More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3613 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3613  hypothetical protein  100 
 
 
270 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00635836 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0315  hypothetical protein  69.92 
 
 
265 aa  325  4.0000000000000003e-88  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1701  putative high-affinity zinc uptake system membrane protein  71.54 
 
 
266 aa  317  1e-85  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  decreased coverage  0.000503505  normal  0.0364016 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0190  hypothetical protein  73.28 
 
 
275 aa  311  7.999999999999999e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3567  ABC zinc tranporter, inner membrane subunit ZnuB  67.21 
 
 
260 aa  296  2e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3250  ABC-3 protein  67.21 
 
 
260 aa  296  2e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.161789 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4137  ABC-3 protein  59.38 
 
 
260 aa  293  2e-78  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.198915 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3154  hypothetical protein  65.57 
 
 
260 aa  283  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.87263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2382  ABC-3 protein  52.59 
 
 
271 aa  256  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.502952  normal  0.42152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2716  ABC-3 protein  52.19 
 
 
271 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.585165  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4178  ABC-3 protein  50.94 
 
 
273 aa  250  2e-65  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.162455  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1124  zinc ABC transporter, permease protein  52.19 
 
 
286 aa  249  3e-65  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.750494  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1695  ABC-3 protein  53.39 
 
 
275 aa  244  6.999999999999999e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2187  ABC transporter membrane spanning protein (zinc)  53.39 
 
 
270 aa  239  2.9999999999999997e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.381514  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1197  ABC-3 protein  50.75 
 
 
273 aa  236  3e-61  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.620873  normal  0.0904555 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1231  high-affinity zinc transporter membrane component  51.41 
 
 
261 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0480731  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1355  high-affinity zinc transporter membrane component  51.41 
 
 
261 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.637528  hitchhiker  0.00410518 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2107  high-affinity zinc transporter membrane component  51.41 
 
 
261 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0995017  normal  0.378427 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2052  high-affinity zinc transporter membrane component  51.41 
 
 
261 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00746645  normal  0.157438 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2047  high-affinity zinc transporter membrane component  51.41 
 
 
261 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.397318  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1029  zinc ABC transporter, permease protein  52.19 
 
 
286 aa  231  8.000000000000001e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0955  high-affinity zinc transporter membrane component  52.48 
 
 
261 aa  231  8.000000000000001e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0177046  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2428  high-affinity zinc transporter membrane component  51 
 
 
261 aa  231  9e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000440867  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01830  high-affinity zinc transporter membrane component  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0395688  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1781  ABC-3 protein  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000666084  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2109  high-affinity zinc transporter membrane component  52.89 
 
 
261 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.14561  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1327  high-affinity zinc transporter membrane component  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0274583  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1952  high-affinity zinc transporter membrane component  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0398109  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1773  high-affinity zinc transporter membrane component  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000387167  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2089  high-affinity zinc transporter membrane component  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000234028  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01818  hypothetical protein  52.48 
 
 
261 aa  231  1e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0233663  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2595  high-affinity zinc transporter membrane component  52.07 
 
 
261 aa  228  6e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0140343  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2144  high-affinity zinc transporter membrane component  49.8 
 
 
261 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0252479  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2775  high-affinity zinc transporter membrane component  49.8 
 
 
261 aa  225  8e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000664264  hitchhiker  0.0068137 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01359  hypothetical protein  48.83 
 
 
261 aa  224  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3180  ABC-3 protein  50.98 
 
 
272 aa  224  1e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.131337  normal  0.114587 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4004  hypothetical protein  51.39 
 
 
273 aa  223  2e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.88155  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1038  high-affinity zinc uptake system, membrane protein  46.18 
 
 
261 aa  223  2e-57  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3777  ABC-3 protein  52.19 
 
 
270 aa  223  3e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1825  high-affinity zinc transporter membrane component  51.57 
 
 
261 aa  222  6e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.206601  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0850  high-affinity zinc uptake system membrane protein ZnuB  51.52 
 
 
261 aa  219  3e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.714968  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1710  ABC-3 protein  53.47 
 
 
273 aa  216  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.793327  normal  0.78687 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2253  high-affinity zinc transporter membrane component  52.21 
 
 
261 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.246644  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0294  ABC-3 protein  51.48 
 
 
263 aa  212  5.999999999999999e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004108  zinc ABC transporter permease protein ZnuB  50.6 
 
 
261 aa  210  2e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1669  zinc ABC transporter, permease protein  50.42 
 
 
260 aa  208  9e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2142  high-affinity zinc transporter membrane component  49 
 
 
261 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000271019  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2749  ABC-3 protein  50.75 
 
