181 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3794 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3794  TRAG protein  100 
 
 
668 aa  1367  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3988  TRAG family protein  90.3 
 
 
670 aa  1224  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.420427  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3655  TRAG family protein  90.4 
 
 
667 aa  1201  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.291322  decreased coverage  2.44512e-06 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6143  type IV secretion system protein VirD4  35.68 
 
 
548 aa  295  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8210  type IV secretion system protein VirD4  35.01 
 
 
663 aa  284  4e-75  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.493038  n/a   
 
 
-
 
NC_009508  Swit_5000  TRAG family protein  30.55 
 
 
670 aa  201  3e-50  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4554  TRAG family protein  29.82 
 
 
695 aa  194  3e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.337664  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0739  type IV secretion system component VirD4  30.08 
 
 
641 aa  194  4e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5823  TRAG family protein  30.31 
 
 
651 aa  193  9e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6396  TRAG family protein  27.8 
 
 
699 aa  189  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.969912  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4169  TRAG protein  27.8 
 
 
678 aa  187  8e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9810  conjugative coupling protein  27 
 
 
699 aa  186  1e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2451  TRAG family protein  27.47 
 
 
559 aa  185  2e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.885622  normal 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0247  putative type IV secretory pathway protein VirD4  31.71 
 
 
648 aa  186  2e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.865084 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4436  TRAG protein  28.98 
 
 
714 aa  184  4e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0008  type IV secretion system component VirD4  30.3 
 
 
648 aa  184  6e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.325178  n/a   
 
 
-
 
NC_009432  Rsph17025_4368  TRAG family protein  32.22 
 
 
713 aa  179  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.538935 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0040  type IV secretion system component VirD4  29.14 
 
 
714 aa  179  2e-43  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0018  type IV secretion system component VirD4  29.14 
 
 
723 aa  179  2e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.512537  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0862  TRAG family protein  28.21 
 
 
677 aa  172  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.777114 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0180  hypothetical protein  28.16 
 
 
633 aa  171  4e-41  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4192  TRAG family protein  28.64 
 
 
570 aa  167  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4843  TRAG protein  28.31 
 
 
557 aa  166  1e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3323  TRAG family protein  28.31 
 
 
570 aa  166  2e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0162  hypothetical protein  30.59 
 
 
633 aa  164  7e-39  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012040  Cla_a021  conjugal transfer protein TraG/VirD4  25.13 
 
 
598 aa  161  5e-38  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0458  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.27 
 
 
593 aa  160  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.626492  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6495  TRAG family protein  29.63 
 
 
583 aa  158  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2647  putative Type IV secretory pathway protein VirD4  28.91 
 
 
576 aa  158  3e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.452126  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0515  conjugal transfer coupling protein TraG  29.05 
 
 
662 aa  157  6e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.246818  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2025  conjugal transfer coupling protein TraG  27.1 
 
 
678 aa  155  2e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0172  TRAG family protein  28.37 
 
 
594 aa  155  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.218422 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1833  conjugal transfer coupling protein TraG  26.17 
 
 
687 aa  155  2e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1764  putative type IV secretory pathway protein VirD4  28.57 
 
 
575 aa  152  2e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.347607  normal  0.197247 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3825  conjugal transfer coupling protein TraG  27.97 
 
 
666 aa  151  3e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0751  conjugal transfer coupling protein TraG  28.06 
 
 
661 aa  151  4e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3689  conjugal transfer coupling protein TraG  27.04 
 
 
676 aa  150  9e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0589  conjugal transfer coupling protein TraG  28.27 
 
 
659 aa  148  2e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2876  conjugal transfer coupling protein TraG  28.72 
 
 
662 aa  148  3e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.333866 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7739  conjugal transfer coupling protein TraG  25.92 
 
 
661 aa  147  7e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.477093 
 
 
-
 
NC_008790  CJJ81176_pTet0040  cmgD4  25.5 
 
 
603 aa  145  2e-33  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1493  conjugal transfer coupling protein TraG  26.24 
 
 
700 aa  145  2e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00200644  normal  0.246461 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2256  conjugal transfer coupling protein TraG  27.07 
 
 
573 aa  145  3e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2344  conjugal transfer coupling protein TraG  26.73 
 
 
723 aa  145  3e-33  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.743545  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0142  conjugal transfer coupling protein TraG  26.53 
 
 
674 aa  145  3e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3084  conjugal transfer coupling protein TraG  27.82 
 
 
661 aa  144  4e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.847978  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2586  conjugal transfer coupling protein TraG  26.56 
 
 
675 aa  142  1e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1649  TRAG family protein  26.97 
 
 
823 aa  143  1e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3849  conjugal transfer coupling protein TraG  26.6 
 
 
664 aa  142  2e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00986433  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2643  conjugal transfer coupling protein TraG  25.73 
 
 
672 aa  142  2e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3708  conjugal transfer coupling protein TraG  24.91 
 
