68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3159 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3159  hypothetical protein  100 
 
 		 322 aa  668    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2465  hemolysin-type calcium-binding region  49.51 
 
 		 561 aa  211  2e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.798132  normal  0.386301 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0294  hemolysin-type calcium-binding region  49.29 
 
 		 589 aa  192  6e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008042  TM1040_3785  hemolysin-type calcium-binding region  41.67 
 
 		 792 aa  161  1e-38  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0346171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2490  hemolysin-type calcium-binding protein  41.3 
 
 		 833 aa  139  4.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0747804  normal  0.0246403 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0353  hypothetical protein  41.4 
 
 		 530 aa  136  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1836  hypothetical protein  40.45 
 
 		 369 aa  132  6.999999999999999e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.934972 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3681  hemolysin-type calcium-binding protein  37.63 
 
 		 1462 aa  125  1e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2108  hypothetical protein  40.94 
 
 		 353 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2930  hypothetical protein  42.2 
 
 		 207 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.505078  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1066  hemolysin-type calcium-binding protein  37 
 
 		 950 aa  119  7e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0187032  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0911  hypothetical protein  38.25 
 
 		 232 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0645348 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1574  hypothetical protein  39.15 
 
 		 207 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.010056  normal  0.553816 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3000  hypothetical protein  38.95 
 
 		 526 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.592771  normal  0.37885 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0133  putative type I secretion target repeat protein  31.06 
 
 		 319 aa  116  5e-25  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.749153  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1434  type I secretion target repeat-containing protein  40 
 
 		 220 aa  116  5e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.27327  normal  0.163462 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1505  hypothetical protein  37.72 
 
 		 398 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0183734  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2690  hemolysin-type calcium-binding region  36.68 
 
 		 767 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.969151  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3087  hypothetical protein  39.89 
 
 		 477 aa  110  3e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0780  hypothetical protein  28.75 
 
 		 340 aa  110  3e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1272  hypothetical protein  39.08 
 
 		 351 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.637281 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0807  hypothetical protein  39.18 
 
 		 342 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.219261  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0234  hypothetical protein  36.87 
 
 		 354 aa  109  5e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0010  hypothetical protein  32.74 
 
 		 425 aa  108  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0232  hypothetical protein  42.01 
 
 		 356 aa  108  1e-22  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1453  hypothetical protein  35.84 
 
 		 387 aa  105  9e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.445258 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0264  hypothetical protein  39.61 
 
 		 352 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0953  hypothetical protein  33.92 
 
 		 364 aa  101  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.682232 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3041  hemolysin-type calcium-binding region  32.52 
 
 		 1043 aa  100  4e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1488  hemolysin-type calcium-binding region  30.91 
 
 		 854 aa  99.4  7e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4889  hypothetical protein  36 
 
 		 447 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.322179 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5397  hypothetical protein  34.98 
 
 		 465 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1763  hypothetical protein  39.33 
 
 		 516 aa  91.7  1e-17  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.85755  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2282  hypothetical protein  33.16 
 
 		 452 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2062  hypothetical protein  30.29 
 
 		 418 aa  89  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0641  hypothetical protein  36.11 
 
 		 594 aa  84.3  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  decreased coverage  0.00375147  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2933  hypothetical protein  29.89 
 
 		 469 aa  84.7  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0258334 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3516  hypothetical protein  35.86 
 
 		 346 aa  83.2  0.000000000000005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5751  hypothetical protein  34.48 
 
 		 363 aa  83.2  0.000000000000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.357131  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4724  collagen triple helix repeat  32.72 
 
 		 342 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.958299  normal  0.038222 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5071  triple helix repeat-containing collagen  33.56 
 
 		 465 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0278582  normal  0.141411 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2422  hypothetical protein  32.24 
 
 		 283 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.756462  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1179  hypothetical protein  35.37 
 
 		 343 aa  78.6  0.0000000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.983645  normal  0.0540579 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4207  triple helix repeat-containing collagen  32.64 
 
 		 346 aa  77.4  0.0000000000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.532408 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3940  hypothetical protein  29.17 
 
 		 273 aa  76.6  0.0000000000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2968  hypothetical protein  29.88 
 
 		 197 aa  75.9  0.0000000000008  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2113  hypothetical protein  34.03 
 
 		 493 aa  76.3  0.0000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.234838  normal  0.126619 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6773  hypothetical protein  31.91 
 
 		 308 aa  75.1  0.000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0772  hypothetical protein  30.56 
 
 		 266 aa  74.7  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.585439  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0722  hypothetical protein  30.56 
 
 		 266 aa  74.3  0.000000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1804  hypothetical protein  29.41 
 
 		 338 aa  72.8  0.000000000008  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.269337  normal  0.0111784 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3487  triple helix repeat-containing collagen  34.67 
 
 		 848 aa  72.4  0.00000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.18885 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1987  hypothetical protein  30.41 
 
 		 499 aa  70.1  0.00000000004  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4881  Collagen triple helix repeat protein  29.25 
 
 		 743 aa  69.7  0.00000000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3178  hypothetical protein  31.47 
 
 		 292 aa  69.7  0.00000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.187373  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0663  hypothetical protein  33.33 
 
 		 1503 aa  69.7  0.00000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.994599  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1166  triple helix repeat-containing collagen  32 
 
 		 1050 aa  68.2  0.0000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  unclonable  0.000520628  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4817  hypothetical protein  31.72 
 
 		 212 aa  67.4  0.0000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.542662 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6774  peptidase metallopeptidase  33.11 
 
 		 641 aa  65.1  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.486131  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0306  hypothetical protein  28.66 
 
 		 644 aa  64.3  0.000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.919182  decreased coverage  0.00578351 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1206  hypothetical protein  31.85 
 
 		 332 aa  63.5  0.000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0616  hypothetical protein  26.7 
 
 		 255 aa  61.2  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0352  hypothetical protein  30.34 
 
 		 348 aa  58.9  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2619  hypothetical protein  30.56 
 
 		 460 aa  58.2  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0605452  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0421  hypothetical protein  29.3 
 
 		 738 aa  56.6  0.0000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2477  hypothetical protein  31.78 
 
 		 190 aa  54.3  0.000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.741736  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1563  hypothetical protein  27.94 
 
 		 230 aa  53.1  0.000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.170983  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6097  hypothetical protein  28.47 
 
 		 156 aa  43.5  0.004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>