257 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3549 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002977  MCA1893  type I restriction-modification system, R subunit  40.16 
 
 
1069 aa  693    Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1115  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  51.35 
 
 
1107 aa  1099    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06807  type I restriction enzyme restriction subunit  52.27 
 
 
654 aa  687    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3549  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  100 
 
 
1092 aa  2253    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.276779  normal  0.254191 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2543  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  37.81 
 
 
1070 aa  665    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.111804  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0157  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  52.99 
 
 
1096 aa  1134    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2344  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  37.82 
 
 
1045 aa  624  1e-177  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0184878 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0616  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  34.98 
 
 
1024 aa  547  1e-154  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.945786  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0985  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  34.57 
 
 
1023 aa  538  1e-151  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.271239  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0948  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  35.06 
 
 
1030 aa  529  1e-149  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  hitchhiker  0.000221808  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4202  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.46 
 
 
1034 aa  486  1e-135  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06806  type I restriction enzyme restriction subunit  48.84 
 
 
430 aa  396  1e-108  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2793  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.58 
 
 
1012 aa  377  1e-103  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.81193  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2392  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.65 
 
 
1044 aa  371  1e-101  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1790  restriction enzyme  29.78 
 
 
1072 aa  360  6e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0380  type I restriction-modification system, R subunit  29.6 
 
 
1033 aa  356  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2909  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.88 
 
 
1042 aa  356  1e-96  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2674  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.04 
 
 
1027 aa  348  4e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3790  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.8 
 
 
1053 aa  340  8e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.38 
 
 
1111 aa  336  1e-90  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0948  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.93 
 
 
1054 aa  335  2e-90  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  unclonable  0.0000568458 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0366  type I restriction-modification system, R subunit  29.06 
 
 
1039 aa  332  3e-89  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4621  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.12 
 
 
1028 aa  330  8e-89  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal  0.250071 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0245  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.86 
 
 
1038 aa  330  9e-89  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.26 
 
 
967 aa  327  5e-88  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.225053  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0842  type I restriction-modification enzyme, R subunit  29.26 
 
 
967 aa  327  6e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.156677  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0861  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.82 
 
 
1031 aa  327  7e-88  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0402  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.94 
 
 
1055 aa  324  6e-87  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0430  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.75 
 
 
1030 aa  323  8e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4011  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.86 
 
 
1110 aa  322  1.9999999999999998e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.724918 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0099  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.55 
 
 
1089 aa  319  2e-85  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.26483  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04460  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.65 
 
 
1010 aa  316  1.9999999999999998e-84  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3081  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.06 
 
 
1027 aa  314  6.999999999999999e-84  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2596  type I restriction-modification system, R subunit  30.15 
 
 
1059 aa  312  2.9999999999999997e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0504  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  26.47 
 
 
1067 aa  310  1.0000000000000001e-82  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2197  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.19 
 
 
1063 aa  307  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.511328  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05615  type I site-specific deoxyribonuclease  27.85 
 
 
1179 aa  303  1e-80  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.93 
 
 
1042 aa  301  4e-80  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.175068  normal  0.39911 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1775  type I restriction-modification system restriction subunit  28.99 
 
 
1041 aa  294  7e-78  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0567  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.3 
 
 
1087 aa  292  3e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0552282  hitchhiker  0.00000000000212216 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4037  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.29 
 
 
1084 aa  290  1e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0608  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.25 
 
 
1006 aa  289  2e-76  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1070  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.1 
 
 
1067 aa  288  2.9999999999999996e-76  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.558069  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2283  Type I site-specific deoxyribonuclease  32.15 
 
 
1044 aa  276  2.0000000000000002e-72  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2256  type I restriction-modification system, R subunit  28.11 
 
 
1061 aa  273  1e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3424  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.03 
 
 
984 aa  272  2.9999999999999997e-71  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1944  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.16 
 
 
1034 aa  272  2.9999999999999997e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.31477 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0843  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.1 
 
 
993 aa  272  2.9999999999999997e-71  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0017  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.87 
 
 
1032 aa  270  1e-70  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.13213  hitchhiker  0.00259353 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2923  R (restriction) subunit/helicase  30.35 
 
 
984 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1089  type I restriction-modification enzyme, R subunit, putative  29.97 
 
