More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2910 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010725  Mpop_2821  NusA antitermination factor  61.85 
 
 		 560 aa  639    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.143768  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2699  transcription termination factor NusA  63.25 
 
 		 545 aa  640    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.311383  normal  0.577361 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1163  transcription elongation factor NusA  84.36 
 
 		 535 aa  900    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.605286  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0295  transcription elongation factor NusA  63.32 
 
 		 531 aa  638    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0917388  normal  0.0106159 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3729  NusA antitermination factor  62.74 
 
 		 545 aa  635    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0217708 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2925  NusA antitermination factor  61.69 
 
 		 545 aa  641    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.624825  normal  0.0501763 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2824  transcription elongation factor NusA  84.36 
 
 		 535 aa  900    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0040  transcription elongation factor NusA  77.78 
 
 		 590 aa  861    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.72674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3561  transcription elongation factor NusA  88.07 
 
 		 544 aa  931    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2910  transcription elongation factor NusA  100 
 
 		 538 aa  1075    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2755  transcription elongation factor NusA  83.78 
 
 		 534 aa  895    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0382786  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2592  transcription elongation factor NusA  80.58 
 
 		 559 aa  891    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.808645  normal  0.776822 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4069  transcription elongation factor NusA  62.26 
 
 		 535 aa  632  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0166  transcription elongation factor NusA  63.25 
 
 		 538 aa  632  1e-180  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590136  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4389  transcription elongation factor NusA  62.52 
 
 		 533 aa  633  1e-180  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4616  NusA antitermination factor  61.34 
 
 		 536 aa  633  1e-180  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0831604  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3626  NusA antitermination factor  62.4 
 
 		 536 aa  631  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.475474 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1049  NusA antitermination factor  60.89 
 
 		 538 aa  634  1e-180  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2613  NusA antitermination factor  60.71 
 
 		 544 aa  625  1e-178  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.109477  normal  0.215578 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3439  transcription elongation factor NusA  62.26 
 
 		 552 aa  626  1e-178  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.787039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3928  transcription elongation factor NusA  61.38 
 
 		 534 aa  624  1e-178  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0749  transcription elongation factor NusA  61.57 
 
 		 535 aa  621  1e-177  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2163  transcription elongation factor NusA  60.68 
 
 		 537 aa  618  1e-176  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2075  transcription elongation factor NusA  60.68 
 
 		 537 aa  618  1e-176  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.183083  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2297  NusA antitermination factor  61.58 
 
 		 532 aa  615  1e-175  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0358902 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0233  transcription elongation factor NusA  60.55 
 
 		 540 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.157572  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0029  transcription elongation factor NusA  60 
 
 		 536 aa  616  1e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3041  transcription elongation factor NusA  60.42 
 
 		 572 aa  615  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0022  transcription elongation factor NusA  59.55 
 
 		 538 aa  613  9.999999999999999e-175  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0361846 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0478  transcription elongation factor NusA  60.57 
 
 		 541 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.779193  normal  0.288054 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0055  transcription elongation factor NusA  58.63 
 
 		 537 aa  608  1e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255127  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1252  transcription elongation factor NusA  58.91 
 
 		 537 aa  610  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0442  transcription elongation factor NusA  59.96 
 
 		 537 aa  609  1e-173  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0598  transcription elongation factor NusA  61.44 
 
 		 539 aa  606  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0031  transcription elongation factor NusA  60.89 
 
 		 568 aa  588  1e-167  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.351795 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2492  transcription elongation factor NusA  56.51 
 
 		 544 aa  553  1e-156  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0183695  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0610  transcription elongation factor NusA  57.69 
 
 		 548 aa  551  1e-155  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.131908  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3779  transcription elongation factor NusA  60.43 
 
 		 516 aa  531  1e-150  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.530973  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0223  transcription elongation factor NusA  61.36 
 
 		 506 aa  534  1e-150  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3819  transcription elongation factor NusA  58.11 
 
 		 529 aa  529  1e-149  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0301891 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2068  transcription elongation factor NusA  57.99 
 
 		 523 aa  519  1e-146  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.571828 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3729  NusA antitermination factor  50.1 
 
 		 506 aa  451  1e-125  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00128644  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0724  NusA antitermination factor  46.83 
 
 		 495 aa  422  1e-117  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.188433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1750  transcription elongation factor NusA  49.57 
 
 		 501 aa  421  1e-116  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.844805  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0698  NusA antitermination factor  47.07 
 
 		 492 aa  415  1e-114  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.10534  normal  0.240105 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1468  NusA antitermination factor  48.21 
 
 		 491 aa  412  1e-114  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0601103  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2709  transcription elongation factor NusA  48.8 
 
