More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3627 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3627  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 		 268 aa  535  1e-151  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.143912 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0527  MscS mechanosensitive ion channel  53.63 
 
 		 276 aa  283  3.0000000000000004e-75  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.546646 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0452  MscS mechanosensitive ion channel  51.75 
 
 		 283 aa  250  2e-65  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  0.00426986  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2296  MscS mechanosensitive ion channel  47.92 
 
 		 270 aa  238  8e-62  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0797  MscS Mechanosensitive ion channel  43.08 
 
 		 268 aa  232  6e-60  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0955  MscS mechanosensitive ion channel  45 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2546  small-conductance mechanosensitive channel  45.83 
 
 		 286 aa  231  1e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.748104  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1533  MscS Mechanosensitive ion channel  44.92 
 
 		 276 aa  222  4e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00165  mechanosensitive ion channel family protein  46.55 
 
 		 276 aa  221  8e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03290  MscS Mechanosensitive ion channel  44 
 
 		 280 aa  221  9e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3333  MscS mechanosensitive ion channel  43.37 
 
 		 275 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3200  MscS Mechanosensitive ion channel  46.28 
 
 		 275 aa  220  1.9999999999999999e-56  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.126037  normal  0.165541 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0032  hypothetical protein  41.67 
 
 		 287 aa  217  1e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.20954  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002474  small-conductance mechanosensitive channel  42.92 
 
 		 288 aa  213  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03562  hypothetical protein  42.92 
 
 		 288 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3620  MscS mechanosensitive ion channel  44.05 
 
 		 277 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.812148  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1967  MscS Mechanosensitive ion channel  47.86 
 
 		 279 aa  211  7e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3061  mechanosensitive channel MscS  41.67 
 
 		 291 aa  208  7e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.397816  normal  0.219365 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2137  MscS mechanosensitive ion channel  43.27 
 
 		 288 aa  208  7e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.857102  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0390  MscS mechanosensitive ion channel  43.98 
 
 		 274 aa  208  7e-53  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.855015  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02755  mechanosensitive channel  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0769  MscS Mechanosensitive ion channel  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4221  mechanosensitive channel MscS  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3349  mechanosensitive channel MscS  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02718  hypothetical protein  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3251  mechanosensitive channel MscS  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3082  mechanosensitive channel MscS  41.67 
 
 		 286 aa  208  9e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1162  MscS Mechanosensitive ion channel  43.91 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.102088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1709  small conductance mechanosensitive channel  40.52 
 
 		 494 aa  206  3e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.0466336 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3778  MscS mechanosensitive ion channel  40.44 
 
 		 276 aa  205  5e-52  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.981923 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0786  mechanosensitive channel MscS  41.25 
 
 		 286 aa  206  5e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1584  MscS mechanosensitive ion channel  45 
 
 		 279 aa  205  5e-52  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00518641  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0047  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 270 aa  205  7e-52  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01983  MscS Mechanosensitive ion channel ei VT8  42.5 
 
 		 279 aa  201  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.865643  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2565  hypothetical protein  43.51 
 
 		 283 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0940  MscS mechanosensitive ion channel  39.85 
 
 		 275 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.546965 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3337  mechanosensitive channel MscS  41.05 
 
 		 284 aa  198  6e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.306942  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0541  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 273 aa  198  7.999999999999999e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1342  MscS Mechanosensitive ion channel  41.44 
 
 		 266 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00293598  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1245  MscS mechanosensitive ion channel  39.54 
 
 		 274 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.016266  normal  0.622604 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3240  mechanosensitive channel MscS  40.91 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3229  mechanosensitive channel MscS  40.91 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.550002  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3409  mechanosensitive channel MscS  40.91 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.427229  normal  0.109816 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3307  mechanosensitive channel MscS  40.91 
 
 		 286 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0851  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  41.25 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.17895  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5331  MscS mechanosensitive ion channel  37.24 
 
 		 301 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3304  mechanosensitive channel MscS  40.91 
 
 		 286 aa  194  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2402  hypothetical protein  43.37 
 
 		 279 aa  194  2e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.267781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0854  MscS mechanosensitive ion channel  41.25 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.11552  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3942  MscS mechanosensitive ion channel  41.92 
 
 		 288 aa  193  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.639966 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3818  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  41.25 
 
 		 289 aa  193  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.905722  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2740  MscS mechanosensitive ion channel  40 
 
 		 288 aa  192  4e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4436  MscS Mechanosensitive ion channel  39.33 
 
