208 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3466 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3466  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  100 
 
 
470 aa  972    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.811665  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0071  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  60.55 
 
 
474 aa  593  1e-168  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.621553  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1238  Pyridoxal-dependent decarboxylase  60.34 
 
 
486 aa  586  1e-166  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1957  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  59.91 
 
 
476 aa  578  1e-164  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1409  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  61.29 
 
 
478 aa  570  1e-161  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.557357  hitchhiker  0.0000101933 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3501  pyridoxal-dependent decarboxylase  61.37 
 
 
464 aa  566  1e-160  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00371632 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2160  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  43.74 
 
 
479 aa  405  1e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.222222  normal  0.771411 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0883  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  39.83 
 
 
486 aa  370  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0909  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  39.83 
 
 
486 aa  369  1e-101  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3163  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.77 
 
 
478 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.491116  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2552  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.34 
 
 
470 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00803752 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1126  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.25 
 
 
471 aa  358  9e-98  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0279279 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1832  Pyridoxal-dependent decarboxylase  43.96 
 
 
475 aa  352  7e-96  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.536749  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3364  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.34 
 
 
470 aa  345  7e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.792573  normal  0.561482 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1428  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  41.09 
 
 
476 aa  344  2e-93  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1738  Pyridoxal-dependent decarboxylase  40.66 
 
 
474 aa  343  4e-93  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2223  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  40.61 
 
 
470 aa  341  2e-92  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0898505  normal  0.960692 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2788  aromatic amino acid decarboxylase  39.74 
 
 
471 aa  336  5.999999999999999e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2867  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  39.87 
 
 
471 aa  335  1e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1334  aromatic amino acid decarboxylase  39.64 
 
 
471 aa  332  8e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3209  Pyridoxal-dependent decarboxylase  39.32 
 
 
579 aa  325  1e-87  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5685  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  42.05 
 
 
462 aa  285  1.0000000000000001e-75  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.025144  n/a   
 
 
-
 
NC_006686  CND00950  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative  35.59 
 
 
515 aa  275  9e-73  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.435109  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10299  aromatic-L-amino-acid decarboxylase, putative (AFU_orthologue; AFUA_3G02240)  34.48 
 
 
526 aa  246  4e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2555  decarboxylase, pyridoxal-dependent  29.65 
 
 
484 aa  219  7e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000100435 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0934  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.66 
 
 
466 aa  215  9.999999999999999e-55  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.000000218274  decreased coverage  0.000132275 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2916  Aromatic-L-amino-acid decarboxylase  29.9 
 
 
510 aa  216  9.999999999999999e-55  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.122607 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2734  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.76 
 
 
484 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.08514e-18 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2539  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.76 
 
 
484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2724  decarboxylase, pyridoxal-dependent  28.76 
 
 
484 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4065  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.5 
 
 
529 aa  213  7.999999999999999e-54  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.125159  normal  0.183613 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5531  putative pyridoxal-dependent decarboxylase  32.18 
 
 
502 aa  210  5e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.245703 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2157  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.83 
 
 
479 aa  209  1e-52  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4339  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.14 
 
 
517 aa  202  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.843861  normal  0.490736 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1305  Pyridoxal-dependent decarboxylase  30.57 
 
 
480 aa  202  8e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1124  aromatic amino acid decarboxylase, putative  28.92 
 
 
491 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1038  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  32.57 
 
 
483 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2115  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  27.04 
 
 
489 aa  196  7e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2983  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.68 
 
 
496 aa  196  9e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3338  aromatic-L-amino-acid decarboxylase  30.99 
 
 
492 aa  195  1e-48  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.133892  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4944  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.87 
 
 
486 aa  196  1e-48  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.326969  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4871  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.36 
 
 
486 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.16102  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1102  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.27 
 
 
492 aa  191  2e-47  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.967255  normal  0.206901 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4283  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.69 
 
 
486 aa  191  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_04970  decarboxylase, pyridoxal-dependent  27.35 
 
 
479 aa  186  7e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.421495  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1055  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.88 
 
 
530 aa  182  8.000000000000001e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4177  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.34 
 
 
484 aa  182  1e-44  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.51833  normal  0.768312 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1334  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.31 
 
 
497 aa  181  2e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1440  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.74 
 
 
474 aa  179  7e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108677 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0590  putative L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  26.99 
 
 
484 aa  178  2e-43  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.126403  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0114  Pyridoxal-dependent decarboxylase  29.24 
 
