34 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3730 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3730  hypothetical protein  100 
 
 
151 aa  304  2.0000000000000002e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.808369 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2278  UspA domain-containing protein  76.82 
 
 
151 aa  251  2.0000000000000002e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.377159  normal  0.574601 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0890  UspA domain-containing protein  76.82 
 
 
151 aa  251  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.622697  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2838  hypothetical protein  82.78 
 
 
151 aa  236  6.999999999999999e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00794322  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0867  hypothetical protein  74.83 
 
 
151 aa  233  6e-61  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0751448 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2215  hypothetical protein  73.88 
 
 
134 aa  215  1e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0532  UspA domain-containing protein  66.89 
 
 
151 aa  215  1e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.206586  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0035  UspA domain-containing protein  42.67 
 
 
163 aa  141  3e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329999  hitchhiker  0.0000151739 
 
 
-
 
NC_004310  BR0141  hypothetical protein  46 
 
 
162 aa  139  9.999999999999999e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4036  hypothetical protein  42.28 
 
 
163 aa  139  1.9999999999999998e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0154  UspA domain-containing protein  45.33 
 
 
162 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0135  hypothetical protein  46 
 
 
179 aa  127  4.0000000000000003e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0216796  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0039  hypothetical protein  42.67 
 
 
164 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.389129 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0429  Universal stress protein  44 
 
 
163 aa  125  3e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.384598  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0008  hypothetical protein  42 
 
 
164 aa  123  8.000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.664621  normal  0.18728 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0297  UspA domain-containing protein  45.7 
 
 
168 aa  122  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.637126  normal  0.0141888 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0015  hypothetical protein  44 
 
 
164 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0940017  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0037  UspA domain protein  42.67 
 
 
163 aa  121  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.451642  normal  0.156711 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2501  hypothetical protein  42.67 
 
 
173 aa  121  3e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0025  UspA domain protein  42 
 
 
163 aa  119  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.83625  normal  0.406465 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3027  hypothetical protein  41.45 
 
 
158 aa  118  3e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4427  UspA domain protein  41.33 
 
 
167 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0450533  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3532  hypothetical protein  41.22 
 
 
185 aa  108  3e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.053335  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3610  UspA domain-containing protein  39.07 
 
 
168 aa  103  5e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0248  hypothetical protein  38 
 
 
164 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3395  UspA domain-containing protein  42.67 
 
 
167 aa  103  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.251638 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0460  hypothetical protein  38 
 
 
164 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0458  UspA  38.26 
 
 
164 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0584  hypothetical protein  40.67 
 
 
164 aa  99.8  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.355702  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1947  hypothetical protein  38.1 
 
 
152 aa  83.6  9e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.869369  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1368  UspA domain-containing protein  35.53 
 
 
151 aa  72.8  0.000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.131997  normal  0.256671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1234  universal stress protein UspA and related nucleotide-binding protein  38.82 
 
 
151 aa  71.2  0.000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D31  universal stress protein UspA-like nucleotide-binding protein  20.29 
 
 
145 aa  45.1  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.575009  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0277  flagellar hook-associated protein FlgL  39.62 
 
 
349 aa  40  0.01  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>