More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3477 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  623  1e-177  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  62.58 
 
 		 327 aa  399  9.999999999999999e-111  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2610  LysR family transcriptional regulator  64.26 
 
 		 292 aa  378  1e-104  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.877697 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4623  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 315 aa  369  1e-101  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.570776 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0454  LysR family transcriptional regulator  59.04 
 
 		 304 aa  351  7e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.532094  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0368  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 383 aa  341  1e-92  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0631529  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0352  LysR family transcriptional regulator  57.34 
 
 		 304 aa  340  2e-92  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2836  LysR family transcriptional regulator  54.42 
 
 		 306 aa  335  5e-91  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4256  LysR family transcriptional regulator  53.9 
 
 		 298 aa  320  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.968203 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2703  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 303 aa  313  1.9999999999999998e-84  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.637197 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1070  transcriptional regulator, LysR family  44.78 
 
 		 310 aa  259  4e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.651506  decreased coverage  0.00634214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  43.77 
 
 		 310 aa  257  2e-67  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  43.77 
 
 		 310 aa  256  4e-67  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  45.52 
 
 		 309 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3293  LysR family transcriptional regulator  45.02 
 
 		 337 aa  244  1.9999999999999999e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.352846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2197  LysR family transcriptional regulator  40.83 
 
 		 303 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.41 
 
 		 305 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6570  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 305 aa  196  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.720722 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5316  LysR family transcriptional regulator  39.07 
 
 		 335 aa  195  7e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.230906  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3172  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 307 aa  194  2e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.803424  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4977  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 307 aa  192  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.43876 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 293 aa  192  4e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1227  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 301 aa  193  4e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.181175 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3120  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 330 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.540342 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5708  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0328059 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5151  LysR family transcriptional regulator  38.23 
 
 		 307 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2050  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.777492  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6027  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 301 aa  191  9e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1136  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 306 aa  191  1e-47  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5359  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.409076  normal  0.253591 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4531  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 307 aa  191  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.884215 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2663  transcriptional regulator, LysR family  35.62 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0779415  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 303 aa  191  2e-47  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2069  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 301 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.783577 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0791  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 314 aa  191  2e-47  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  38.01 
 
 		 298 aa  190  2.9999999999999997e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1441  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.428684  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0012  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1519  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1160  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3338  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 299 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.691581  normal  0.62369 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0015  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 305 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.62 
 
 		 304 aa  189  4e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0208652  normal  0.584211 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2361  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 326 aa  189  4e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.990733  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01769  predicted DNA-binding transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 308 aa  189  5e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2525  transcriptional regulator, LysR family  35.12 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1389  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.393156  normal  0.955383 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2025  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000110123  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01757  hypothetical protein  35.12 
 
 		 307 aa  189  5e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  38.51 
 
 		 335 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1834  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.295041 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1887  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 307 aa  188  8e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  37.46 
 
 		 299 aa  188  1e-46  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5765  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.310407  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6018  LysR family transcriptional regulator  36.91 
 
 		 300 aa  187  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.11 
 
 		 302 aa  187  1e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2082  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2488  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0585408  hitchhiker  0.000785028 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 304 aa  187  2e-46  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1649  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0254834 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1487  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.396455  hitchhiker  0.00316946 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1591  LysR family transcriptional regulator  39.44 
 
 		 313 aa  187  2e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.245083  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0014  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 335 aa  186  3e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1952  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 301 aa  187  3e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.514142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_39900  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 303 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1039  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 304 aa  186  4e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1229  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 305 aa  186  5e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.769515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1370  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3358  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 314 aa  186  5e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1119  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  186  5e-46  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.503847  normal  0.113213 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 306 aa  185  8e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.93 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5033  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.05 
 
 		 319 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  38.36 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 289 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4992  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.49 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.170896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  36.95 
 
 		 297 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4637  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 301 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.416318  normal  0.0807289 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 306 aa  182  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2088  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.320314  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 298 aa  182  6e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 303 aa  182  7e-45  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 309 aa  182  8.000000000000001e-45  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  34.81 
 
 		 289 aa  182  8.000000000000001e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1865  LysR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 313 aa  182  9.000000000000001e-45  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000631239 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0409  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6097  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 318 aa  181  1e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.867989  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  34.92 
 
 		 303 aa  181  1e-44  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 292 aa  181  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1493  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 313 aa  180  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.994959  normal  0.0324489 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>