 
480 aa  177  3e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.15522  normal  0.0242531 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1282  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.22 
 
 
477 aa  174  1.9999999999999998e-42  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5923  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.2 
 
 
483 aa  173  5e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.520992  normal  0.358507 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2448  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.3 
 
 
515 aa  172  7.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2547  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.05 
 
 
515 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3190  pyridoxal-dependent decarboxylase domain-containing protein  27.05 
 
 
515 aa  172  2e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.399603  normal  0.0148161 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2266  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.32 
 
 
517 aa  167  2.9999999999999998e-40  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.981708  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0606  non-ribosomal peptide synthetase module-containing protein  28.1 
 
 
462 aa  166  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.902571  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2835  Pyridoxal-dependent decarboxylase  26.89 
 
 
507 aa  165  2.0000000000000002e-39  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.579316  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6192  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.67 
 
 
492 aa  162  2e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.478239  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0285  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.86 
 
 
529 aa  160  3e-38  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013201  Hmuk_3330  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.47 
 
 
503 aa  158  2e-37  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.405304  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3171  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.73 
 
 
505 aa  158  2e-37  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.902274  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0134  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.48 
 
 
515 aa  157  4e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0512  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.79 
 
 
544 aa  156  9e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0927  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  27.09 
 
 
511 aa  155  1e-36  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2059  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.92 
 
 
495 aa  155  2e-36  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00190827  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1171  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.86 
 
 
475 aa  154  2e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0333328 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2288  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.17 
 
 
494 aa  155  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.715836  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2354  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.19 
 
 
495 aa  154  2.9999999999999998e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0161317  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2714  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.12 
 
 
488 aa  154  2.9999999999999998e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000216735  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0743  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.67 
 
 
489 aa  154  4e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2838  aromatic amino acid beta-eliminating lyase/threonine aldolase  26.9 
 
 
522 aa  153  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0758155  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4221  pyridoxal-dependent decarboxylase  30.54 
 
 
488 aa  152  1e-35  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.488782 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2418  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.43 
 
 
490 aa  152  1e-35  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.0000894226  normal  0.0292471 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2531  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.62 
 
 
460 aa  149  1.0000000000000001e-34  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00114613  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1232  aminotransferase, class III/decarboxylase, group II  27.53 
 
 
961 aa  149  1.0000000000000001e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000122861  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1409  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.53 
 
 
474 aa  147  3e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1074  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.45 
 
 
551 aa  147  4.0000000000000006e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0179371  normal  0.433316 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2925  Pyridoxal-dependent decarboxylase  25.48 
 
 
470 aa  146  6e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2558  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.27 
 
 
467 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2310  L-2,4-diaminobutyrate decarboxylase  30.21 
 
 
489 aa  144  3e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.506086  normal  0.726788 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2647  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.91 
 
 
478 aa  144  3e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.88616  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0214  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.27 
 
 
527 aa  144  4e-33  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1168  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.31 
 
 
482 aa  143  5e-33  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2249  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.67 
 
 
471 aa  142  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.198283  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2732  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.19 
 
 
463 aa  141  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.238333 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4529  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.3 
 
 
350 aa  140  6e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3049  pyridoxal-dependent decarboxylase  25.87 
 
 
471 aa  139  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2702  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.41 
 
 
463 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.146813  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2746  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.41 
 
 
463 aa  139  2e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3459  pyridoxal-dependent decarboxylase  27.25 
 
 
511 aa  138  2e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2551  pyridoxal-dependent decarboxylase  28.88 
 
 
534 aa  138  2e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.547739 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2740  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.48 
 
 
530 aa  138  3.0000000000000003e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.14205  normal  0.0399621 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4295  Pyridoxal-dependent decarboxylase  27.36 
 
 
508 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0000243421 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03010  PLP-dependent enzyme, glutamate decarboxylase  27.65 
 
 
442 aa  137  5e-31  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0196  Pyridoxal-dependent decarboxylase  28.13 
 
 
484 aa  137  5e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.6927  normal  0.0347054 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7120  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.02 
 
 
466 aa  137  6.0000000000000005e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  hitchhiker  0.00363554  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1241  pyridoxal-dependent decarboxylase  26.74 
 
 
466 aa  136  8e-31  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2949  pyridoxal-dependent decarboxylase  29.22 
 
 
502 aa  135  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.442662  normal  0.020472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>