 
669 aa  141  4e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2818  conjugal transfer coupling protein TraG  27.59 
 
 
660 aa  141  4e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.443273  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2913  conjugal transfer coupling protein TraG  25.24 
 
 
665 aa  141  4e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1196  conjugal transfer coupling protein TraG  27.62 
 
 
663 aa  140  5e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0400673  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3539  conjugal transfer coupling protein TraG  27.62 
 
 
663 aa  140  5e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35740  conjugal transfer coupling protein TraG  26.11 
 
 
666 aa  140  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0968  conjugal transfer coupling protein TraG  26.03 
 
 
666 aa  140  9e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1893  conjugal transfer coupling protein TraG  25.38 
 
 
670 aa  140  1e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3188  conjugal transfer coupling protein TraG  25.94 
 
 
669 aa  140  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4193  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 
663 aa  139  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008771  Veis_5019  TRAG family protein  24.7 
 
 
758 aa  139  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2618  conjugal transfer coupling protein TraG  27 
 
 
687 aa  137  4e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3508  conjugal transfer coupling protein TraG  24.73 
 
 
667 aa  137  4e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4007  conjugal transfer coupling protein TraG  26.51 
 
 
659 aa  138  4e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.521585 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3903  conjugal transfer coupling protein TraG  26.06 
 
 
665 aa  137  5e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.342715  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3356  conjugal transfer coupling protein TraG  26.76 
 
 
666 aa  137  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.456046  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1548  conjugal transfer coupling protein TraG  25 
 
 
664 aa  137  7e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.11101  normal  0.84656 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30960  conjugal transfer coupling protein TraG  25.2 
 
 
666 aa  137  7e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  5.01937e-10  unclonable  1.70004e-21 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2701  conjugal transfer coupling protein TraG  25.1 
 
 
669 aa  137  9e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.143285  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2327  conjugal transfer coupling protein TraG  27.37 
 
 
662 aa  136  1e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.58309  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0440  conjugal transfer coupling protein TraG  24.9 
 
 
673 aa  136  1e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0724  conjugal transfer coupling protein TraG  25.74 
 
 
668 aa  136  1e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1506  conjugal transfer coupling protein TraG  26.48 
 
 
661 aa  135  2e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.600925 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3548  conjugal transfer coupling protein TraG  25.41 
 
 
664 aa  134  5e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3193  conjugal transfer coupling protein TraG  25.66 
 
 
661 aa  134  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0684551  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0320  conjugal transfer coupling protein TraG  26.88 
 
 
661 aa  134  7e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0236522  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2348  conjugal transfer coupling protein TraG  25.47 
 
 
669 aa  133  9e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.801098 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1280  conjugal transfer coupling protein TraG  26.84 
 
 
665 aa  133  9e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0701  conjugal transfer coupling protein TraG  27.94 
 
 
661 aa  133  1e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0894  TRAG family protein  27.11 
 
 
627 aa  132  2e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3006  conjugal transfer coupling protein TraG  25.24 
 
 
663 aa  132  2e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2002  conjugal transfer coupling protein TraG  25.32 
 
 
665 aa  132  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0417239  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1339  conjugal transfer coupling protein TraG  25.38 
 
 
664 aa  130  5e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.953058  normal  0.786812 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7522  TRAG family protein  26.09 
 
 
601 aa  129  1e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.445518  normal  0.175078 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1733  conjugal transfer coupling protein TraG  25.76 
 
 
660 aa  129  2e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7438  conjugal transfer coupling protein TraG  25.91 
 
 
660 aa  129  2e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.291662  normal  0.932105 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5331  TRAG family protein  25.82 
 
 
658 aa  128  4e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.390385 
 
 
-
 
NC_008770  CJJ81176_pVir0007  hypothetical protein  25 
 
 
628 aa  128  4e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1023  conjugal transfer coupling protein TraG  25.92 
 
 
660 aa  127  9e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2530  TRAG family protein  25.82 
 
 
661 aa  126  1e-27  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.684984  normal 
 
 
-
 
NC_009777  VIBHAR_p08203  conjugal transfer protein TraK  26.03 
 
 
592 aa  124  6e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0170  cmgd4  24.07 
 
 
658 aa  122  3e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.035471  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6215  TRAG family protein  24.18 
 
 
902 aa  118  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.371474 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0686  conjugal transfer coupling protein TraG  25.28 
 
 
756 aa  118  4e-25  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1185  TRAG family protein  30.6 
 
 
630 aa  117  6e-25  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0262  TRAG family protein  27.23 
 
 
809 aa  117  7e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.963876  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1699  TraG/TraD family protein  27.23 
 
 
834 aa  116  1e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1398  TRAG family protein  27.23 
 
 
828 aa  116  2e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.277319  normal 
 
 
-
 
NC_011351  ECH74115_A0017  conjugal transfer protein TraK  23.83 
 
 
655 aa  109  2e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1316  TRAG family protein  24.05 
 
 
670 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>