 		 493 aa  413  1e-114  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0554  NusA antitermination factor  49.04 
 
 		 493 aa  415  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.557873  normal  0.218927 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1949  transcription elongation factor NusA  49.78 
 
 		 498 aa  415  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.394294  normal  0.0311483 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0390  transcription termination factor NusA  49.04 
 
 		 493 aa  415  1e-114  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.584342  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1691  transcription elongation factor NusA  46.64 
 
 		 491 aa  409  1e-113  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.349056  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0720  transcription elongation factor NusA  47.49 
 
 		 493 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0992944 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2453  transcription elongation factor NusA  46.99 
 
 		 490 aa  408  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000540151  normal  0.905596 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2750  NusA antitermination factor  46.84 
 
 		 494 aa  409  1.0000000000000001e-112  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.504995  normal  0.0950252 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0960  transcription elongation factor NusA  48.71 
 
 		 499 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.285563  normal  0.179607 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4713  transcription elongation factor NusA  47.28 
 
 		 493 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00944851 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4578  transcription elongation factor NusA  47.28 
 
 		 493 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00867288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2425  NusA antitermination factor  46.02 
 
 		 506 aa  403  1e-111  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.0000562867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1246  NusA antitermination factor  46.61 
 
 		 494 aa  403  1e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0519661  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1228  transcription elongation factor NusA  45.33 
 
 		 493 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.00625796  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3384  NusA antitermination factor  46.61 
 
 		 494 aa  404  1e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0163394  normal  0.419703 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4713  transcription elongation factor NusA  47.06 
 
 		 493 aa  402  9.999999999999999e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3609  transcription elongation factor NusA  47.06 
 
 		 493 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4491  N utilization substance protein A  47.71 
 
 		 493 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.119546  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2835  transcription elongation factor NusA  46.64 
 
 		 499 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0457826  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1062  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4181  transcription elongation factor NusA  47.71 
 
 		 493 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1914  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.845456  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42830  transcription elongation factor NusA  48.37 
 
 		 493 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1508  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1922  NusA antitermination factor  45.82 
 
 		 492 aa  401  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0208405 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1739  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0423315  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1025  transcription elongation factor NusA  47.44 
 
 		 499 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00167997  hitchhiker  0.00000356504 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1090  transcription elongation factor NusA  47.44 
 
 		 499 aa  401  9.999999999999999e-111  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0136267  normal  0.0716025 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1761  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0990  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0472282  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2562  NusA antitermination factor  46.41 
 
 		 494 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0312455  hitchhiker  0.00289599 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0176  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0109764  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0202  transcription elongation factor NusA  45.81 
 
 		 503 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.504361  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1203  transcription elongation factor NusA  47.01 
 
 		 499 aa  398  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0178  transcription elongation factor NusA  45.81 
 
 		 503 aa  397  1e-109  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.125443  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1730  transcription elongation factor NusA  47.84 
 
 		 491 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1756  transcription elongation factor NusA  48.5 
 
 		 491 aa  395  1e-109  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.661093  normal  0.0375978 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2565  transcription elongation factor NusA  48.28 
 
 		 491 aa  397  1e-109  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00130089  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0562  transcription elongation factor NusA  43.8 
 
 		 517 aa  396  1e-109  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.535647  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1002  transcription elongation factor NusA  45.83 
 
 		 501 aa  397  1e-109  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2032  transcription elongation factor NusA  44.55 
 
 		 491 aa  396  1e-109  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.395424  normal  0.0287229 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2747  NusA antitermination factor  46.58 
 
 		 494 aa  399  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1700  NusA antitermination factor  47.21 
 
 		 492 aa  395  1e-109  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00892855 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2012  NusA antitermination factor  45.42 
 
 		 506 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000880424  normal  0.51664 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62770  transcription elongation factor NusA  45.97 
 
 		 493 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5463  transcription elongation factor NusA  45.97 
 
 		 493 aa  397  1e-109  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1029  transcription elongation factor NusA  47.22 
 
 		 499 aa  398  1e-109  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0307152  hitchhiker  0.0000658902 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1116  transcription elongation factor NusA  44.22 
 
 		 491 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.749384 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2029  transcription elongation factor NusA  44.36 
 
 		 491 aa  392  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3281  transcription elongation factor NusA  47.21 
 
 		 499 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000185934  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2133  NusA antitermination factor  44.62 
 
 		 498 aa  392  1e-108  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.502906  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3240  transcription elongation factor NusA  47.21 
 
 		 499 aa  394  1e-108  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.001866  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1094  transcription elongation factor NusA  44.73 
 
 		 493 aa  394  1e-108  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1499  transcription elongation factor NusA  47.85 
 
 		 491 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0985088  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>