More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3773 on replicon NC_008042
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009429  Rsph17025_3692  hypothetical protein  70.07 
 
 		 468 aa  671    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.576535  normal  0.38395 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1423  ParA family ATPase  69.87 
 
 		 468 aa  665    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.273364  n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4265  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  75.96 
 
 		 462 aa  717    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.383224 
 
 
-
 
NC_009956  Dshi_3855  cobyrinic acid ac-diamide synthase  84.8 
 
 		 463 aa  799    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.743489  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_4242  hypothetical protein  82.47 
 
 		 484 aa  759    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.514474 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3773  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  100 
 
 		 469 aa  960    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.200831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3406  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  68.91 
 
 		 487 aa  656    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.798032 
 
 
-
 
NC_009007  RSP_3840  ATPase, ParA type  82.02 
 
 		 484 aa  758    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.535208  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4082  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  81.96 
 
 		 484 aa  764    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.525863  normal  0.173158 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3493  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  70.09 
 
 		 468 aa  668    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.770946  normal  1 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4213  cobyrinic acid ac-diamide synthase  68.97 
 
 		 466 aa  626  1e-178  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4322  hypothetical protein  36.34 
 
 		 435 aa  240  4e-62  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.131093 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_2483  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  36.34 
 
 		 435 aa  240  4e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.111676  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2913  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.29 
 
 		 434 aa  215  9.999999999999999e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018827  normal  0.268848 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8000  replication protein A  30.71 
 
 		 371 aa  178  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4517  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.5 
 
 		 401 aa  166  5.9999999999999996e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4281  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.59 
 
 		 407 aa  163  7e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1104  replication protein RepA  28.82 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.00000233941  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4789  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.08 
 
 		 387 aa  161  2e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.076168  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1202  replication protein RepA  28.82 
 
 		 397 aa  160  3e-38  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0606445  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6054  plasmid partitioning protein RepA  31.27 
 
 		 398 aa  157  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011986  Avi_9800  replication protein A  29.27 
 
 		 409 aa  156  9e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3736  plasmid partitioning protein RepA  32.77 
 
 		 408 aa  155  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4089  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.22 
 
 		 398 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.563893 
 
 
-
 
NC_009622  Smed_6490  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28 
 
 		 404 aa  155  2e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.305992  normal  0.932958 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5615  plasmid partitioning protein RepA  30.22 
 
 		 408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.967203  normal  0.199114 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7000  replication protein A  28.25 
 
 		 408 aa  154  2.9999999999999998e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6317  plasmid partitioning protein RepA  29.69 
 
 		 405 aa  153  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008760  Pnap_4693  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  33.51 
 
 		 397 aa  154  5e-36  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0183804  normal  0.0975853 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9501  replication protein A  30.31 
 
 		 405 aa  153  7e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.222629  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7204  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.45 
 
 		 383 aa  153  7e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.442713 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4543  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.26 
 
 		 404 aa  153  8e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.250901  n/a   
 
 
-
 
NC_009958  Dshi_4104  cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.93 
 
 		 397 aa  153  8e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.324179  normal  1 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_4023  ATPase, ParA type  29.7 
 
 		 392 aa  152  1e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.845906  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4689  plasmid partitioning protein RepA  31.34 
 
 		 402 aa  151  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.10454  normal  0.803552 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5555  plasmid partitioning protein RepA  28.74 
 
 		 405 aa  152  2e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.661673 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3561  plasmid partitioning protein RepA  29.31 
 
 		 405 aa  152  2e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0949194  normal  0.167025 
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0001  putative replication protein A  30.95 
 
 		 408 aa  151  2e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal  0.323301 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6108  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.39 
 
 		 411 aa  151  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6501  plasmid partitioning protein RepA  29.7 
 
 		 404 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4671  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.57 
 
 		 397 aa  150  6e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8703  plasmid partitioning protein RepA  29.03 
 
 		 403 aa  150  7e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9001  replication protein A  30.35 
 
 		 399 aa  149  7e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009670  Oant_4822  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.89 
 
 		 408 aa  149  1.0000000000000001e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0379935  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5377  plasmid partitioning protein RepA  29.85 
 
 		 405 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.408708  normal  0.131402 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5873  plasmid partitioning protein RepA  30.79 
 
 		 405 aa  148  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.128849  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3591  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.87 
 
 		 400 aa  145  1e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4532  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.61 
 
 		 400 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5912  plasmid partitioning protein RepA  28.81 
 
 		 408 aa  144  3e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.334298  normal  0.0281794 
 
 
-
 
NC_009508  Swit_4955  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.33 
 
 		 383 aa  144  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5480  plasmid partitioning protein RepA  30.05 
 
