More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3447 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3447  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  100 
 
 
501 aa  1030    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3303  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  68.19 
 
 
462 aa  647    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00106265 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1462  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  64.85 
 
 
502 aa  628  1e-179  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0372006 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2476  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  63.83 
 
 
474 aa  628  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1509  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  63.54 
 
 
469 aa  626  1e-178  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1707  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  63.1 
 
 
469 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5462  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  50.97 
 
 
471 aa  481  1e-135  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0855714  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3883  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  50.54 
 
 
470 aa  479  1e-134  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.616657  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3223  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  49.67 
 
 
463 aa  474  1e-132  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.199008 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0843  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  50.11 
 
 
472 aa  462  1e-129  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2047  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  48.91 
 
 
467 aa  453  1.0000000000000001e-126  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.154966  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12727  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  47.42 
 
 
468 aa  444  1e-123  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0212  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  47.92 
 
 
476 aa  441  9.999999999999999e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2448  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  47.01 
 
 
471 aa  437  1e-121  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.518866 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6317  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  47.84 
 
 
467 aa  434  1e-120  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0419159  normal  0.418244 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5306  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  48.03 
 
 
477 aa  430  1e-119  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0334  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.96 
 
 
466 aa  369  1e-101  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4531  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.45 
 
 
470 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.455944  hitchhiker  0.00000533814 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4367  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.45 
 
 
470 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4454  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.45 
 
 
470 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000116536 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4457  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.45 
 
 
470 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000163377 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4336  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.45 
 
 
470 aa  367  1e-100  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4024  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.71 
 
 
466 aa  362  7.0000000000000005e-99  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.257057  normal  0.0391743 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4196  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  360  2e-98  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.194644  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4054  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  360  2e-98  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0478182 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4024  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  40.5 
 
 
466 aa  360  3e-98  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0137  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.05 
 
 
466 aa  360  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.647839  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0118  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.05 
 
 
466 aa  360  3e-98  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.483779  normal  0.676164 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4502  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  360  3e-98  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0108138  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4408  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  360  3e-98  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0258323  normal  0.0356369 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5422  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  360  3e-98  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.349391 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4078  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.05 
 
 
466 aa  360  3e-98  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4447  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  360  4e-98  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03847  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.5 
 
 
466 aa  359  5e-98  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0805855  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03796  hypothetical protein  40.5 
 
 
466 aa  359  5e-98  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0623556  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03582  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.74 
 
 
473 aa  357  2.9999999999999997e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.747985  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4774  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.25 
 
 
465 aa  356  5e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.125317  hitchhiker  0.00386206 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3787  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.01 
 
 
468 aa  356  5.999999999999999e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2169  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.4 
 
 
464 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.68656  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2890  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.55 
 
 
471 aa  354  2e-96  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.784387  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25390  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.4 
 
 
464 aa  354  2e-96  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0188  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.79 
 
 
468 aa  352  1e-95  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1901  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.39 
 
 
477 aa  351  2e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.961651  decreased coverage  0.000428846 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0194  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.79 
 
 
468 aa  351  2e-95  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2370  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.57 
 
 
466 aa  350  3e-95  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000113082  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2106  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.39 
 
 
464 aa  350  3e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0128  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  40.17 
 
 
468 aa  350  3e-95  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.964966  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1577  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.91 
 
 
463 aa  348  1e-94  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.00876863  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3567  pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase dimerization region  39.83 
 
 
476 aa  348  2e-94  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.593485  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0118  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38 
 
 
476 aa  347  3e-94  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0589234  normal  0.30721 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1719  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.35 
 
 
464 aa  345  8e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0974339  normal  0.028819 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1668  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.18 
 
 
464 aa  345  1e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002152  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.62 
 
 
466 aa  344  2e-93  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0102006  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1036  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.05 
 
 
547 aa  344  2.9999999999999997e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.746079  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14670  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.53 
 
 
464 aa  343  2.9999999999999997e-93  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2151  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.96 
 
 
464 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.148708  decreased coverage  0.00883462 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3591  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.96 
 
 
464 aa  343  5e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.343336 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3862  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.74 
 
 
464 aa  342  5.999999999999999e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1692  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.96 
 
 
464 aa  342  7e-93  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.215126 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5091  pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerization region  41.21 
 
 
466 aa  342  9e-93  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.412969  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1603  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.96 
 
 
464 aa  342  1e-92  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.073582  normal  0.0278892 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1333  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.61 
 
 
547 aa  340  4e-92  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.201704  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00265  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.7 
 
 
476 aa  338  9e-92  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0914  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.44 
 
 
470 aa  338  9e-92  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.75336  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3945  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  39.52 
 
 
481 aa  338  9.999999999999999e-92  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.332023  normal  0.0692288 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0951  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.18 
 
 
546 aa  337  1.9999999999999998e-91  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000560958  hitchhiker  0.00448412 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1923  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.17 
 
 
463 aa  335  9e-91  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1805  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  41.51 
 
 
466 aa  331  2e-89  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3972  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.7 
 
 
476 aa  320  3.9999999999999996e-86  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0781763  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3894  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.7 
 
 
476 aa  320  5e-86  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.199328  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3831  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.7 
 
 
476 aa  318  2e-85  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2516  soluble pyridine nucleotide transhydrogenase  38.5 
 
 
465 aa  307  3e-82  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6035  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.3 
 
 
466 aa  234  3e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0608  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.91 
 
 
458 aa  233  5e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0365  dihydrolipoamide dehydrogenase  32.74 
 
 
458 aa  232  1e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1554  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.29 
 
 
589 aa  221  1.9999999999999999e-56  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0550  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.33 
 
 
467 aa  220  3.9999999999999997e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00865571  normal  0.262982 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0398  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.9 
 
 
467 aa  220  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.175439 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2936  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.56 
 
 
468 aa  220  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0274  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.62 
 
 
467 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.499041  normal  0.530597 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1003  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.49 
 
 
594 aa  218  2.9999999999999998e-55  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.851611  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0537  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.77 
 
 
480 aa  217  2.9999999999999998e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0425  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.2 
 
 
467 aa  216  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0183  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.69 
 
 
467 aa  216  8e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3964  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.28 
 
 
468 aa  216  9e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.321391  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1030  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.37 
 
 
471 aa  216  9e-55  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.578679  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1264  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.7 
 
 
472 aa  216  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.71337  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1456  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.11 
 
 
463 aa  215  9.999999999999999e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3674  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.06 
 
 
468 aa  214  1.9999999999999998e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.974564 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0180  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.9 
 
 
467 aa  215  1.9999999999999998e-54  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1524  lipoamide dehydrogenase  31.17 
 
 
474 aa  214  3.9999999999999995e-54  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1084  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.98 
 
 
473 aa  213  4.9999999999999996e-54  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.737232  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1763  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.56 
 
 
459 aa  213  4.9999999999999996e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.733287  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1459  lipoamide dehydrogenase  30.96 
 
 
474 aa  213  5.999999999999999e-54  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011673  PHATRDRAFT_26432  dihydrolipoyl dehydrogenase  30.71 
 
 
500 aa  212  1e-53  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4116  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.85 
 
 
468 aa  212  1e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.608117  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1140  dihydrolipoamide dehydrogenase  30.46 
 
 
475 aa  211  3e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.159732  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1945  dihydrolipoamide dehydrogenase  31.88 
 
 
459 aa  211  3e-53  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.341599  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_06220  Dihydrolipoyl dehydrogenase  30.28 
 
 
468 aa  210  4e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2179  dihydrolipoamide dehydrogenase  29.41 
 
 
468 aa  210  5e-53  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>