 
1040 aa  268  5e-70  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340753  n/a   
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4244  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.97 
 
 
1084 aa  268  5e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00104553 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2740  type I restriction-modification system endonuclease  30.77 
 
 
1051 aa  268  5.999999999999999e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0040  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  31.63 
 
 
1032 aa  266  1e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.126055  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2413  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.33 
 
 
1022 aa  266  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.623106 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2790  type I restriction-modification enzyme, R subunit  27.33 
 
 
1022 aa  266  2e-69  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1642  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  33.14 
 
 
1003 aa  265  4e-69  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2327  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.71 
 
 
1046 aa  265  4.999999999999999e-69  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.279582  n/a   
 
 
-
 
NC_008761  Pnap_4782  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.16 
 
 
1029 aa  259  1e-67  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0288  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.54 
 
 
1003 aa  259  3e-67  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0008  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.2 
 
 
1099 aa  258  4e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2251  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.96 
 
 
1044 aa  258  4e-67  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3606  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.63 
 
 
1000 aa  258  4e-67  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3131  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.65 
 
 
1060 aa  258  4e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.789076  normal  0.0879634 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3013  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.34 
 
 
1070 aa  258  5e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.36517  normal 
 
 
-
 
NC_011668  Sbal223_4470  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.77 
 
 
1084 aa  257  9e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.566129  normal  0.610404 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3150  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  30.39 
 
 
1000 aa  257  1.0000000000000001e-66  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_17680  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  31.77 
 
 
1035 aa  256  2.0000000000000002e-66  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3755  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.14 
 
 
1029 aa  255  4.0000000000000004e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0174443  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2927  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.18 
 
 
1020 aa  254  7e-66  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0289  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.36 
 
 
1044 aa  254  8.000000000000001e-66  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3172  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.23 
 
 
995 aa  253  1e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000000957293 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0222  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.38 
 
 
1028 aa  251  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0028  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.21 
 
 
1046 aa  250  1e-64  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.77996  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2911  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.45 
 
 
1079 aa  249  2e-64  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1854  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.87 
 
 
1026 aa  249  3e-64  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1534  type I restriction-modification enzyme, R subunit  28.4 
 
 
1031 aa  248  4.9999999999999997e-64  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0146067  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0011  type I site-specific deoxyribonuclease  27.14 
 
 
1061 aa  248  6e-64  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.386666 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2450  type I site-specific deoxyribonuclease HsdR family  30.12 
 
 
1042 aa  246  1.9999999999999999e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1217  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  29.28 
 
 
1065 aa  244  3.9999999999999997e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2239  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.9 
 
 
1046 aa  244  5e-63  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2781  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.17 
 
 
1042 aa  244  6e-63  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.759966 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2012  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  30.42 
 
 
1046 aa  244  6e-63  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.599838  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2912  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.4 
 
 
1045 aa  244  7e-63  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0006  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.28 
 
 
1068 aa  242  2e-62  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1308  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.38 
 
 
1077 aa  243  2e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.181512 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0281  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  29.21 
 
 
1028 aa  243  2e-62  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000241298 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1670  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  27.34 
 
 
965 aa  241  4e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000414451 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1093  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.15 
 
 
974 aa  241  5.999999999999999e-62  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.47 
 
 
1020 aa  239  3e-61  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1804  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  29.96 
 
 
1068 aa  236  1.0000000000000001e-60  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1124  Type I site-specific deoxyribonuclease HsdR  27.29 
 
 
1084 aa  236  2.0000000000000002e-60  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3142  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.89 
 
 
1053 aa  236  2.0000000000000002e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.311039  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2662  putative type I restriction enzyme R protein  27.98 
 
 
1076 aa  233  1e-59  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.322424  normal  0.707209 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1863  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  27.37 
 
 
855 aa  233  2e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0838  type I restriction-modification system, R subunit  28.11 
 
 
1210 aa  228  4e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0986  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.39 
 
 
1040 aa  227  8e-58  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1807  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.21 
 
 
982 aa  226  2e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.71292 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4822  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  28.12 
 
 
1020 aa  224  8e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.5346  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3386  HsdR family type I site-specific deoxyribonuclease  28.87 
 
 
1052 aa  223  9.999999999999999e-57  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>