285 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3153 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_1356  extracellular solute-binding protein  77.29 
 
 		 418 aa  669    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0142784  normal  0.791743 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3153  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 417 aa  855    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.000182033  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2706  extracellular solute-binding protein  76.68 
 
 		 422 aa  666    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.5087  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3405  extracellular solute-binding protein  71.7 
 
 		 419 aa  637    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3546  extracellular solute-binding protein  71.6 
 
 		 419 aa  637    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000421461  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2472  extracellular solute-binding protein  75.56 
 
 		 419 aa  633  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.250047 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0449  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  72.44 
 
 		 419 aa  632  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0516  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  71.46 
 
 		 419 aa  630  1e-179  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.367443  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2646  extracellular solute-binding protein family 1  68.26 
 
 		 419 aa  610  1e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0628324  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2906  extracellular solute-binding protein family 1  71.46 
 
 		 419 aa  605  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.194008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1651  extracellular solute-binding protein  61.93 
 
 		 427 aa  557  1e-157  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.660801  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4033  extracellular solute-binding protein  63.03 
 
 		 429 aa  537  1e-151  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2657  extracellular solute-binding protein family 1  54.78 
 
 		 422 aa  480  1e-134  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  0.0000100934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0208  putative extracellular solute-binding protein  54.22 
 
 		 458 aa  454  1.0000000000000001e-126  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0085185  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0621  extracellular solute-binding protein  30.61 
 
 		 427 aa  160  4e-38  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.178997  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0238  extracellular solute-binding protein family 1  25.71 
 
 		 423 aa  94  4e-18  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0434  extracellular solute-binding protein family 1  28.53 
 
 		 444 aa  87.8  3e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.205913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_31540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.91 
 
 		 458 aa  87  5e-16  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.197851  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1301  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.64 
 
 		 441 aa  85.1  0.000000000000002  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20520  extracellular solute-binding protein family 1  26.87 
 
 		 417 aa  85.1  0.000000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.561553  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4984  extracellular solute-binding protein family 1  27.35 
 
 		 428 aa  82.4  0.00000000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3041  extracellular solute-binding protein  23.99 
 
 		 429 aa  79.7  0.00000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.887996  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13140  extracellular solute-binding protein family 1  23.88 
 
 		 424 aa  77.8  0.0000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4017  extracellular solute-binding protein  26.05 
 
 		 435 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1291  extracellular solute-binding protein family 1  24.31 
 
 		 470 aa  75.5  0.000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3304  extracellular solute-binding protein family 1  26.92 
 
 		 431 aa  74.3  0.000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8236  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  24.92 
 
 		 434 aa  72.8  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.953199  normal  0.764848 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1759  extracellular solute-binding protein family 1  26.69 
 
 		 436 aa  71.6  0.00000000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.071409  normal  0.0857732 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3675  extracellular solute-binding protein family 1  26.28 
 
 		 447 aa  71.6  0.00000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0626  extracellular solute-binding protein  23.83 
 
 		 408 aa  71.6  0.00000000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.000000000892518  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1094  extracellular solute-binding protein  24.57 
 
 		 434 aa  70.5  0.00000000005  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.161365  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2391  extracellular solute-binding protein family 1  25.08 
 
 		 422 aa  70.5  0.00000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.436445  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5736  ABC transporter, substrate-binding protein  24.42 
 
 		 410 aa  69.7  0.00000000008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.214535  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1947  extracellular solute-binding protein  23.7 
 
 		 428 aa  69.3  0.0000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.709657  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3054  extracellular solute-binding protein family 1  31.1 
 
 		 429 aa  68.2  0.0000000003  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0183103 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1113  sugar ABC transporter, sugar-binding protein  22.78 
 
 		 419 aa  67.8  0.0000000003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0203061  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3600  extracellular solute-binding protein family 1  22.49 
 
 		 425 aa  67  0.0000000005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3155  extracellular solute-binding protein family 1  27.86 
 
 		 434 aa  67  0.0000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6933  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  24.86 
 
 		 412 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0038808  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1485  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  24.37 
 
 		 429 aa  66.2  0.000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1808  extracellular solute-binding protein family 1  29.79 
 
 		 414 aa  65.9  0.000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3613  extracellular solute-binding protein family 1  25.15 
 
 		 429 aa  65.5  0.000000002  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.249837  normal  0.747368 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2008  ABC transporter extracellular solute-binding protein  26.96 
 
 		 408 aa  64.3  0.000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.247518  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2327  extracellular solute-binding protein family 1  24.73 
 
 		 424 aa  64.7  0.000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.169538  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2485  extracellular solute-binding protein  27.92 
 
 		 415 aa  64.7  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00421769  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7218  extracellular solute-binding protein  24.92 
 
 		 412 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0940  extracellular solute-binding protein family 1  28.11 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000004  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.558741 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2652  extracellular solute-binding protein family 1  24.47 
 
