More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3431 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3431  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
756 aa  1541    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0342  multi-sensor hybrid histidine kinase  49.8 
 
 
827 aa  475  1e-132  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3346  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.13 
 
 
781 aa  435  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.570391  normal  0.852351 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0393x  response regulator, histidine kinase  37.87 
 
 
943 aa  338  1.9999999999999998e-91  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.621999  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.24 
 
 
1313 aa  328  3e-88  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0092  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.28 
 
 
1313 aa  322  1.9999999999999998e-86  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.783031 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.31 
 
 
939 aa  316  9.999999999999999e-85  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.660448  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2415  PAS sensor protein  34.4 
 
 
810 aa  311  2.9999999999999997e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02206  hypothetical protein  32.19 
 
 
827 aa  311  4e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2831  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
1407 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.160519  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1929  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.87 
 
 
791 aa  304  4.0000000000000003e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.108732  normal  0.835393 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.23 
 
 
767 aa  301  4e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 
846 aa  300  9e-80  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0720  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.62 
 
 
882 aa  299  1e-79  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.488385  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3508  sensor histidine kinase  43.28 
 
 
729 aa  298  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 
1287 aa  298  4e-79  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3403  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.38 
 
 
957 aa  297  6e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3006  PAS  35.65 
 
 
1560 aa  296  1e-78  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.755684 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1328  Signal transduction histidine kinase-like protein  33.21 
 
 
763 aa  295  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03166  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.34 
 
 
959 aa  295  2e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.2 
 
 
969 aa  295  3e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
765 aa  291  3e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
902 aa  289  1e-76  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.49 
 
 
1433 aa  288  2e-76  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2453  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.95 
 
 
969 aa  288  2.9999999999999996e-76  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.19952  normal  0.304956 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  35.08 
 
 
797 aa  286  8e-76  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.02 
 
 
674 aa  285  2.0000000000000002e-75  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.31 
 
 
785 aa  283  7.000000000000001e-75  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.87 
 
 
1199 aa  283  7.000000000000001e-75  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1958  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.81 
 
 
816 aa  283  8.000000000000001e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.952692  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1353  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.76 
 
 
1029 aa  283  9e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.283316  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  43.05 
 
 
781 aa  283  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0973  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.46 
 
 
1064 aa  282  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.94 
 
 
1127 aa  281  2e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 
1059 aa  282  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1820  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.06 
 
 
780 aa  282  2e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00145182  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  40.53 
 
 
982 aa  281  3e-74  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2929  histidine kinase  40.28 
 
 
606 aa  281  3e-74  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2847  PAS  35.51 
 
 
764 aa  280  5e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.445085  normal  0.0351705 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.6 
 
 
863 aa  280  7e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 
1075 aa  280  1e-73  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2194  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.22 
 
 
1363 aa  278  3e-73  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.35 
 
 
1452 aa  278  3e-73  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0800  histidine kinase  41.53 
 
 
882 aa  277  4e-73  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.127646  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1722  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.2 
 
 
1007 aa  277  5e-73  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.608863  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.09 
 
 
1267 aa  277  6e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1768  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 
1033 aa  276  1.0000000000000001e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.046039  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.99 
 
 
973 aa  276  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3396  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.18 
 
 
927 aa  275  2.0000000000000002e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3528  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.39 
 
 
690 aa  275  2.0000000000000002e-72  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.148332  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000382  putative sensory box sensor histidine kinase/response regulator  32.17 
 
 
873 aa  275  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0307  response regulator, histidine kinase  40.05 
 
 
755 aa  275  2.0000000000000002e-72  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1644  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.45 
 
 
789 aa  275  3e-72  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841521  normal  0.594738 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1726  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.03 
 
 
881 aa  275  3e-72  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0185814  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1794  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.12 
 
 
965 aa  275  3e-72  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0332193  normal  0.80092 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.35 
 
 
873 aa  273  7e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0915  Hpt sensor hybrid histidine kinase  40.29 
 
 
822 aa  273  8.000000000000001e-72  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.39 
 
 
643 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  39.37 
 
 
827 aa  271  2e-71  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1217  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.3 
 
 
803 aa  271  2e-71  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.503931  normal  0.0882093 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0833  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.25 
 
 
682 aa  270  5.9999999999999995e-71  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0832804 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.05 
 
 
643 aa  270  5.9999999999999995e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2762  PAS sensor protein  38.84 
 
 
1135 aa  269  1e-70  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.449168  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  40.35 
 
 
631 aa  269  1e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0077  histidine kinase  42.78 
 
 
661 aa  269  1e-70  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.131853 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3030  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.52 
 
 
1596 aa  269  1e-70  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.010791 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2393  histidine kinase  41.13 
 
 
735 aa  270  1e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.774182  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0718  sensory box histidine kinase/response regulator  37.33 
 
 
589 aa  268  2e-70  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.97168  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1051  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 
862 aa  268  2e-70  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1342  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.21 
 
 
944 aa  268  2.9999999999999995e-70  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3325  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.71 
 
 
667 aa  268  2.9999999999999995e-70  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4715  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.02 
 
 
1350 aa  268  2.9999999999999995e-70  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.726459  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3419  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.19 
 
 
1767 aa  268  4e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1268  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.89 
 
 
1069 aa  268  4e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0715  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
1767 aa  267  5e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0562  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
743 aa  267  5e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.1893  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3307  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.59 
 
 
1767 aa  267  5.999999999999999e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.05 
 
 
643 aa  266  7e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0559  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 
704 aa  266  8e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2811  PAS  35.11 
 
 
1023 aa  266  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0211559  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  40.43 
 
 
643 aa  266  1e-69  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1355  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.14 
 
 
895 aa  266  1e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2350  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.71 
 
 
1053 aa  266  1e-69  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1441  PAS  32.76 
 
 
794 aa  265  2e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.876573  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.39 
 
 
1078 aa  265  2e-69  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0566  MCP methyltransferase, CheR-type with PAS/PAC sensor  33.66 
 
 
1193 aa  265  2e-69  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2033  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.17 
 
 
866 aa  265  3e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.41 
 
 
911 aa  265  3e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.989546 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  37.5 
 
 
631 aa  264  4e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2061  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.9 
 
 
738 aa  264  4e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2769  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.6 
 
 
773 aa  264  4e-69  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2394  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.72 
 
 
1788 aa  264  4e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.0407078 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1507  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.37 
 
 
926 aa  264  4e-69  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3549  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35 
 
 
982 aa  264  4.999999999999999e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.288363 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1825  Hpt sensor hybrid histidine kinase  36.23 
 
 
932 aa  264  4.999999999999999e-69  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2525  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.44 
 
 
785 aa  263  6.999999999999999e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.985854  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  41.25 
 
 
764 aa  263  6.999999999999999e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3714  PAS  36.25 
 
 
1028 aa  263  8e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.101634 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  39.44 
 
 
877 aa  263  8e-69  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2456  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.81 
 
 
1128 aa  263  8e-69  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.165433 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>