembrane protein  32.8 
 
 
425 aa  94  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2343  conjugation TrbI family protein  31.49 
 
 
410 aa  93.6  6e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013930  TK90_2826  conjugation TrbI family protein  34.21 
 
 
446 aa  93.6  7e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1148  conjugation TrbI family protein  30.49 
 
 
412 aa  93.2  9e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5021  conjugation TrbI family protein  32.58 
 
 
450 aa  93.2  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.553821  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1291  conjugation TrbI family protein  35.16 
 
 
426 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3550  conjugation TrbI family protein  29.55 
 
 
394 aa  92.8  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1185  conjugation TrbI family protein  29.55 
 
 
394 aa  92.8  1e-17  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0054  conjugal transfer protein TrbI  28.89 
 
 
459 aa  92.8  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0429  conjugation TrbI family protein  33.87 
 
 
424 aa  92.4  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.082954  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2276  conjugation TrbI family protein  31.79 
 
 
384 aa  92  2e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.125244  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1904  conjugation TrbI family protein  33.33 
 
 
424 aa  92.4  2e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.1694  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30850  TrbI-like protein  33.87 
 
 
423 aa  92  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  1.67509e-10  unclonable  5.51965e-22 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3497  conjugation TrbI family protein  32.8 
 
 
423 aa  91.7  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2902  conjugation TrbI family protein  32.8 
 
 
420 aa  91.3  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.629829  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3373  putative conjugal transfer protein trbI  30.13 
 
 
400 aa  91.7  3e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2315  conjugation TrbI-like protein  32.98 
 
 
396 aa  91.3  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00715823  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3532  conjugation TrbI-like protein  31.16 
 
 
411 aa  90.9  4e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.404539 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2355  conjugation TrbI family protein  32.4 
 
 
428 aa  90.9  4e-17  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>