More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2991 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2991  lytic murein transglycosylase  100 
 
 		 455 aa  918    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.729746  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0016  lytic murein transglycosylase  64.96 
 
 		 415 aa  503  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0388549  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0051  lytic murein transglycosylase  59.8 
 
 		 421 aa  475  1e-133  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1125  membrane bound lytic murein transglycosylase B  60.15 
 
 		 417 aa  468  1.0000000000000001e-131  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.170659  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2786  lytic murein transglycosylase  60.86 
 
 		 419 aa  464  1e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.245296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0357  lytic murein transglycosylase  55.34 
 
 		 514 aa  447  1.0000000000000001e-124  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3959  hypothetical protein  57.22 
 
 		 411 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.315352  normal  0.0796345 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3967  lytic murein transglycosylase  57.14 
 
 		 413 aa  412  1e-114  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3229  membrane-bound lytic murein transglycosylase B  57.14 
 
 		 462 aa  413  1e-114  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1653  lytic murein transglycosylase  51.88 
 
 		 424 aa  404  1e-111  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.725775 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2510  lytic murein transglycosylase  50.13 
 
 		 417 aa  392  1e-108  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.577172 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4357  hypothetical protein  47.45 
 
 		 445 aa  370  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4817  HopAJ2 protein  49.46 
 
 		 445 aa  367  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1939  lytic murein transglycosylase  49.61 
 
 		 427 aa  364  2e-99  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.421247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4798  lytic murein transglycosylase  49.46 
 
 		 438 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.287921 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4673  lytic murein transglycosylase  49.46 
 
 		 438 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12160  putative murein transglycosylase  49.87 
 
 		 448 aa  362  1e-98  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.396872  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0623  lytic murein transglycosylase  49.73 
 
 		 438 aa  362  1e-98  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4851  lytic murein transglycosylase  48.92 
 
 		 438 aa  360  3e-98  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0904  lytic murein transglycosylase  47.73 
 
 		 430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1115  putative lipoprotein  48.92 
 
 		 448 aa  356  3.9999999999999996e-97  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.592751  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4961  lytic murein transglycosylase  46.72 
 
 		 440 aa  356  5e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2868  lytic murein transglycosylase  48.92 
 
 		 425 aa  352  5.9999999999999994e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.387874  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_08490  lytic murein transglycosylase  49.05 
 
 		 438 aa  350  3e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0470585  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4844  lytic murein transglycosylase  45.34 
 
 		 429 aa  339  5e-92  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00837309  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4047  lytic murein transglycosylase  48.09 
 
 		 423 aa  338  9.999999999999999e-92  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3255  lytic murein transglycosylase  45.74 
 
 		 418 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.278323  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3237  lytic murein transglycosylase  45.97 
 
 		 470 aa  337  2.9999999999999997e-91  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.50789  normal  0.403321 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3279  lytic murein transglycosylase  46.3 
 
 		 413 aa  337  3.9999999999999995e-91  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.991349 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3573  lytic murein transglycosylase  49.06 
 
 		 381 aa  337  3.9999999999999995e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.161419  decreased coverage  0.00457991 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1030  lytic murein transglycosylase  44.44 
 
 		 438 aa  335  9e-91  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3055  lytic murein transglycosylase  46.03 
 
 		 413 aa  334  2e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0852  type III helper protein HopAJ1  44.74 
 
 		 413 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0498  lytic murein transglycosylase  42.4 
 
 		 409 aa  330  5.0000000000000004e-89  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000929833  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3356  lytic murein transglycosylase  44.29 
 
 		 430 aa  330  5.0000000000000004e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340346  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3790  lytic murein transglycosylase  47.15 
 
 		 418 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0327  lytic murein transglycosylase  45.26 
 
 		 434 aa  327  3e-88  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2024  lytic murein transglycosylase  42.46 
 
 		 457 aa  323  3e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.796607  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1848  lytic murein transglycosylase  43.88 
 
 		 409 aa  321  1.9999999999999998e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0850  lytic murein transglycosylase  42.11 
 
 		 432 aa  320  3.9999999999999996e-86  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0388  lytic murein transglycosylase  40.64 
 
 		 443 aa  313  4.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.143881  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1837  lytic murein transglycosylase  42.13 
 
 		 474 aa  311  1e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.436573 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5276  lytic murein transglycosylase  42.86 
 
 		 398 aa  310  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.960843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2708  lytic murein transglycosylase  43.59 
 
 		 405 aa  310  4e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.384305  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3314  lytic murein transglycosylase  44.84 
 
 		 407 aa  310  5e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.949195  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1688  lytic murein transglycosylase  41.28 
 
 		 466 aa  309  5.9999999999999995e-83  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0959  lytic murein transglycosylase  43.05 
 
 		 404 aa  309  9e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1864  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  46.09 
 
 		 370 aa  308  1.0000000000000001e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.498098 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1174  lytic murein transglycosylase  45.55 
 
 		 392 aa  307  2.0000000000000002e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3470  lytic murein transglycosylase  45.14 
 
