More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3785 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  100 
 
 
792 aa  1568  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  41.37 
 
 
561 aa  239  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  39.83 
 
 
589 aa  239  2e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  30.29 
 
 
833 aa  198  3e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  37.99 
 
 
1462 aa  189  1e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  29.15 
 
 
1043 aa  162  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  41.67 
 
 
322 aa  162  3e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  42.58 
 
 
353 aa  147  5e-34  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  35.79 
 
 
425 aa  140  8e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  36.41 
 
 
369 aa  140  1e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  41.57 
 
 
207 aa  138  4e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  41.67 
 
 
387 aa  138  5e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  45.58 
 
 
207 aa  137  8e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  37.63 
 
 
220 aa  137  8e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  39.77 
 
 
232 aa  133  1e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  32.9 
 
 
526 aa  132  2e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  36.68 
 
 
530 aa  130  1e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  31.96 
 
 
398 aa  128  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  28.31 
 
 
767 aa  128  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  38.67 
 
 
352 aa  125  3e-27  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  33.95 
 
 
340 aa  124  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  37.72 
 
 
364 aa  123  1e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  35.43 
 
 
342 aa  121  4e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  28.87 
 
 
854 aa  121  6e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  35.23 
 
 
477 aa  120  8e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  30.72 
 
 
950 aa  119  2e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  34.87 
 
 
356 aa  110  8e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  34.87 
 
 
354 aa  110  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  41.46 
 
 
447 aa  108  3e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  46.26 
 
 
465 aa  107  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  38.78 
 
 
516 aa  107  9e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  33.17 
 
 
319 aa  107  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  31.02 
 
 
452 aa  105  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  34.97 
 
 
351 aa  104  7e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  38.96 
 
 
343 aa  101  7e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  36.67 
 
 
594 aa  99.8  2e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  33.75 
 
 
418 aa  98.6  4e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  32.48 
 
 
1503 aa  98.2  5e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  36.05 
 
 
465 aa  95.9  2e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  35.14 
 
 
363 aa  95.1  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  38.65 
 
 
308 aa  94.7  6e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  35.87 
 
 
342 aa  94.7  6e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  34.48 
 
 
346 aa  94.4  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  33.56 
 
 
499 aa  94.4  9e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  34.02 
 
 
641 aa  93.6  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  36.55 
 
 
848 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  37.24 
 
 
469 aa  92.8  2e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  36.11 
 
 
1050 aa  93.2  2e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  40 
 
 
346 aa  92.4  3e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  31.62 
 
 
493 aa  89.4  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  34.59 
 
 
283 aa  89  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  34.48 
 
 
743 aa  87.4  1e-15  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0803  5'-nucleotidase  49.15 
 
 
2667 aa  85.5  4e-15  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  33.54 
 
 
460 aa  84.7  6e-15  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2591  cadherin  44.74 
 
 
2145 aa  82  3e-14  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.213456 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0804  hemolysin-type calcium-binding region  56.47 
 
 
2885 aa  82.8  3e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2124  hemolysin-type calcium-binding region  49.49 
 
 
946 aa  81.3  6e-14  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1564  5'-Nucleotidase domain protein  52 
 
 
2775 aa  81.3  6e-14  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0805  glycerophosphoryl diester phosphodiesterase  51.49 
 
 
1236 aa  81.3  6e-14  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5060  hemolysin-type calcium-binding region  33.33 
 
 
396 aa  80.1  1e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2501  Cadherin  38.78 
 
 
942 aa  79  4e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.390828  normal  0.873412 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1919  hypothetical protein  47.87 
 
 
1526 aa  78.6  5e-13  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.369591  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2206  Cadherin  30.5 
 
 
928 aa  77.8  8e-13  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.802036  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2550  putative outer membrane adhesin like protein  30.89 
 
 
3598 aa  77.8  8e-13  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5032  hemolysin-type calcium-binding region  31.92 
 
 
387 aa  77.4  9e-13  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.867375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0281  protein of unknown function DUF839  46 
 
 
686 aa  77.4  9e-13  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0405  hemolysin-type calcium-binding region  45.83 
 
 
709 aa  77.4  9e-13  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  28.23 
 
 
738 aa  77.4  9e-13  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1874  Hemolysin-type calcium-binding region  31.44 
 
 
4334 aa  77.4  9e-13  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4754  Na-Ca exchanger/integrin-beta4  35.93 
 
 
3427 aa  77  1e-12  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06445  bifunctional hemolysin-adenylate cyclase  30.48 
 
 
860 aa  77  1e-12  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3154  heme peroxidase  52.81 
 
 
3619 aa  76.3  2e-12  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.468866 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1504  cadherin  56.1 
 
 
1421 aa  76.3  2e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0750801  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  34.38 
 
 
332 aa  76.6  2e-12  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1905  putative outer membrane adhesin like proteiin  53.49 
 
 
1963 aa  76.6  2e-12  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.849124 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2561  heme peroxidase  52.81 
 
 
3619 aa  76.6  2e-12  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.59491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1662  hemolysin-type calcium-binding region  36.63 
 
 
260 aa  76.3  2e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4552  glycoside hydrolase family protein  54.22 
 
 
686 aa  76.3  2e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.4064 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0798  hypothetical protein  48.84 
 
 
1538 aa  76.3  2e-12  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0640  Hemolysin-type calcium-binding region  41.91 
 
 
572 aa  76.3  2e-12  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.128085  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4079  sulfate ABC transporter, periplasmic sulfate-binding protein  46.49 
 
 
485 aa  75.5  3e-12  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.237943  normal  0.0279439 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1871  Hemolysin-type calcium-binding region  27.98 
 
 
1855 aa  75.9  3e-12  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0127507  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1696  metallophosphoesterase  52.17 
 
 
2105 aa  75.9  3e-12  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  30.81 
 
 
338 aa  75.9  3e-12  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0627  peptidase M10, serralysin-like protein  50 
 
 
606 aa  75.5  4e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0249  putative calcium binding hemolysin protein  28.67 
 
 
1499 aa  75.5  4e-12  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.74922  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  30.61 
 
 
292 aa  75.5  4e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1566  outer membrane adhesin like proteiin  43.94 
 
 
1712 aa  75.5  4e-12  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.6196  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1697  endonuclease/exonuclease/phosphatase  51.09 
 
 
1795 aa  75.1  5e-12  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2370  Ig family protein  31.63 
 
 
2954 aa  74.7  6e-12  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1701  5'-nucleotidase domain-containing protein  44.35 
 
 
980 aa  73.9  1e-11  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.507606  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2776  hemolysin-type calcium-binding toxin  51.65 
 
 
280 aa  73.9  1e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.784877 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0008  Hemolysin-type calcium-binding region  49 
 
 
2336 aa  73.6  1e-11  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1795  Allergen V5/Tpx-1 family protein  41.84 
 
 
421 aa  73.2  2e-11  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.797719 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0514  RTX toxins and related Ca2+-binding protein  46.02 
 
 
1279 aa  73.6  2e-11  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5158  hemolysin-type calcium-binding region  47.47 
 
 
1534 aa  73.2  2e-11  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.316127  normal  0.475522 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3871  RTX toxins and related Ca2+-binding protein-like protein  51.69 
 
 
1164 aa  73.2  2e-11  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.318671  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4004  hemolysin-type calcium-binding region  33.21 
 
 
424 aa  73.2  2e-11  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0262  Hemolysin-type calcium-binding region  44.04 
 
 
729 aa  73.2  2e-11  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4191  hemolysin-type calcium-binding region  54.22 
 
 
982 aa  72.8  2e-11  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.735923  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>