 		 424 aa  63.5  0.000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.142803  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3775  extracellular solute-binding protein family 1  25.53 
 
 		 459 aa  63.5  0.000000007  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.137854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4621  extracellular solute-binding protein family 1  26.07 
 
 		 413 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1126  extracellular solute-binding protein family 1  27.14 
 
 		 433 aa  62.8  0.00000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.162135  hitchhiker  0.000581091 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4586  extracellular solute-binding protein family 1  25.56 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.947174 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4880  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0556  ABC transporter, solute-binding protein  27.07 
 
 		 461 aa  62.4  0.00000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.526712  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3285  extracellular solute-binding protein  24.43 
 
 		 412 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5331  extracellular solute-binding protein family 1  23.61 
 
 		 424 aa  61.2  0.00000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0923  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  34.91 
 
 		 450 aa  61.2  0.00000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.293658  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4632  extracellular solute-binding protein  27.65 
 
 		 419 aa  60.8  0.00000004  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.448727  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2016  extracellular solute-binding protein  23.66 
 
 		 408 aa  60.8  0.00000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00148299  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0697  extracellular solute-binding protein family 1  28.89 
 
 		 433 aa  60.8  0.00000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11540  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  28.49 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000005  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0159385 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5027  extracellular solute-binding protein family 1  29.01 
 
 		 434 aa  60.5  0.00000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0894368  normal  0.625584 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2696  extracellular solute-binding protein  24.56 
 
 		 420 aa  58.9  0.0000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.240659  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2572  extracellular solute-binding protein  21.55 
 
 		 414 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3472  extracellular solute-binding protein family 1  23.29 
 
 		 413 aa  58.9  0.0000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1306  extracellular solute-binding protein family 1  25.89 
 
 		 445 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6971  extracellular solute-binding protein family 1  22.96 
 
 		 431 aa  59.7  0.0000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.487837  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1924  extracellular solute-binding protein  26.99 
 
 		 415 aa  59.3  0.0000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.121968  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5487  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000866815 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09490  extracellular solute-binding protein family 1  25.11 
 
 		 424 aa  58.5  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.48456e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4751  extracellular solute-binding protein family 1  28.36 
 
 		 417 aa  58.5  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.137656  normal  0.378465 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3409  extracellular solute-binding protein  29.94 
 
 		 451 aa  58.5  0.0000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.000000553575  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2716  extracellular solute-binding protein family 1  23.75 
 
 		 441 aa  58.2  0.0000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3534  extracellular solute-binding protein family 1  25.32 
 
 		 445 aa  58.2  0.0000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.582574 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6156  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.889741  hitchhiker  0.000305646 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24620  carbohydrate-binding protein  23.28 
 
 		 424 aa  57.8  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27700  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  29.05 
 
 		 426 aa  57.8  0.0000003  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3169  extracellular solute-binding protein family 1  26.65 
 
 		 445 aa  57.8  0.0000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.187022 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4932  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 419 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0556288 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2783  extracellular solute-binding protein family 1  23.35 
 
 		 431 aa  57.8  0.0000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.185157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4916  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 410 aa  57.8  0.0000004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.06645  normal  0.512511 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1218  extracellular solute-binding protein family 1  25.36 
 
 		 444 aa  57.8  0.0000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0540  ABC transporter, substrate-binding protein  27.01 
 
 		 461 aa  57.4  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6024  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 412 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3196  extracellular solute-binding protein  25 
 
 		 419 aa  56.6  0.0000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.461238  normal  0.154514 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6572  extracellular solute-binding protein family 1  25.6 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00103217  normal  0.480926 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0434  extracellular solute-binding protein  21.09 
 
 		 452 aa  56.6  0.0000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.396307 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6324  extracellular solute-binding protein  22.94 
 
 		 412 aa  56.2  0.0000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1355  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 		 422 aa  56.2  0.0000009  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.120515 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5048  extracellular solute-binding protein family 1  23.01 
 
 		 424 aa  56.2  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.133709  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10950  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  23.19 
 
 		 423 aa  56.2  0.000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.575293  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5201  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3379  extracellular solute-binding protein  26.65 
 
 		 445 aa  56.2  0.000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5658  extracellular solute-binding protein  25.14 
 
 		 420 aa  55.8  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0866592  normal  0.356633 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2404  extracellular solute-binding protein family 1  25.44 
 
 		 424 aa  55.8  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000132449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1008  MalE-type ABC sugar transport system periplasmic component  27.53 
 
 		 449 aa  56.2  0.000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1999  extracellular solute-binding protein family 1  22.78 
 
 		 468 aa  55.8  0.000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1727  extracellular solute-binding protein family 1  32 
 
 		 422 aa  55.8  0.000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0101  extracellular solute-binding protein family 1  27.99 
 
 		 438 aa  55.5  0.000002  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.494877  normal  0.060225 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1597  extracellular solute-binding protein family 1  27.07 
 
 		 456 aa  55.5  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>