More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2996 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2996  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
381 aa  786    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.343819 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2789  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.07 
 
 
380 aa  568  1e-161  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.345284  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1128  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  75.07 
 
 
380 aa  567  1e-160  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0048  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  74.8 
 
 
380 aa  559  1e-158  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  69.23 
 
 
388 aa  538  9.999999999999999e-153  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0012  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  70.63 
 
 
379 aa  527  1e-148  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2842  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  61.38 
 
 
382 aa  442  1e-123  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3116  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.45 
 
 
395 aa  419  1e-116  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.210379  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4562  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.79 
 
 
388 aa  380  1e-104  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
395 aa  375  1e-103  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.9 
 
 
387 aa  374  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3480  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.74 
 
 
404 aa  374  1e-102  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
388 aa  362  6e-99  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.26 
 
 
403 aa  362  6e-99  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0449  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.81 
 
 
390 aa  357  1.9999999999999998e-97  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.408478 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.24 
 
 
426 aa  356  2.9999999999999997e-97  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3697  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.34 
 
 
411 aa  353  2.9999999999999997e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.891893  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0078  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.73 
 
 
397 aa  349  4e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.191051  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4745  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.81 
 
 
410 aa  347  3e-94  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.745533  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  49.21 
 
 
392 aa  347  3e-94  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.47 
 
 
397 aa  345  1e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.03403 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3068  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.33 
 
 
389 aa  344  2e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.76584  normal  0.634993 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0809  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.92 
 
 
392 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.486671 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7333  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.91 
 
 
384 aa  342  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0474  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.48 
 
 
404 aa  338  9e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.987794  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0077  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.9 
 
 
388 aa  337  9.999999999999999e-92  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0144823 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1531  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.92 
 
 
371 aa  337  1.9999999999999998e-91  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1031  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.94 
 
 
395 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0972  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.94 
 
 
395 aa  337  1.9999999999999998e-91  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.64 
 
 
387 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.89 
 
 
385 aa  334  2e-90  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4235  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.94 
 
 
396 aa  333  3e-90  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00395056 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.15 
 
 
389 aa  333  4e-90  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0389  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.85 
 
 
395 aa  332  9e-90  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.45697  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3336  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.89 
 
 
383 aa  328  8e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0627884 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.17 
 
 
395 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1338  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  45.01 
 
 
390 aa  325  9e-88  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.19 
 
 
381 aa  318  1e-85  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.67 
 
 
389 aa  317  3e-85  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1021  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.43 
 
 
388 aa  312  6.999999999999999e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000463021 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2019  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.26 
 
 
377 aa  309  4e-83  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489333 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3620  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  48.17 
 
 
377 aa  308  8e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.459688 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0581  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.37 
 
 
375 aa  306  5.0000000000000004e-82  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.680439  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0046  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.24 
 
 
387 aa  302  6.000000000000001e-81  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00905403  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2093  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  46.47 
 
 
363 aa  296  4e-79  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.872712  normal  0.304299 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1351  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.42 
 
 
379 aa  291  1e-77  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.42322 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2469  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.9 
 
 
379 aa  282  7.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167643  hitchhiker  0.0000634543 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.63 
 
 
391 aa  278  1e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1668  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.63 
 
 
401 aa  277  2e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.154111  normal  0.0474135 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1266  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.85 
 
 
380 aa  276  6e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.47 
 
 
391 aa  275  7e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0561  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40 
 
 
407 aa  275  9e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1933  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.9 
 
 
379 aa  275  1.0000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.55211 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5341  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.63 
 
 
379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.964134  normal  0.152047 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1420  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.16 
 
 
383 aa  274  2.0000000000000002e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000737808  normal  0.0270135 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2064  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.9 
 
 
379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0549  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.74 
 
 
407 aa  271  1e-71  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1390  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.64 
 
 
386 aa  271  2e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.3 
 
 
374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.2 
 
 
398 aa  270  2.9999999999999997e-71  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.3 
 
 
374 aa  270  2.9999999999999997e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1291  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
378 aa  270  2.9999999999999997e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1245  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.37 
 
 
379 aa  270  2.9999999999999997e-71  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.64598  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.27 
 
 
378 aa  270  4e-71  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.69 
 
 
375 aa  269  7e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1895  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.04 
 
 
383 aa  268  1e-70  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.387687  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2196  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.58 
 
 
385 aa  268  1e-70  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2051  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  267  2e-70  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.16 
 
 
386 aa  268  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6045  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.790399  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2032  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  268  2e-70  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.460385  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1327  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.37 
 
 
383 aa  267  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.158007  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.02 
 
 
376 aa  266  2.9999999999999995e-70  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1263  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  42.11 
 
 
386 aa  266  5.999999999999999e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.103689  normal  0.466202 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2014  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.32 
 
 
383 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2451  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.684558  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2507  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  266  5.999999999999999e-70  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.53 
 
 
375 aa  265  7e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.76 
 
 
383 aa  265  1e-69  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3241  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1568  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.167823  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2596  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
383 aa  265  1e-69  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2071  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1343  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.11 
 
 
379 aa  265  1e-69  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  41.22 
 
 
386 aa  264  2e-69  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.1 
 
 
383 aa  264  2e-69  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1724  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.79 
 
 
377 aa  262  8e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.83 
 
 
377 aa  261  1e-68  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.4 
 
 
425 aa  259  5.0000000000000005e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0277  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.85 
 
 
401 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.9 
 
 
383 aa  257  2e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.62 
 
 
375 aa  257  3e-67  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.42 
 
 
376 aa  256  3e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2717  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.73 
 
 
391 aa  256  4e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.11396  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2443  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.14 
 
 
377 aa  256  5e-67  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.461656  normal  0.0916444 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1869  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
375 aa  256  6e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.62 
 
 
375 aa  256  6e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.52 
 
 
378 aa  255  1.0000000000000001e-66  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2482  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  40.21 
 
 
389 aa  255  1.0000000000000001e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.434422 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.12 
 
 
376 aa  254  1.0000000000000001e-66  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>