More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3031 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_3031  30S ribosomal protein S20  100 
 
 		 87 aa  170  5.999999999999999e-42  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.362644  normal  0.541677 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3371  30S ribosomal protein S20  81.61 
 
 		 88 aa  142  2e-33  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4514  30S ribosomal protein S20  78.16 
 
 		 89 aa  134  5e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4212  30S ribosomal protein S20  85.06 
 
 		 88 aa  134  6.0000000000000005e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3922  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 88 aa  120  8e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1341  30S ribosomal protein S20  76.74 
 
 		 92 aa  117  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0010  30S ribosomal protein S20  76.74 
 
 		 92 aa  117  7e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7677  30S ribosomal protein S20  68.6 
 
 		 88 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.118438  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0001  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 88 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0002  30S ribosomal protein S20  65.12 
 
 		 88 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000000182845  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0001  30S ribosomal protein S20  77.91 
 
 		 92 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  hitchhiker  0.000133909  decreased coverage  0.0000000319383 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0001  ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 87 aa  110  5e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0152754  hitchhiker  4.7444199999999996e-21 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6963  30S ribosomal protein S20  65.12 
 
 		 88 aa  110  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0262717 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0001  30S ribosomal protein S20  65.52 
 
 		 88 aa  110  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.714217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4890  30S ribosomal protein S20  65.52 
 
 		 88 aa  110  6e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.540354  normal  0.302297 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3802  SSU ribosomal protein S20P  65.52 
 
 		 88 aa  110  7.000000000000001e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.042204  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2185  30S ribosomal protein S20  62.07 
 
 		 88 aa  110  8.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2098  30S ribosomal protein S20  62.07 
 
 		 105 aa  110  8.000000000000001e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00199179  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0001  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 88 aa  109  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4886  30S ribosomal protein S20  71.26 
 
 		 87 aa  107  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.222256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3079  SSU ribosomal protein S20P  62.79 
 
 		 88 aa  107  5e-23  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0239933  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3551  30S ribosomal protein S20  63.95 
 
 		 89 aa  107  7.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4370  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 92 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00664055 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4641  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 92 aa  106  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.647122  hitchhiker  0.00990259 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4102  SSU ribosomal protein S20P  72.09 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0001  30S ribosomal protein S20  67.82 
 
 		 88 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000869567 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1281  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.000755686  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0390  30S ribosomal protein S20  66.67 
 
 		 88 aa  100  6e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_3104  ribosomal protein S20  63.22 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3188  30S ribosomal protein S20  61.63 
 
 		 87 aa  96.3  1e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.0921444 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0001  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 87 aa  95.9  2e-19  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00020529  normal  0.124488 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0792  ribosomal protein S20  56.98 
 
 		 87 aa  95.1  3e-19  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4421  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 		 88 aa  93.2  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4712  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 		 88 aa  91.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.822452  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1013  30S ribosomal protein S20  56.32 
 
 		 88 aa  87.8  5e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000773203  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3338  30S ribosomal protein S20  66.28 
 
 		 86 aa  86.3  1e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4943  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_4039  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 88 aa  84.3  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1179  ribosomal protein S20  56.98 
 
 		 86 aa  84  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5323  30S ribosomal protein S20  54.43 
 
 		 88 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.761405  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1846  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5079  30S ribosomal protein S20  60.47 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3143  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  83.2  0.000000000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2188  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 91 aa  83.2  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0220995  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0921  30S ribosomal protein S20  54.02 
 
 		 88 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000000253205  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1096  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 		 88 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000000700681  normal  0.0325702 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1191  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 		 88 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000303326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0859  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 89 aa  82  0.000000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.00000132311  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2960  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000020022  normal  0.711019 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3042  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000000711095  normal  0.679659 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3140  30S ribosomal protein S20  52.87 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000322066  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0585  30S ribosomal protein S20  52.33 
 
 		 87 aa  80.9  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.000109999  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1150  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 89 aa  80.9  0.000000000000006  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  hitchhiker  0.00399464  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7874  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 88 aa  80.9  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0950  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 92 aa  80.5  0.000000000000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.466719 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3537  30S ribosomal protein S20  53.49 
 
 		 88 aa  80.5  0.000000000000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2893  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 88 aa  79.7  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204979  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2108  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 87 aa  79.3  0.00000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.0000000204078  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1056  30S ribosomal protein S20  50.57 
 
 		 88 aa  79.3  0.00000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.134446  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2087  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 86 aa  79  0.00000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0701536  normal  0.341221 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0546  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 87 aa  78.6  0.00000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0696  ribosomal protein S20  52.33 
 
 		 86 aa  78.2  0.00000000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000207001  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40720  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 91 aa  77.8  0.00000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3849  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 87 aa  77.4  0.00000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.716428  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3655  30S ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 87 aa  77.4  0.00000000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.225514  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3462  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 87 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000449993  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3590  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 87 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000579115  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0792  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 87 aa  77  0.00000000000008  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000429038  normal  0.540603 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60400  30S ribosomal protein S20  48.28 
 
 		 91 aa  77  0.00000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000503412 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3238  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  77  0.00000000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000254037  normal  0.534831 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1051  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  77  0.00000000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000000204572  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1118  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  77  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000000000408096  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1152  30S ribosomal protein S20  49.43 
 
 		 88 aa  77  0.00000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000294185  normal  0.185993 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1487  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.422821  normal  0.27879 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1667  30S ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 88 aa  76.6  0.0000000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00940932  normal  0.076211 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1690  30S ribosomal protein S20  64.37 
 
 		 89 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.000410806  hitchhiker  0.0000000528048 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0947  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  75.1  0.0000000000003  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000396831  normal  0.19884 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4855  30S ribosomal protein S20  50 
 
 		 90 aa  74.7  0.0000000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4233  ribosomal protein S20  48.84 
 
 		 87 aa  74.3  0.0000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000543427  hitchhiker  0.000000915309 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0849  SSU ribosomal protein S20P  48.84 
 
 		 88 aa  74.3  0.0000000000005  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2250  30S ribosomal protein S20  51.72 
 
 		 92 aa  73.9  0.0000000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.375022  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004422  SSU ribosomal protein S20p  55.81 
 
 		 86 aa  73.9  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000816133  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2726  30S ribosomal protein S20  54.02 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000316732  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1843  ribosomal protein S20  50 
 
 		 88 aa  72.8  0.000000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1774  30S ribosomal protein S20  44.83 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000000058734  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0492  ribosomal protein S20  51.16 
 
 		 87 aa  72.8  0.000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.131868  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1288  30S ribosomal protein S20  54.02 
 
 		 88 aa  71.6  0.000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.00000000699661  normal  0.326601 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3181  30S ribosomal protein S20  55.17 
 
 		 87 aa  71.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0928109  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3274  ribosomal protein S20  50 
 
 		 86 aa  72  0.000000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0600  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 92 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.218047  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0802  ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 92 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0707  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 92 aa  71.2  0.000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0641  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 92 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.647122  normal  0.196215 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4562  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 92 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.251807  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0646  30S ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 92 aa  70.9  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0571699 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1080  30S ribosomal protein S20  53.49 
 
 		 88 aa  70.5  0.000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00000335633  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2024  ribosomal protein S20  45.98 
 
 		 90 aa  70.5  0.000000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000205272  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0554  ribosomal protein S20  46.51 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3037  ribosomal protein S20p  46.51 
 
 		 87 aa  68.9  0.00000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.083141  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0071  30S ribosomal protein S20  39.08 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>