More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3260 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3260  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  633  1e-180  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.444883 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2434  LysR family transcriptional regulator  59.06 
 
 		 301 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5863  Transcriptional regulator  58.78 
 
 		 299 aa  363  2e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2155  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 304 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1878  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 304 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1724  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 304 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1177  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 304 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0891  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 304 aa  355  5.999999999999999e-97  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0367  transcriptional regulator  58.61 
 
 		 339 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0275  LysR family transcriptional regulator  58.61 
 
 		 339 aa  354  8.999999999999999e-97  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2950  LysR family transcriptional regulator  57.58 
 
 		 305 aa  348  7e-95  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.954303 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0370  LysR family transcriptional regulator  57.24 
 
 		 305 aa  347  2e-94  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.825103  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6279  LysR family transcriptional regulator  56.57 
 
 		 305 aa  341  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.853618  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4576  LysR family transcriptional regulator  54.05 
 
 		 306 aa  340  2e-92  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00764055  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0004  LysR family transcriptional regulator  52.36 
 
 		 309 aa  324  1e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.357807  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06400  LysR family transcriptional regulator  51.5 
 
 		 308 aa  324  1e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.369757  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0131  LysR family transcriptional regulator  52.67 
 
 		 307 aa  322  3e-87  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2937  transcriptional regulator, LysR family  51.52 
 
 		 305 aa  320  1.9999999999999998e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2723  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50.84 
 
 		 305 aa  316  3e-85  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.63808  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2863  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 305 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.97885  normal  0.374459 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0594  putative transcriptional regulator  50.5 
 
 		 305 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.250322  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2773  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2919  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  312  4.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.344488  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2386  transcriptional regulator, LysR family  51.16 
 
 		 304 aa  312  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.600972  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2117  LysR family transcriptional regulator  50.17 
 
 		 305 aa  311  7.999999999999999e-84  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.052237  normal  0.387945 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2482  transcriptional regulator, LysR family  51.51 
 
 		 304 aa  310  2e-83  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0362  LysR family transcriptional regulator  42.18 
 
 		 301 aa  249  6e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6877  LysR family transcriptional regulator  41.64 
 
 		 303 aa  240  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00333215  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5544  LysR family transcriptional regulator  41.9 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.899335 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5839  LysR family transcriptional regulator  41.44 
 
 		 311 aa  234  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0613  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.723423  normal  0.0745761 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5762  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 302 aa  226  4e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0147  LysR family transcriptional regulator  39.72 
 
 		 312 aa  222  4.9999999999999996e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.951871  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2418  transcriptional regulator, LysR family  39.02 
 
 		 312 aa  219  6e-56  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3722  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 302 aa  217  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.791841 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3422  transcriptional regulator, LysR family  41.67 
 
 		 302 aa  216  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.670057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1050  LysR family transcriptional regulator  41.3 
 
 		 304 aa  215  7e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2186  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 302 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.209379 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2787  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 302 aa  211  1e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3648  LysR family transcriptional regulator  40.27 
 
 		 307 aa  192  7e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3310  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.637496  normal  0.0770151 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0303  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02660  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.319663  normal  0.331966 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6995  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 309 aa  145  6e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0324975  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7083  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.074768 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 305 aa  145  1e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4934  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 		 304 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.565253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3293  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 313 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3143  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 317 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5671  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 309 aa  142  9e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.840206  normal  0.520429 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2574  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 303 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6420  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 307 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.83075  normal  0.614202 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5408  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 307 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.133517  normal  0.0100846 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2962  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.478402  normal  0.502508 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1666  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.883412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2573  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 320 aa  124  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2340  transcriptional regulator, LysR family  29.93 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0382  transcriptional regulator, LysR family  28.89 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0441  LysR family transcriptional regulator  28.2 
 
 		 307 aa  123  4e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2323  oxidative stress transcriptional regulator  28.87 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.523521  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2055  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.505103  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 309 aa  120  3e-26  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 312 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1043  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.805531  normal  0.622996 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 		 301 aa  119  4.9999999999999996e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  28.05 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2385  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0520  hydrogen peroxide-inducible genes activator  27.27 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.454545  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 296 aa  117  3e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.59 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03200  transcriptional regulator  27.8 
 
 		 300 aa  116  5e-25  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 316 aa  115  6e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1654  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.91 
 
 		 311 aa  115  7.999999999999999e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00724333  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 308 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 		 308 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3225  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.996696  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3286  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.254644  normal  0.231558 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6041  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 308 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756462  hitchhiker  0.00133745 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  29.51 
 
 		 302 aa  114  3e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04591  oxidative stress transcriptional regulator  28.01 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0821  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0540741  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>