 		 400 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2522  lytic murein transglycosylase  43.24 
 
 		 406 aa  306  5.0000000000000004e-82  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3612  lytic murein transglycosylase  44.39 
 
 		 407 aa  306  6e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5203  lytic murein transglycosylase  43.35 
 
 		 398 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.511887 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3596  lytic murein transglycosylase  44.68 
 
 		 393 aa  303  6.000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.662665  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0968  lytic murein transglycosylase  40.54 
 
 		 461 aa  303  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.164156  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4736  lytic murein transglycosylase  43.62 
 
 		 398 aa  302  7.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3272  lytic murein transglycosylase  44.95 
 
 		 393 aa  302  8.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.657687 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4521  lytic murein transglycosylase  40.53 
 
 		 464 aa  301  2e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0064  putative transglycosylase  43.95 
 
 		 412 aa  300  2e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6960  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase, putative signal peptide  42.86 
 
 		 464 aa  297  3e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3645  lytic murein transglycosylase  41.33 
 
 		 419 aa  296  5e-79  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0107772  normal  0.911576 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4273  lytic murein transglycosylase  43.16 
 
 		 412 aa  296  5e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4208  transglycolase  42.86 
 
 		 398 aa  296  7e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49280  transglycolase  42.59 
 
 		 398 aa  295  1e-78  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.520721  normal  0.0136859 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1465  lytic murein transglycosylase  41.14 
 
 		 400 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.20045 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0775  lytic murein transglycosylase  39.47 
 
 		 451 aa  293  3e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.73463 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0070  transglycosylase, putative  43.42 
 
 		 408 aa  293  4e-78  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.18416  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3846  lytic murein transglycosylase  41.91 
 
 		 416 aa  293  4e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.977376  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03184  putative transglycosylase protein  46.79 
 
 		 390 aa  293  6e-78  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0378496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4363  lytic murein transglycosylase  39.73 
 
 		 469 aa  293  6e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2705  lytic murein transglycosylase  40 
 
 		 438 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.000000884934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2591  lytic murein transglycosylase  40.11 
 
 		 411 aa  292  7e-78  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000114496  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2957  lytic murein transglycosylase  42.57 
 
 		 470 aa  292  9e-78  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.344089  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2630  lytic murein transglycosylase  39.84 
 
 		 438 aa  292  1e-77  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000526618  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1132  lytic murein transglycosylase  42.57 
 
 		 481 aa  291  1e-77  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1755  lytic murein transglycosylase  39.33 
 
 		 436 aa  291  2e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000443123  hitchhiker  0.00243223 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2316  lytic murein transglycosylase  38.62 
 
 		 439 aa  290  4e-77  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000000238033  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3727  lytic murein transglycosylase  42.25 
 
 		 405 aa  290  4e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1213  lytic murein transglycosylase  41.03 
 
 		 417 aa  288  9e-77  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03307  transglycolase  40.9 
 
 		 720 aa  288  2e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0752099  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0042  lytic murein transglycosylase  40.96 
 
 		 398 aa  288  2e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0041  lytic murein transglycosylase  41.8 
 
 		 398 aa  286  4e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.765237  hitchhiker  0.00609082 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1807  lytic murein transglycosylase  43.94 
 
 		 391 aa  286  5e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.230491 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2029  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  40.11 
 
 		 401 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000748498  normal  0.890774 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2459  lytic murein transglycosylase  38.27 
 
 		 430 aa  284  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000623044  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0167  lytic murein transglycosylase  40.77 
 
 		 445 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  unclonable  0.0000000010193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2341  lytic murein transglycosylase  38.21 
 
 		 424 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000746143  normal  0.0730107 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0039  lytic murein transglycosylase  44.5 
 
 		 396 aa  283  7.000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0061  lytic murein transglycosylase  41.19 
 
 		 434 aa  282  1e-74  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.266485  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1994  membrane-bound lytic transglycolase-related protein  37.99 
 
 		 433 aa  281  2e-74  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3997  lytic murein transglycosylase  40.31 
 
 		 422 aa  281  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.162973  normal  0.0839045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3599  lytic murein transglycosylase  39.48 
 
 		 410 aa  281  2e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.522427  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3432  lytic murein transglycosylase  37.82 
 
 		 428 aa  281  2e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1902  lytic murein transglycosylase  40.37 
 
 		 435 aa  281  2e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2269  lytic murein transglycosylase  37.67 
 
 		 424 aa  280  3e-74  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00964574  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2141  lytic murein transglycosylase  39.23 
 
 		 395 aa  280  5e-74  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.0000000982897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1947  lytic murein transglycosylase  39.5 
 
 		 395 aa  279  7e-74  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000327314  normal  0.0135301 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0286  lytic murein transglycosylase  40.15 
 
 		 474 aa  278  1e-73  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1706  lytic murein transglycosylase  39.36 
 
 		 454 aa  278  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0691  membrane-bound lytic murein transglycosylase  35.8 
 
 		 434 aa  276  4e-73  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000000567211  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>