More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3038 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008043  TM1040_3038  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 250 aa  503  1e-141  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2600  extracellular solute-binding protein  69.83 
 
 		 252 aa  355  2.9999999999999997e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0008  putative amino acid ABC transporter,substrate-binding protein  58.58 
 
 		 250 aa  277  1e-73  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00216943  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2509  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  57.26 
 
 		 248 aa  276  3e-73  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000936361  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1920  ABC amino acid transporter extracellular solute-binding protein, family 3  56.38 
 
 		 252 aa  271  6e-72  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.541755  hitchhiker  0.00384825 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002010  amino acid ABC transporter amino acid-binding portion  54.44 
 
 		 248 aa  271  6e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000538879  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00441  ABC amino acid transporter periplasmic component  53.63 
 
 		 248 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2350  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter amino acid-binding protein/permease  46.04 
 
 		 502 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.140877  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2062  glutamine-binding periplasmic protein of glutamine ABC transporter  46.04 
 
 		 502 aa  229  3e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2936  cystine transporter subunit  40.79 
 
 		 265 aa  181  1e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2376  cystine transporter subunit  41.13 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2274  cystine transporter subunit  41.13 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2031  cystine transporter subunit  41.13 
 
 		 266 aa  175  6e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2507  cystine transporter subunit  39.04 
 
 		 266 aa  174  9.999999999999999e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.292922  normal  0.810962 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3995  extracellular solute-binding protein family 3  39.46 
 
 		 263 aa  171  9e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0932187  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1289  cystine transporter subunit  39.04 
 
 		 266 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000238805 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2169  cystine transporter subunit  39.04 
 
 		 266 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000488454 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2116  cystine transporter subunit  39.04 
 
 		 266 aa  168  7e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000583389 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4186  extracellular solute-binding protein family 3  38.31 
 
 		 263 aa  168  8e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1048  cystine transporter subunit  38.6 
 
 		 266 aa  168  9e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202301  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1719  cystine transporter subunit  38.6 
 
 		 285 aa  167  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.470206 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2110  cystine transporter subunit  38.6 
 
 		 266 aa  167  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.587115  normal  0.0126347 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2694  cystine transporter subunit  38.6 
 
 		 266 aa  167  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.520163  normal  0.0574677 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1726  extracellular solute-binding protein family 3  38.6 
 
 		 285 aa  167  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2154  cystine transporter subunit  38.16 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0349557  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1166  cystine transporter subunit  38.6 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.379234  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1262  cystine transporter subunit  38.16 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0848905  normal  0.0261829 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2019  cystine transporter subunit  38.16 
 
 		 266 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.579561  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2908  cystine transporter subunit  41.13 
 
 		 265 aa  162  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.647057  normal  0.0539473 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4772  extracellular solute-binding protein  39.15 
 
 		 266 aa  160  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0358  cystine transporter subunit  38.82 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.95727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2009  cystine transporter subunit  37.72 
 
 		 265 aa  160  2e-38  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.163072  decreased coverage  0.0074335 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5180  cystine ABC transporter, periplasmic cystine binding protein  38.53 
 
 		 268 aa  159  5e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4248  extracellular solute-binding protein  36.64 
 
 		 266 aa  159  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0312845 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2588  extracellular solute-binding protein  38.46 
 
 		 270 aa  158  8e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0217  extracellular solute-binding protein family 3  38.6 
 
 		 255 aa  156  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0836  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  37.02 
 
 		 266 aa  155  7e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0996489 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1295  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  36.19 
 
 		 267 aa  154  1e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.397869 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0172  extracellular solute-binding protein family 3  35.41 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00460836  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0351  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 266 aa  150  2e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3233  extracellular solute-binding protein  35.77 
 
 		 263 aa  149  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.228634  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0382  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0366  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 266 aa  149  4e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0588118  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3547  extracellular solute-binding protein  37.39 
 
 		 263 aa  149  4e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.171423  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0242  cystine transporter subunit  36.96 
 
 		 264 aa  149  4e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.310723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0227  cystine transporter subunit  36.96 
 
