More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3775 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007802  Jann_0076  UDP-glucose 6-dehydrogenase  79.49 
 
 
434 aa  731  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0653  UDP-glucose 6-dehydrogenase  76.5 
 
 
434 aa  692  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0616726  n/a   
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3775  UDP-glucose 6-dehydrogenase  100 
 
 
434 aa  889  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4098  hypothetical protein  75.12 
 
 
464 aa  667  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.197765  normal  0.22433 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0579  UDP-glucose 6-dehydrogenase  75.58 
 
 
437 aa  677  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0396175  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2306  UDP-glucose 6-dehydrogenase  76.5 
 
 
434 aa  692  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.595452  normal  0.13158 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2489  UDP-glucose 6-dehydrogenase  64.52 
 
 
436 aa  566  1e-160  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.656583  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5192  nucleotide sugar dehydrogenase  63.36 
 
 
440 aa  556  1e-157  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.602765  normal  0.0285875 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3370  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60 
 
 
438 aa  541  1e-153  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0953  nucleotide sugar dehydrogenase  61.87 
 
 
447 aa  542  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3681  nucleotide sugar dehydrogenase  61.2 
 
 
433 aa  544  1e-153  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.72238  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0795  nucleotide sugar dehydrogenase  59.68 
 
 
434 aa  544  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2639  nucleotide sugar dehydrogenase  59.68 
 
 
434 aa  543  1e-153  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.404662  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1839  nucleotide sugar dehydrogenase  61.43 
 
 
434 aa  541  1e-153  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.158743  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1947  nucleotide sugar dehydrogenase  62.9 
 
 
463 aa  540  1e-152  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.620289  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3252  nucleotide sugar dehydrogenase  61.66 
 
 
438 aa  540  1e-152  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.597555 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2224  nucleotide sugar dehydrogenase  61.66 
 
 
434 aa  539  1e-152  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.339815 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0333  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.36 
 
 
438 aa  540  1e-152  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0688  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.55 
 
 
437 aa  539  1e-152  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.565249  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3028  nucleotide sugar dehydrogenase  61.66 
 
 
438 aa  540  1e-152  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.223709 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3235  nucleotide sugar dehydrogenase  58.66 
 
 
442 aa  539  1e-152  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2987  nucleotide sugar dehydrogenase  58.89 
 
 
441 aa  539  1e-152  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0273296  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4824  nucleotide sugar dehydrogenase  61.61 
 
 
435 aa  540  1e-152  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3217  nucleotide sugar dehydrogenase  61.2 
 
 
438 aa  538  1e-152  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3551  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.83 
 
 
438 aa  540  1e-152  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1948  nucleotide sugar dehydrogenase  60.97 
 
 
434 aa  535  1e-151  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.286781  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2329  nucleotide sugar dehydrogenase  60.37 
 
 
439 aa  537  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.129467 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0775  nucleotide sugar dehydrogenase  62.59 
 
 
452 aa  535  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4606  nucleotide sugar dehydrogenase  61.52 
 
 
456 aa  536  1e-151  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.094228  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2755  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.29 
 
 
436 aa  532  1e-150  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7353  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.75 
 
 
439 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.870632  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1585  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.67 
 
 
435 aa  532  1e-150  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1921  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.3 
 
 
434 aa  530  1e-149  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.455282  normal  0.479029 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4548  nucleotide sugar dehydrogenase  62.44 
 
 
436 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4156  UDP-glucose 6-dehydrogenase  61.29 
 
 
438 aa  530  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2116  UDP-glucose 6-dehydrogenase  62.3 
 
 
438 aa  525  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1593  UDP-glucose 6-dehydrogenase  60.83 
 
 
436 aa  524  1e-147  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.76 
 
 
433 aa  523  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0543  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  58.99 
 
 
433 aa  520  1e-146  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.873021 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3255  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.29 
 
 
434 aa  515  1e-145  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.564317  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  58.29 
 
 
451 aa  514  1e-144  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0608813  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2380  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  60.37 
 
 
436 aa  510  1e-143  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.289477  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0785  nucleotide sugar dehydrogenase  57.6 
 
 
449 aa  496  1e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.180354  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1502  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.84 
 
 
438 aa  472  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.842125  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5066  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.13 
 
 
440 aa  472  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0866  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.25 
 
 
467 aa  473  1e-132  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.359864 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3767  nucleotide sugar dehydrogenase  53.56 
 
 
473 aa  471  1e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0312169 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1714  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.53 
 
 
436 aa  465  1e-130  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1853  nucleotide sugar dehydrogenase  54.88 
 
 
441 aa  466  1e-130  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.85941  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22770  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.59 
 
 
460 aa  457  1e-127  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1348  UDP-glucose 6-dehydrogenase  56.09 
 
 
460 aa  453  1e-126  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.233315  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1352  UDP-glucose 6-dehydrogenase  51.96 
 