 
266 aa  207  1e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2419  high-affinity zinc transporter membrane component  49 
 
 
261 aa  207  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000310688  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2029  high-affinity zinc transporter membrane component  49 
 
 
261 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000722551  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4498  ABC-3 protein  52.87 
 
 
262 aa  207  1e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0278  hypothetical protein  49.4 
 
 
262 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72590  permease of ABC zinc transporter ZnuB  51.95 
 
 
262 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6302  permease of ABC zinc transporter ZnuB  51.52 
 
 
262 aa  199  3e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1727  ABC-3 protein  50.39 
 
 
267 aa  199  6e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0062  hypothetical protein  51.41 
 
 
262 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5265  zinc ABC transporter, permease protein  50.22 
 
 
262 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0575  hypothetical protein  44.76 
 
 
268 aa  187  1e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5111  ABC-3 protein  51.95 
 
 
260 aa  185  7e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.156764 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0132  ABC-3 protein  51.52 
 
 
260 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.493035  normal  0.654734 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0134  ABC-3 protein  51.08 
 
 
260 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0117  hypothetical protein  51.52 
 
 
260 aa  178  8e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.772352  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00860  zinc ABC transporter, permease protein  50.64 
 
 
262 aa  177  2e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.952452  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0057  zinc transport system permease protein  44.32 
 
 
262 aa  171  2e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0362  cation ABC transporter, permease protein, putative  35.12 
 
 
266 aa  156  4e-37  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0517  putative cation ABC transporter, permease protein  33.88 
 
 
267 aa  147  1.0000000000000001e-34  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.879269  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0514  ABC transporter  32.64 
 
 
267 aa  142  6e-33  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0274636  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1143  hypothetical protein  37.5 
 
 
287 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2804  ABC-3 protein  34.92 
 
 
289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2066  ABC-3 protein  36.43 
 
 
304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0048  ABC-3 protein  34.21 
 
 
272 aa  125  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3532  ABC-3 protein  33.83 
 
 
274 aa  124  2e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007105  pE33L54_0037  manganese ABC transporter, permease  32.54 
 
 
288 aa  123  4e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000275951  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2066  metal ABC transporter, permease protein  32.54 
 
 
288 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3598  ABC-3 protein  33.46 
 
 
274 aa  122  7e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1236  anchored repeat-type ABC transporter, permease subunit  34 
 
 
287 aa  121  9.999999999999999e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000156655 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2035  ABC zinc transporter, inner membrane subunit ZnuB  35.86 
 
 
277 aa  120  1.9999999999999998e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.061679 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2965  ABC transporter permease  32.11 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000539845  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3190  ABC transporter permease  32.11 
 
 
288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1835  ABC-3 protein  35.61 
 
 
277 aa  118  7.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.906803  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1017  ABC transporter, inner membrane subunit  32.64 
 
 
275 aa  118  9e-26  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1439  ABC-type Mn2+/Zn2+ transport system, permease component  30.6 
 
 
279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.315206  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1913  ABC-3 protein  32.95 
 
 
280 aa  116  3e-25  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3635  ABC-3 protein  32.67 
 
 
288 aa  117  3e-25  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0996  zinc ABC transporter, permease protein  32.78 
 
 
274 aa  115  7.999999999999999e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.349684  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1230  hypothetical protein  30.92 
 
 
301 aa  115  7.999999999999999e-25  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0493  hypothetical protein  35.51 
 
 
272 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2338  hypothetical protein  34.66 
 
 
277 aa  115  1.0000000000000001e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0987  ABC-3 protein  27.31 
 
 
272 aa  114  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1531  manganese ABC transporter, permease protein  31.75 
 
 
277 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0231944  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_574  cation ABC transporter, permease protein  30.94 
 
 
273 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1653  ATP-binding domain-containing protein  33.21 
 
 
272 aa  114  2.0000000000000002e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2341  hypothetical protein  34.7 
 
 
277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0389315  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2137  ABC-3 protein  32.85 
 
 
277 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00135344  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3000  ABC-3 protein  27.82 
 
 
285 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0223089  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0841  ABC-3 protein  29.84 
 
 
280 aa  110  2.0000000000000002e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.522367  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4571  ABC-3 protein  33.47 
 
 
289 aa  109  6e-23  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.222583  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4182  ABC-3 protein  32.54 
 
 
285 aa  108  7.000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000173146  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3008  ABC-3 protein  28.17 
 
 
277 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.576652  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0655  ABC-3 protein  30.49 
 
 
278 aa  108  8.000000000000001e-23  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00255792  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>