More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2985 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2985  GntR family transcriptional regulator  100 
 
 		 248 aa  507  1e-143  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0838  GntR family transcriptional regulator  41.06 
 
 		 217 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.0913555 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0981  GntR family transcriptional regulator  40.09 
 
 		 228 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2641  GntR family transcriptional regulator  41.79 
 
 		 216 aa  155  8e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0509  GntR family transcriptional regulator  40.4 
 
 		 220 aa  154  1e-36  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.137799 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0093  GntR family transcriptional regulator  40.3 
 
 		 216 aa  152  5e-36  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0776  GntR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 219 aa  150  2e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.973295  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2985  HTH-type transcriptional regulator  39.39 
 
 		 219 aa  145  7.0000000000000006e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3677  GntR family transcriptional regulator  36.32 
 
 		 214 aa  139  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3956  GntR family transcriptional regulator  41.26 
 
 		 226 aa  137  2e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.374286  normal  0.604582 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2417  GntR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 230 aa  130  2.0000000000000002e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.220762 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1255  GntR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 244 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6220  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 266 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1556  GntR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 237 aa  101  1e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0676227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72890  putative transcriptional regulator  32.21 
 
 		 244 aa  100  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3573  GntR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 237 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2004  transcriptional regulator, GntR family  30.69 
 
 		 215 aa  99  7e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0389  GntR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 225 aa  98.2  1e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2179  transcriptional regulator, GntR family  31.16 
 
 		 221 aa  95.9  5e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0010  GntR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 239 aa  95.1  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.561636  hitchhiker  0.00449189 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0013  GntR domain protein  31.5 
 
 		 218 aa  94.7  1e-18  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.913161  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1876  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.600058  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3751  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 236 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4225  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 236 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.678492 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4698  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 224 aa  94  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.152961  normal  0.511905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6326  putative transcriptional regulator  30.93 
 
 		 226 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6054  transcriptional regulator, GntR family  29.69 
 
 		 248 aa  93.6  3e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.149072  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0909  GntR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 212 aa  93.2  3e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.730812  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2524  transcriptional regulator, GntR family  30.15 
 
 		 226 aa  92.8  4e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1271  transcriptional regulator, GntR family  30.96 
 
 		 227 aa  92.8  4e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.347313  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4254  GntR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 251 aa  92.8  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.123258  normal  0.247062 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2339  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 280 aa  92.4  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1703  GntR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 239 aa  92.4  6e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4031  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 236 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4335  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 236 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3188  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 236 aa  92  7e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804639  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1038  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 238 aa  92  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0860  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 238 aa  91.7  9e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2183  transcriptional regulator GntR  32.47 
 
 		 240 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.484217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4021  GntR family transcriptional regulator  28.93 
 
 		 227 aa  91.7  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.707447  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1124  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 238 aa  91.3  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0607  GntR family transcriptional regulator  31.28 
 
 		 221 aa  90.9  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0421705  n/a   
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3971  GntR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 248 aa  90.5  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4275  GntR family transcriptional regulator  30.37 
 
 		 236 aa  90.9  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.477622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0933  transcriptional regulator, GntR family  30.43 
 
 		 212 aa  90.5  3e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0601  GntR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 227 aa  89.7  4e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0504  transcriptional regulator, GntR family  32.2 
 
 		 218 aa  89.7  4e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.765793  normal  0.0329427 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1256  transcriptional regulator, GntR family  30.98 
 
 		 231 aa  89.4  6e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.586616  normal  0.233968 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4523  GntR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 217 aa  89  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1984  putative HTH-type transcriptional regulator  32.29 
 
 		 215 aa  88.6  8e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.235414 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1074  GntR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 243 aa  86.7  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.605051  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0300  GntR family transcriptional regulator  36.48 
 
 		 245 aa  84.3  0.000000000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.211588 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3900  hypothetical protein  27.85 
 
 		 238 aa  84.3  0.000000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.365064 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1964  transcriptional regulator, GntR family  29.55 
 
 		 229 aa  84.3  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.461761  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6417  GntR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 246 aa  83.6  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0891  GntR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 231 aa  84.3  0.000000000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.881973  normal  0.345535 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1096  transcriptional regulator, putative  27.84 
 
 		 237 aa  83.6  0.000000000000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4655  GntR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 240 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2101  GntR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 222 aa  83.6  0.000000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.259313  normal  0.98754 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2281  GntR family transcriptional regulator  33.16 
 
 		 236 aa  83.2  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.487352  normal  0.0140544 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0470  GntR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 262 aa  82.4  0.000000000000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3699  transcriptional regulator, GntR family  31.31 
 
 		 234 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5547  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0339  GntR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 236 aa  82  0.000000000000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5912  GntR family transcriptional regulator  28.71 
 
 		 246 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003675  predicted regulator PutR for proline utilization GntR family  26.24 
 
 		 224 aa  81.3  0.00000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5666  transcriptional regulator, GntR family  30.61 
 
 		 234 aa  81.6  0.00000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.88554  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0050  GntR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 222 aa  81.3  0.00000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.731616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1753  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5631  GntR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 229 aa  80.9  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1703  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1767  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1706  putative DNA-binding transcriptional regulator  30.11 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.160126  normal  0.134616 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4128  GntR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 244 aa  80.5  0.00000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.116859  normal  0.239591 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1619  transcriptional regulator, GntR family  31.47 
 
 		 221 aa  80.1  0.00000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00167189  hitchhiker  0.000000109727 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2755  GntR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 222 aa  79.7  0.00000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0339341 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4161  GntR family transcriptional regulator  27.32 
 
 		 235 aa  79.7  0.00000000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1631  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.93 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1572  putative DNA-binding transcriptional regulator  29.38 
 
 		 221 aa  79  0.00000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.247698  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1073  transcriptional regulator, GntR family  30.77 
 
 		 239 aa  79  0.00000000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3629  GntR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 246 aa  78.2  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0992  transcriptional regulator, GntR family  32.38 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1076  GntR family transcriptional regulator  32.38 
 
 		 223 aa  78.2  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01407  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.93 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01418  hypothetical protein  27.93 
 
 		 221 aa  77.4  0.0000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3487  transcriptional regulator, GntR family  32.21 
 
 		 223 aa  77.4  0.0000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1510  GntR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 222 aa  77.4  0.0000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535687  normal  0.154359 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2357  GntR family transcriptional regulator  26.84 
 
 		 245 aa  76.6  0.0000000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2789  GntR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 219 aa  76.6  0.0000000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000064922  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3629  transcriptional regulator, GntR family  36.32 
 
 		 233 aa  76.3  0.0000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1721  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.55 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000356206 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0062  GntR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 234 aa  76.3  0.0000000000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2196  transcriptional regulator, GntR family  27.37 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.148573  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3370  GntR family transcriptional regulator  25.48 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2056  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 		 221 aa  75.5  0.0000000000007  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000144632 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1536  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.37 
 
 		 221 aa  75.9  0.0000000000007  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1104  transcriptional regulator, GntR family  29.81 
 
 		 232 aa  75.5  0.0000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3906  GntR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 244 aa  75.1  0.0000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.756884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2816  GntR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 235 aa  74.7  0.000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00368325  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2970  GntR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 229 aa  74.7  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>