 
443 aa  454  1e-126  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  4.65012e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4414  UDP-glucose 6-dehydrogenase  54.25 
 
 
478 aa  451  1e-125  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1110  nucleotide sugar dehydrogenase  50.81 
 
 
446 aa  443  1e-123  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.6072  unclonable  4.37012e-08 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0476  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.79 
 
 
474 aa  442  1e-123  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.10273  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0545  UDP-glucose 6-dehydrogenase  53.56 
 
 
474 aa  441  1e-122  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2363  nucleotide sugar dehydrogenase  50.91 
 
 
448 aa  435  1e-121  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  6.5452e-07  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG1143  sugar dehydrogenase  51.07 
 
 
522 aa  434  1e-120  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4447  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.98 
 
 
438 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4305  UDP-glucose 6-dehydrogenase  52.95 
 
 
436 aa  432  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.434047  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2536  nucleotide sugar dehydrogenase  50 
 
 
427 aa  433  1e-120  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.171539 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0064  nucleotide sugar dehydrogenase  49.77 
 
 
442 aa  431  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0265709  normal  0.16241 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3094  nucleotide sugar dehydrogenase  47.06 
 
 
440 aa  429  1e-119  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0210  UDP-glucose 6-dehydrogenase  55.17 
 
 
453 aa  431  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4460  nucleotide sugar dehydrogenase  52.27 
 
 
436 aa  427  1e-118  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4441  nucleotide sugar dehydrogenase  52.05 
 
 
435 aa  426  1e-118  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3001  nucleotide sugar dehydrogenase  48.28 
 
 
438 aa  426  1e-118  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1859  nucleotide sugar dehydrogenase  47.29 
 
 
466 aa  420  1e-116  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3925  nucleotide sugar dehydrogenase  49.2 
 
 
437 aa  419  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107099  normal  0.0149623 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3615  nucleotide sugar dehydrogenase  49.2 
 
 
437 aa  419  1e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.285308  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3394  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.7 
 
 
440 aa  415  1e-115  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.852833  normal  0.0959511 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0901  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.7 
 
 
440 aa  415  1e-115  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.665804  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0894  nucleotide sugar dehydrogenase  48.23 
 
 
449 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0956  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.62 
 
 
444 aa  412  1e-114  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2782  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  48.05 
 
 
457 aa  411  1e-114  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0920  nucleotide sugar dehydrogenase  48.23 
 
 
449 aa  412  1e-114  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0799029  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2487  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.07 
 
 
442 aa  414  1e-114  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3526  nucleotide sugar dehydrogenase  48.51 
 
 
443 aa  414  1e-114  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1003  nucleotide sugar dehydrogenase  48.53 
 
 
445 aa  412  1e-114  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.783372 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1121  nucleotide sugar dehydrogenase  48.08 
 
 
447 aa  405  1e-112  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.396392  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1185  nucleotide sugar dehydrogenase  48.74 
 
 
437 aa  405  1e-112  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0821  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase family protein  46.49 
 
 
445 aa  407  1e-112  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1430  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  47.19 
 
 
450 aa  408  1e-112  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  2.89789e-09  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0698  nucleotide sugar dehydrogenase  49.08 
 
 
459 aa  405  1e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1116  nucleotide sugar dehydrogenase  48.74 
 
 
437 aa  406  1e-112  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2308  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.52 
 
 
450 aa  408  1e-112  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000179328  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1816  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.2 
 
 
453 aa  406  1e-112  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1534  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.07 
 
 
445 aa  404  1e-111  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1022  UDP-glucose 6-dehydrogenase  47.3 
 
 
452 aa  402  1e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  9.93362e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4589  UDP-glucose/GDP-mannose dehydrogenase  46.24 
 
 
462 aa  402  1e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.272386  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1513  nucleotide sugar dehydrogenase  46.9 
 
 
437 aa  402  1e-111  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0500  nucleotide sugar dehydrogenase  46.45 
 
 
440 aa  404  1e-111  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.64439  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1408  nucleotide sugar dehydrogenase  46.49 
 
 
445 aa  403  1e-111  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0334536  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1057  UDP-glucose 6-dehydrogenase  48.42 
 
 
437 aa  402  1e-111  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2477  UDP-glucose 6-dehydrogenase  46.29 
 
 
471 aa  402  1e-111  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.0541405  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1502  nucleotide sugar dehydrogenase  46.49 
 
 
445 aa  402  1e-111  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.239103  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1850  nucleotide sugar dehydrogenase  46.27 
 
 
464 aa  404  1e-111  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0961  UDP-glucose dehydrogenase  46.71 
 
 
440 aa  402  1e-111  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.837953  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1466  UDP-glucose 6-dehydrogenase  46.52 
 
 
445 aa  400  1e-110  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.434969  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0463  nucleotide sugar dehydrogenase subfamily protein  46.7 
 
 
440 aa  399  1e-110  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>