 		 264 aa  149  5e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00670463 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3548  ABC amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.47 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.233102 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2649  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0458  extracellular solute-binding protein  35.47 
 
 		 266 aa  149  5e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.357598  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3056  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.32 
 
 		 320 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.114315  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  36.32 
 
 		 315 aa  149  5e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3091  ABC transporter, substrate binding component  36.32 
 
 		 266 aa  149  6e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1549  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  36.05 
 
 		 266 aa  148  7e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.356902  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3545  solute-binding family 3 protein  36.96 
 
 		 263 aa  147  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0433  extracellular solute-binding protein  35.04 
 
 		 266 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0980273  hitchhiker  0.00000000179971 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4985  cystine transporter subunit  36.96 
 
 		 264 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.916643 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1986  extracellular solute-binding protein  37.28 
 
 		 253 aa  147  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.647291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3131  extracellular solute-binding protein  33.33 
 
 		 266 aa  146  4.0000000000000006e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0249016 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5481  extracellular solute-binding protein  36.21 
 
 		 270 aa  145  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0251  cystine transporter subunit  36.09 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3585  extracellular solute-binding protein  38.7 
 
 		 266 aa  144  9e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.435512  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2508  polar amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.897054  normal  0.357479 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1454  extracellular solute-binding protein  36.36 
 
 		 264 aa  144  1e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0244  cystine transporter subunit  37.71 
 
 		 266 aa  143  3e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.136857  normal  0.712908 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1475  extracellular solute-binding protein  35.93 
 
 		 264 aa  142  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2003  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.9 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.385413  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0777  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.9 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.277559  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2611  polar amino acid ABC transporter periplasmic amino acid-binding protein  35.9 
 
 		 313 aa  142  7e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2134  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.9 
 
 		 264 aa  141  9e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1529  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4191  extracellular solute-binding protein family 3  36.89 
 
 		 269 aa  141  9.999999999999999e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1073  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1553  extracellular solute-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  140  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2512  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.93 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.226859  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1679  extracellular solute-binding protein  35.06 
 
 		 264 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0815907 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4695  ABC polar amino acid transporter, periplasmic ligand binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.344661  normal  0.745504 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1729  extracellular solute-binding protein family 3  34.63 
 
 		 264 aa  139  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1254  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1824  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0726824  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1977  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0767  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0133342  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1737  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.084035  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0395  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.364587  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1808  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  35.5 
 
 		 264 aa  137  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.655664  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0112  ABC-type amino acid transport system, periplasmic component  35.74 
 
 		 271 aa  132  3.9999999999999996e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2487  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 		 259 aa  128  9.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2439  extracellular solute-binding protein  34.89 
 
 		 259 aa  128  9.000000000000001e-29  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.732764  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1294  extracellular solute-binding protein family 3  35.96 
 
 		 263 aa  127  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0278324  normal  0.772509 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0407  putative ABC transporter binding protein subunit  32.9 
 
 		 256 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2113  extracellular solute-binding protein  32.47 
 
 		 290 aa  126  3e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04090  putative binding protein component of ABC transporter  32.03 
 
 		 256 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1126  extracellular solute-binding protein family 3  35.02 
 
 		 271 aa  125  7e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.390537  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0717  extracellular solute-binding protein family 3  33.98 
 
 		 247 aa  122  4e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.303541  normal  0.0145592 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2005  amino acid ABC transporter, amino acid-binding protein  32.07 
 
 		 262 aa  121  9.999999999999999e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3742  extracellular solute-binding protein  35.37 
 
 		 261 aa  121  9.999999999999999e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0983  extracellular solute-binding protein family 3  31.35 
 
 		 264 aa  119  3.9999999999999996e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0154796  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1044  extracellular solute-binding protein family 3  33.33 
 
 		 247 aa  117  9.999999999999999e-26  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3277  extracellular solute-binding protein family 3  31.75 
 
 		 264 aa  117  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4150  extracellular solute-binding protein family 3  33.19 
 
 		 268 aa  115  5e-25  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.96 
 
 		 503 aa  115  5e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>