More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3795 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3795  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
665 aa  1354    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.15018  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3948  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
717 aa  161  3e-38  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0542  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.21 
 
 
719 aa  160  5e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0543  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.8 
 
 
717 aa  159  1e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3766  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
717 aa  157  4e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3822  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.72 
 
 
717 aa  157  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.834811  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0502  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.15 
 
 
717 aa  157  8e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3163  sensory box histidine kinase  37.9 
 
 
683 aa  156  9e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2539  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.86 
 
 
681 aa  156  1e-36  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3487  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.98 
 
 
717 aa  156  1e-36  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3605  ATP-binding region, ATPase-like protein  26.83 
 
 
873 aa  155  2e-36  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.83 
 
 
1383 aa  153  8e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0544  sensory box histidine kinase  34.98 
 
 
717 aa  152  3e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3952  sensor histidine kinase  36.4 
 
 
594 aa  149  2.0000000000000003e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.173157  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3330  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.09 
 
 
717 aa  147  8.000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11543  sensory transduction histidine kinase  32.61 
 
 
952 aa  140  8.999999999999999e-32  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.166055  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2786  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.84 
 
 
496 aa  137  6.0000000000000005e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00094173  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1703  PAS sensor, signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 
368 aa  137  7.000000000000001e-31  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.301457  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4442  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.19 
 
 
1267 aa  133  7.999999999999999e-30  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  34.66 
 
 
422 aa  132  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.5027  normal  0.54606 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1419  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.92 
 
 
831 aa  131  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3765  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.46 
 
 
562 aa  129  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.13531 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1559  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  31.06 
 
 
508 aa  129  2.0000000000000002e-28  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0906975 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5224  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.72 
 
 
374 aa  129  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0906  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.23 
 
 
1195 aa  128  3e-28  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5079  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.96 
 
 
695 aa  128  4.0000000000000003e-28  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.929766 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1862  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.17 
 
 
869 aa  127  8.000000000000001e-28  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.557725  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2774  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.59 
 
 
535 aa  126  1e-27  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1289  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.57 
 
 
662 aa  126  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2524  hypothetical protein  32.4 
 
 
425 aa  125  3e-27  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3546  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.72 
 
 
518 aa  125  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2988  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.37 
 
 
529 aa  125  3e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.633654  normal  0.687189 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2377  hypothetical protein  32 
 
 
425 aa  124  5e-27  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4064  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.12 
 
 
639 aa  124  5e-27  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.12518  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
761 aa  124  8e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.897805  normal  0.398669 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 
770 aa  124  8e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.3 
 
 
1055 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2410  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.86 
 
 
628 aa  123  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3299  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
757 aa  123  9.999999999999999e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4114  histidine kinase  33.05 
 
 
268 aa  122  1.9999999999999998e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0596823  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0970  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.2 
 
 
729 aa  122  1.9999999999999998e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3046  two-component sensor histidine kinase  30.52 
 
 
515 aa  122  1.9999999999999998e-26  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.3846  normal  0.30289 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2084  sensor histidine kinase  29.96 
 
 
816 aa  122  3e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.64 
 
 
941 aa  122  3e-26  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.109629  normal  0.20707 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1029  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  29.06 
 
 
371 aa  121  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.040723  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3017  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.84 
 
 
1669 aa  121  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2074  sensor histidine kinase  29.96 
 
 
816 aa  120  6e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2461  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.58 
 
 
575 aa  120  9e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1357  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.14 
 
 
1807 aa  119  9.999999999999999e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.869779  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2607  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.69 
 
 
1144 aa  119  9.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1083  GAF sensor signal transduction histidine kinase  30.86 
 
 
973 aa  120  9.999999999999999e-26  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2719  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185456  normal  0.521326 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2335  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.82 
 
 
504 aa  119  1.9999999999999998e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4119  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.22 
 
 
380 aa  119  1.9999999999999998e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.151228  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2733  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 
527 aa  119  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.219338  normal  0.282473 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2280  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  32.34 
 
 
821 aa  118  3e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2531  sensory box histidine kinase  31.34 
 
 
1053 aa  118  3.9999999999999997e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.606569  n/a   
 
 
-
 
NC_013746  Htur_4970  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.05 
 
 
361 aa  118  3.9999999999999997e-25  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.121387  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0790  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
566 aa  117  5e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.391268  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2120  multisensor signal transduction histidine kinase  22.16 
 
 
682 aa  117  6e-25  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1881  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.4 
 
 
435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.652277 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2179  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.76 
 
 
710 aa  116  1.0000000000000001e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.312055 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2336  PAS sensor protein  30.71 
 
 
350 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.870969  normal  0.135011 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5360  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.54 
 
 
515 aa  116  2.0000000000000002e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.183815  normal 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2216  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.84 
 
 
458 aa  116  2.0000000000000002e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.247022  normal  0.208758 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0323  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.81 
 
 
789 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.179581  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2115  histidine kinase  27.78 
 
 
379 aa  116  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2103  histidine kinase  28.47 
 
 
382 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4101  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.7 
 
 
786 aa  115  2.0000000000000002e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0009  sensory box histidine kinase  32.92 
 
 
499 aa  115  3e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1725  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.89 
 
 
407 aa  115  3e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11588  two-component sensor histidine kinase  28.14 
 
 
403 aa  115  3e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.339726  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2430  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29 
 
 
510 aa  115  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.475252  normal  0.0146677 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0564  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  28.16 
 
 
627 aa  115  3e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.211254  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3424  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.97 
 
 
450 aa  114  4.0000000000000004e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1660  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.42 
 
 
781 aa  115  4.0000000000000004e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4154  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.52 
 
 
493 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5112  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.68 
 
 
1252 aa  114  4.0000000000000004e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.758591 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1868  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.71 
 
 
385 aa  114  6e-24  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.34075  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2096  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.79 
 
 
1140 aa  114  6e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.166751  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2077  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein (sensor for arcA)  32.91 
 
 
492 aa  114  6e-24  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0651522  normal  0.191572 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1371  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.11 
 
 
516 aa  114  7.000000000000001e-24  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.768214  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3954  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
792 aa  114  7.000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01275  putative two-component sensor histidine kinase  30.68 
 
 
503 aa  114  8.000000000000001e-24  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.590202  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0667  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.55 
 
 
929 aa  114  8.000000000000001e-24  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2837  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.51 
 
 
716 aa  114  8.000000000000001e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3160  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.92 
 
 
389 aa  114  8.000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.350023  normal 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2049  histidine kinase  30.2 
 
 
494 aa  113  9e-24  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2494  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.04 
 
 
489 aa  113  1.0000000000000001e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.228009 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.71 
 
 
674 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3021  multi-sensor signal transduction histidine kinase  28.62 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.309239  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2870  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.74 
 
 
510 aa  113  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267269  normal  0.250305 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4599  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.52 
 
 
1029 aa  113  1.0000000000000001e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.645634  normal 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3966  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.91 
 
 
817 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0270  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.08 
 
 
626 aa  113  1.0000000000000001e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2639  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  32 
 
 
396 aa  112  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.136447  normal  0.717158 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3764  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  30.3 
 
 
538 aa  112  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.180542  normal  0.0415669 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2359  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 
767 aa  112  2.0000000000000002e-23  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5844  Bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)-like protein  31.4 
 
 
529 aa  112  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.533062 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>