More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3616 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3616  periplasmic solute binding protein  100 
 
 		 378 aa  741    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0144381 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1704  putative high-affinity zinc uptake system protein  47.5 
 
 		 356 aa  281  2e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0200273  normal  0.0153509 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0312  periplasmic solute binding protein  42.39 
 
 		 362 aa  274  1.0000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1697  periplasmic solute binding protein  38.95 
 
 		 347 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.668207  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2718  periplasmic solute binding protein  34.2 
 
 		 344 aa  207  2e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11219  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4176  periplasmic solute binding protein  35.71 
 
 		 346 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.383173  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1122  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  36.36 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.124728  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1027  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  36.36 
 
 		 334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3183  periplasmic solute binding protein  36.46 
 
 		 371 aa  196  7e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0392805  normal  0.124808 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2184  ABC transporter substrate binding protein (zinc)  35.25 
 
 		 308 aa  191  2e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.2291  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3253  periplasmic solute binding protein  39.63 
 
 		 347 aa  190  4e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0556768 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2384  periplasmic solute binding protein  35.08 
 
 		 351 aa  187  2e-46  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.691591  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3571  ABC zinc transporter, periplasmic binding protein ZnuA  39.42 
 
 		 345 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4006  periplasmic solute binding protein  31.64 
 
 		 303 aa  176  5e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.129807  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2142  high-affinity zinc transporter periplasmic component  30.5 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000717331  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1827  high-affinity zinc transporter periplasmic component  30.67 
 
 		 339 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0735941  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2111  high-affinity zinc transporter periplasmic component  30.4 
 
 		 339 aa  150  4e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0209857  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2140  high-affinity zinc transporter periplasmic component  30.06 
 
 		 318 aa  149  6e-35  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000251275  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2251  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.33 
 
 		 340 aa  149  7e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000558415  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2027  high-affinity zinc transporter periplasmic component  29.78 
 
 		 318 aa  148  2.0000000000000003e-34  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000130529  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2105  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.68 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.060713  normal  0.639588 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2045  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.68 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.279295  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1233  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.68 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00176582  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2050  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.68 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.153419  normal  0.0811015 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1357  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.68 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00461561 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1730  periplasmic solute binding protein  40.62 
 
 		 313 aa  139  6e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0137  periplasmic solute binding protein  28.53 
 
 		 302 aa  125  8.000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0120  periplasmic solute binding protein  28.38 
 
 		 302 aa  125  2e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.463624  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4140  periplasmic solute binding protein  41.9 
 
 		 326 aa  125  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.101102 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6299  putative adhesin  35.36 
 
 		 307 aa  124  4e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1712  periplasmic solute binding protein  38.04 
 
 		 369 aa  123  6e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.333525  normal  0.532025 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72550  putative adhesin  34.25 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2593  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.97 
 
 		 310 aa  120  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00016843  normal  0.856449 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2773  high-affinity zinc transporter periplasmic component  33.85 
 
 		 321 aa  117  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000694266  hitchhiker  0.00715956 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0953  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.72 
 
 		 310 aa  115  2.0000000000000002e-24  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0035869  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01828  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.72 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1783  periplasmic solute binding protein  31.72 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000935054  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2087  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.72 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.000000165105  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01816  hypothetical protein  31.72 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0117492  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1951  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.72 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00866903  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1775  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.72 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000650264  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0577  periplasmic solute binding protein  31.69 
 
 		 301 aa  114  4.0000000000000004e-24  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.289421  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2426  high-affinity zinc transporter periplasmic component  32.6 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000208109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01361  hypothetical protein  34.73 
 
 		 293 aa  113  5e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1329  high-affinity zinc transporter periplasmic component  31.18 
 
 		 352 aa  112  8.000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.00390701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0624  periplasmic solute binding protein  29.17 
 
 		 310 aa  111  2.0000000000000002e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.17894  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0852  high-affinity zinc uptake system protein ZnuA precursor  31.35 
 
 		 297 aa  109  9.000000000000001e-23  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0338292  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004106  zinc ABC transporter-binding protein ZnuA  31.55 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0059  periplasmic solute binding protein  33.68 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0842  putative cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein  29.67 
 
 		 282 aa  107  3e-22  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.290902  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0937  cation ABC transporter, periplasmic cation-binding protein, putative  32 
 
 		 293 aa  103  3e-21  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.388709  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0275  periplasmic solute binding protein  32.57 
 
 		 313 aa  102  8e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00830  ABC transporter, periplasmic binding protein  34.43 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5268  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  33.14 
 
 		 311 aa  99  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0188  periplasmic solute binding protein  49.5 
 