 		 405 aa  143  6e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009671  Oant_4711  cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.77 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4571  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  29.56 
 
 		 404 aa  142  9.999999999999999e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4190  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  30.11 
 
 		 400 aa  142  9.999999999999999e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5000  replication protein A  27.29 
 
 		 420 aa  142  9.999999999999999e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3276  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.34 
 
 		 410 aa  141  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.572814  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5463  plasmid partitioning protein RepA  26.87 
 
 		 397 aa  141  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.328009 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8198  replication protein A  28.81 
 
 		 403 aa  141  3e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5035  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  31.34 
 
 		 399 aa  140  6e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4186  RepA partitioning protein/ATPase, ParA type  29.83 
 
 		 394 aa  139  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.04151  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4456  cobyrinic acid ac-diamide synthase  27.5 
 
 		 398 aa  139  1e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4354  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  28.32 
 
 		 405 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008244  Meso_4583  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.79 
 
 		 397 aa  138  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5193  plasmid partitioning protein RepA  27.11 
 
 		 397 aa  137  4e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0372499  normal  0.16282 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6162  plasmid partitioning protein RepA  30.69 
 
 		 404 aa  136  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.49965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5337  cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.83 
 
 		 401 aa  136  9e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.684044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5173  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.96 
 
 		 391 aa  136  9.999999999999999e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.381021 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0078  partitioning protein, ParA  37.65 
 
 		 397 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.980014  hitchhiker  0.00231687 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7789  plasmid partitioning protein RepA  29.2 
 
 		 405 aa  134  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.45198  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4191  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.71 
 
 		 420 aa  134  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.901272  normal  0.680764 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6315  plasmid partitioning ATPase ParA  28.31 
 
 		 396 aa  134  3.9999999999999996e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_4023  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.61 
 
 		 395 aa  133  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.03067  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6017  plasmid partitioning protein RepA  28.29 
 
 		 398 aa  126  8.000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0237613  normal  0.19813 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7172  plasmid partitioning protein RepA  27.27 
 
 		 398 aa  119  1.9999999999999998e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.300814 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6575  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.57 
 
 		 402 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.199192  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3918  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.25 
 
 		 401 aa  117  5e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3887  cobyrinic acid ac-diamide synthase  28.19 
 
 		 405 aa  117  6e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006365  plpp0002  hypothetical protein  24.51 
 
 		 402 aa  114  3e-24  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  decreased coverage  0.00393773  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1888  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.68 
 
 		 265 aa  108  2e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009726  CBUD_A0067  plasmid partition protein A  23.92 
 
 		 406 aa  107  5e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3948  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  27.7 
 
 		 434 aa  107  6e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0159296  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3425  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.86 
 
 		 253 aa  104  3e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010115  COXBURSA331_0035  putative protein sopA  23.66 
 
 		 406 aa  105  3e-21  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1369  putative ParA-like partition protein  27.12 
 
 		 347 aa  103  6e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04092  transcriptional regulator of chromosome partitioning protein; ParA family protein; could be a protein tyrosine kinase  35.98 
 
 		 264 aa  103  7e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.291675  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3553  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.86 
 
 		 253 aa  102  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6162  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  25.77 
 
 		 403 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008738  Maqu_4177  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  26.81 
 
 		 387 aa  102  2e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009790  EcE24377A_E0022  plasmid-partitioning protein SopA  26.98 
 
 		 388 aa  100  6e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.19504  n/a   
 
 
-
 
NC_010488  EcSMS35_A0073  plasmid-partitioning protein SopA  26.98 
 
 		 391 aa  100  6e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000728582 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1566  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  31.71 
 
 		 256 aa  100  6e-20  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0045  plasmid-partitioning protein SopA  26.98 
 
 		 385 aa  100  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.257222  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2087  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  30.2 
 
 		 265 aa  100  8e-20  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1803  ParaA family ATPase  28.22 
 
 		 265 aa  99.4  1e-19  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.833868  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3948  cobyrinic acid ac-diamide synthase  32.54 
 
 		 316 aa  99  1e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.056511 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3965  cobyrinic acid a,c-diamide synthase  34.43 
 
 		 262 aa  99.4  1e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.168488  n/a   
 
 
-
 
NC_011092  SeSA_B0007  plasmid-partitioning protein SopA  27.38 
 
 		 391 aa  99  2e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2439  Cobyrinic acid ac-diamide synthase  29.21 
 
 		 265 aa  98.6  2e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4139  chromosome segregation ATPase  33.96 
 
 		 262 aa  98.6  2e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.422385  hitchhiker  0.000125967 
 
 
-
 
NC_009425  Ent638_4250  plasmid-partitioning protein SopA  27.3 
 
 		 388 aa  98.6  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.100676 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>