 		 285 aa  192  5e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.312478 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4433  MscS Mechanosensitive ion channel  38.91 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2469  putative transport protein  40 
 
 		 269 aa  191  1e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4503  MscS Mechanosensitive ion channel  39.33 
 
 		 285 aa  191  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5803  Small-conductance mechanosensitive channel  39.66 
 
 		 284 aa  191  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.528701 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1140  MscS mechanosensitive ion channel  38.02 
 
 		 274 aa  191  1e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.15609  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4349  MscS Mechanosensitive ion channel  38.91 
 
 		 285 aa  190  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3028  MscS mechanosensitive ion channel  37.92 
 
 		 275 aa  188  7e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000445897  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1206  MscS mechanosensitive ion channel  37.08 
 
 		 275 aa  188  8e-47  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0281  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3171  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000563606  hitchhiker  0.0000513684 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1350  MscS Mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000676183  hitchhiker  0.0000000000523866 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1205  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00184527  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1276  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 275 aa  187  1e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000188457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0812  small-conductance mechanosensitive channel  39.18 
 
 		 274 aa  187  2e-46  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2465  putative small-conductance mechanosensitive channel  37.5 
 
 		 275 aa  187  2e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.404234  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0585  putative small-conductance mechanosensitive channel  36.12 
 
 		 277 aa  186  2e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000000591532  normal  0.0145572 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3013  MscS mechanosensitive ion channel  37.5 
 
 		 275 aa  186  3e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000253066  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1345  MscS mechanosensitive ion channel  38.75 
 
 		 274 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000767633  hitchhiker  0.0000248019 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01095  mechanosensitive ion channel family protein  38.75 
 
 		 280 aa  185  6e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1152  MscS mechanosensitive ion channel  37.17 
 
 		 274 aa  185  7e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0163398  normal  0.0148083 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3929  MscS mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 		 549 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3803  MscS mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 		 549 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.717222  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3747  MscS Mechanosensitive ion channel  37.74 
 
 		 549 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0204  mechanosensitive ion channel family protein  34.54 
 
 		 271 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.171183  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0202  mechanosensitive ion channel family protein  34.54 
 
 		 271 aa  183  2.0000000000000003e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0556  MscS Mechanosensitive ion channel  38.33 
 
 		 293 aa  182  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3340  small-conductance mechanosensitive channel  36.67 
 
 		 275 aa  182  6e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2675  MscS mechanosensitive ion channel  35.42 
 
 		 275 aa  181  8.000000000000001e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00133263  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0515  MscS Mechanosensitive ion channel  39.17 
 
 		 292 aa  181  1e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2803  MscS mechanosensitive ion channel  35.74 
 
 		 277 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1746  mechanosensitive ion channel family protein  38.86 
 
 		 531 aa  180  2e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0625  small-conductance mechanosensitive ion channel  38.36 
 
 		 291 aa  180  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.286405  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3521  MscS mechanosensitive ion channel  37.3 
 
 		 547 aa  180  2e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3699  MscS Mechanosensitive ion channel  35.69 
 
 		 283 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1359  MscS mechanosensitive ion channel  35.36 
 
 		 275 aa  179  4e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124466  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0091  MscS mechanosensitive ion channel  38.15 
 
 		 267 aa  179  4.999999999999999e-44  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4603  mechanosensitive ion channel family protein  42.13 
 
 		 275 aa  178  7e-44  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4903  MscS mechanosensitive ion channel  41.47 
 
 		 327 aa  178  7e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0730  MscS mechanosensitive ion channel  37.6 
 
 		 267 aa  178  9e-44  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.506108  normal  0.245277 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1034  MscS mechanosensitive ion channel  38.61 
 
 		 288 aa  177  1e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4338  MscS mechanosensitive ion channel  36.89 
 
 		 533 aa  178  1e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1856  hypothetical protein  36.67 
 
 		 281 aa  177  1e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.130527  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0949  MscS Mechanosensitive ion channel  38.21 
 
 		 273 aa  177  2e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1188  MscS mechanosensitive ion channel  37.35 
 
 		 267 aa  176  3e-43  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.765639  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3719  MscS mechanosensitive ion channel  36.48 
 
 		 538 aa  176  5e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00173633  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0613  MscS mechanosensitive ion channel  37.08 
 
 		 547 aa  175  5e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000873032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0562  MscS mechanosensitive ion channel  38.03 
 
 		 551 aa  176  5e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1010  MscS Mechanosensitive ion channel  42.49 
 
 		 292 aa  176  5e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.877455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>