 		 334 aa  96.7  5e-19  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.494723  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0248  periplasmic solute binding protein  29.59 
 
 		 287 aa  93.2  6e-18  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1256  high-affinity zinc transporter periplasmic component  27.22 
 
 		 372 aa  92.4  1e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000280798  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0547  periplasmic solute binding protein  27.89 
 
 		 318 aa  90.5  4e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.624279  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3938  periplasmic solute binding protein  28.41 
 
 		 310 aa  88.6  2e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.165215 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1015  solute binding protein  29.12 
 
 		 310 aa  88.2  2e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5108  periplasmic solute binding protein  32.85 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.166633 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3888  periplasmic solute binding protein  28.41 
 
 		 310 aa  87.8  3e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2998  periplasmic solute binding protein  24.38 
 
 		 328 aa  87  5e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000688581  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1316  Mn transporter MntC  33.15 
 
 		 345 aa  86.7  6e-16  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.832277  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1215  periplasmic solute binding protein  30.72 
 
 		 309 aa  85.1  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2183  periplasmic solute binding protein  35.14 
 
 		 311 aa  85.1  0.000000000000002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.143573 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3980  periplasmic solute binding protein  22.54 
 
 		 354 aa  84  0.000000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.749936 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3704  periplasmic solute binding protein  30.48 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.474771  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1128  periplasmic solute binding protein  33.1 
 
 		 296 aa  83.2  0.000000000000008  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.29041 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2304  putative ABC-transporter metal-binding lipoprotein  33.51 
 
 		 311 aa  82.4  0.00000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0088  periplasmic solute binding protein  30 
 
 		 308 aa  82.4  0.00000000000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0139  adhesion protein, putative  33.76 
 
 		 294 aa  81.6  0.00000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.0377699  normal  0.42131 
 
 
-
 
NC_002936  DET0631  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  28.4 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0993  zinc ABC transporter, zinc-binding protein  30.95 
 
 		 323 aa  81.3  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.27598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13680  ABC-type metal ion transport system, periplasmic component/surface adhesin  31.94 
 
 		 320 aa  81.3  0.00000000000003  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.785587 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0604  periplasmic solute binding protein  28.4 
 
 		 290 aa  81.3  0.00000000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1674  adhesion protein, putative  33.79 
 
 		 311 aa  80.5  0.00000000000004  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0484174  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4439  periplasmic solute binding protein  30.85 
 
 		 339 aa  80.1  0.00000000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.914781  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0185  periplasmic solute binding protein  29.61 
 
 		 307 aa  80.5  0.00000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3151  hypothetical protein  46.74 
 
 		 336 aa  79.7  0.00000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.506548 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0333  periplasmic solute binding protein  28.39 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000273282  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1938  adhesion lipoprotein  30.86 
 
 		 307 aa  79  0.0000000000001  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0860  periplasmic solute binding protein  27.5 
 
 		 298 aa  79  0.0000000000001  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00530614  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0135  periplasmic solute binding protein  48.1 
 
 		 318 aa  79  0.0000000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.972392 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1667  zinc ABC transporter, periplasmic zinc-binding protein  31.58 
 
 		 297 aa  79  0.0000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0989  periplasmic solute binding protein  28.12 
 
 		 295 aa  78.2  0.0000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4495  periplasmic solute binding protein  49.38 
 
 		 350 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2476  periplasmic solute binding protein  23.14 
 
 		 313 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.00202006  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4768  periplasmic solute binding protein  32.61 
 
 		 509 aa  78.2  0.0000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.474869  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2033  periplasmic solute binding protein  27.78 
 
 		 532 aa  77.8  0.0000000000003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.395219 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1892  periplasmic solute binding protein  26.7 
 
 		 321 aa  77.4  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00897518  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1194  periplasmic solute binding protein  50 
 
 		 329 aa  77  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.170646 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1156  periplasmic solute binding protein  27.27 
 
 		 303 aa  76.6  0.0000000000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0350  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.62 
 
 		 315 aa  76.6  0.0000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_572  cation ABC transporter, periplasmc-binding protein  27.95 
 
 		 290 aa  76.3  0.0000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0833  periplasmic solute binding protein  24.35 
 
 		 345 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0400  periplasmic solute binding protein  32.72 
 
 		 302 aa  76.3  0.0000000000009  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1999  periplasmic solute binding protein  35.48 
 
 		 292 aa  76.3  0.0000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.870733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3437  periplasmic solute binding protein  24.79 
 
 		 358 aa  75.9  0.000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.18946 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1238  anchored repeat ABC transporter, substrate-binding protein  26.26 
 
 		 571 aa  75.5  0.000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000243739 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>