More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3636 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3636  ABC transporter related  100 
 
 
369 aa  756    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.529666 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1768  ABC transporter related  55.96 
 
 
361 aa  397  1e-109  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1945  ABC transporter related  56.9 
 
 
371 aa  395  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3223  ABC transporter related  56.52 
 
 
384 aa  382  1e-105  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2969  ABC transporter related  52.19 
 
 
418 aa  379  1e-104  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.979711 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3887  ABC transporter related  54.92 
 
 
368 aa  374  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.721078 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0346  ABC transporter related  54.04 
 
 
364 aa  365  1e-100  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1881  polyamine transport protein PotG  46.41 
 
 
381 aa  308  8e-83  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.54 
 
 
365 aa  304  1.0000000000000001e-81  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3228  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.53 
 
 
377 aa  300  2e-80  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.999114  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1009  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.1 
 
 
382 aa  298  9e-80  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.753436  normal  0.193299 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4307  ABC transporter related  44.63 
 
 
360 aa  298  1e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0457918  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  47.51 
 
 
384 aa  296  3e-79  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3956  ABC transporter related  47.29 
 
 
355 aa  295  7e-79  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.396032  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.5 
 
 
383 aa  295  1e-78  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4279  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.63 
 
 
372 aa  294  2e-78  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.714289  normal  0.753211 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3138  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.98 
 
 
423 aa  293  3e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.227563  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17640  polyamine transport protein PotA  45.48 
 
 
363 aa  293  3e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3387  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.71 
 
 
373 aa  293  3e-78  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.397374  normal  0.592219 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5898  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.86 
 
 
371 aa  293  4e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3852  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.51 
 
 
358 aa  292  6e-78  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.429907  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1534  polyamine transport protein PotA  45.17 
 
 
359 aa  291  1e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.24 
 
 
447 aa  291  1e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.43 
 
 
382 aa  290  3e-77  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.84 
 
 
380 aa  288  7e-77  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  0.00576419  hitchhiker  0.0000000435694 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
388 aa  288  1e-76  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0568  ABC transporter related  40.96 
 
 
363 aa  287  2e-76  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0218426  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.94 
 
 
388 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
388 aa  288  2e-76  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2805  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.44 
 
 
381 aa  287  2.9999999999999996e-76  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.593662 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.42 
 
 
387 aa  286  5.999999999999999e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1061  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.79 
 
 
366 aa  285  8e-76  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1453  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.11 
 
 
368 aa  285  8e-76  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2426  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.29 
 
 
382 aa  285  9e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.444349  normal  0.105607 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  44.51 
 
 
349 aa  285  9e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3930  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.25 
 
 
382 aa  284  2.0000000000000002e-75  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.40128  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1407  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  39.84 
 
 
370 aa  282  7.000000000000001e-75  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.890613  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2941  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.42 
 
 
388 aa  282  8.000000000000001e-75  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0311  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.37 
 
 
380 aa  281  1e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.671338  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0370  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.85 
 
 
371 aa  281  1e-74  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0982  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.85 
 
 
363 aa  280  2e-74  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3796  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.19 
 
 
360 aa  281  2e-74  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.327654  normal  0.344897 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7092  ABC transporter related  41.48 
 
 
387 aa  280  3e-74  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106736  normal  0.0652962 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0101  ABC transporter related protein  39.34 
 
 
366 aa  279  7e-74  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  43.1 
 
 
377 aa  279  7e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2840  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.89 
 
 
372 aa  278  1e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.803293  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.44 
 
 
359 aa  278  1e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04840  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.91 
 
 
363 aa  277  2e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_R0028  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.72 
 
 
378 aa  277  2e-73  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0855838  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4066  ABC transporter related  45.05 
 
 
379 aa  276  3e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.549495  normal  0.639996 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1497  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.73 
 
 
383 aa  276  4e-73  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  45.48 
 
 
363 aa  276  4e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0408  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.47 
 
 
380 aa  276  4e-73  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0661243  hitchhiker  0.000000930284 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3954  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.73 
 
 
381 aa  276  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.320364  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.08 
 
 
372 aa  276  4e-73  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2303  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.78 
 
 
381 aa  276  5e-73  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0889  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.64 
 
 
348 aa  276  6e-73  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000209161  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4237  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.83 
 
 
343 aa  275  7e-73  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.391608  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1222  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.6 
 
 
363 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.29 
 
 
355 aa  275  1.0000000000000001e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.11 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3927  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.71 
 
 
381 aa  274  2.0000000000000002e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1114  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  40.93 
 
 
376 aa  274  2.0000000000000002e-72  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.188638  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.61 
 
 
373 aa  274  2.0000000000000002e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0289  ABC transporter ATP-binding protein  44.69 
 
 
370 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1484  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase  44.38 
 
 
343 aa  273  3e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.972091  normal  0.0950127 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3948  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.58 
 
 
377 aa  273  3e-72  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0770122  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0376  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.17 
 
 
380 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.000938132  hitchhiker  0.00113993 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5048  ABC transporter related  40.79 
 
 
353 aa  272  5.000000000000001e-72  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2789  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.27 
 
 
337 aa  272  6e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.669148  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0164  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.34 
 
 
379 aa  272  6e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4133  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.22 
 
 
346 aa  272  7e-72  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.03 
 
 
354 aa  271  1e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.50404 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4944  ABC transporter related  42.99 
 
 
364 aa  271  1e-71  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  43.6 
 
 
355 aa  270  2e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  41.46 
 
 
365 aa  270  2e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0082  ABC transporter related protein  43.49 
 
 
367 aa  271  2e-71  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.193863  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0433  ferric transporter ATP-binding subunit  41.23 
 
 
348 aa  271  2e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.01 
 
 
355 aa  271  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6838  putrescine ABC transporter ATP-binding protein  41.25 
 
 
393 aa  270  2.9999999999999997e-71  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.840617  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.58 
 
 
355 aa  270  2.9999999999999997e-71  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1047  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  55.84 
 
 
345 aa  270  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330018  normal  0.45373 
 
 
-
 
NC_004310  BR1611  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  43.41 
 
 
381 aa  269  5e-71  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166117  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.26 
 
 
357 aa  269  5.9999999999999995e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7799  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.29 
 
 
384 aa  269  5.9999999999999995e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.57968  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1644  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.05 
 
 
357 aa  268  8e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0820  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (putrescine)  39.83 
 
 
382 aa  268  8.999999999999999e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.768559  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1017  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.48 
 
 
388 aa  268  1e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2170  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.05 
 
 
365 aa  268  1e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.051022  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3724  ABC transporter related  44.92 
 
 
328 aa  268  1e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1735  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.38 
 
 
368 aa  268  2e-70  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000353928 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.69 
 
 
367 aa  267  2e-70  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1646  putrescine transporter ATP-binding subunit  40.79 
 
 
377 aa  267  2e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.103128 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3217  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.94 
 
 
352 aa  267  2e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0511175  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2864  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  42.09 
 
 
368 aa  267  2e-70  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1343  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40.28 
 
 
378 aa  267  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1090  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.23 
 
 
369 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.460702  normal  0.589636 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5505  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.3 
 
 
362 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.690258  normal  0.0976565 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3850  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  40 
 
 
356 aa  266  2.9999999999999995e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.60669 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.6 
 
 
357 aa  266  4e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>