271 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2902 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2902  competence protein F, putative  100 
 
 		 243 aa  486  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2633  amidophosphoribosyltransferase-like protein  58.97 
 
 		 240 aa  271  8.000000000000001e-72  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1195  competence protein F  58.55 
 
 		 240 aa  264  1e-69  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2856  competence protein F  59.4 
 
 		 240 aa  259  2e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0295  competence protein F, putative  54.01 
 
 		 242 aa  245  4e-64  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3500  competence protein F  50.62 
 
 		 258 aa  198  6e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2585  competence protein F  48.97 
 
 		 245 aa  171  9e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  43.83 
 
 		 246 aa  160  1e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3090  phosphoribosyltransferase  41.42 
 
 		 255 aa  159  4e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.318018  normal  0.255488 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0480  phosphoribosyltransferase  38.98 
 
 		 270 aa  154  1e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1736  phosphoribosyltransferase  39.08 
 
 		 258 aa  154  1e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0383  competence protein F  41.13 
 
 		 255 aa  153  2e-36  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.366991  normal  0.800288 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0385  phosphoribosyltransferase  38.56 
 
 		 271 aa  151  8.999999999999999e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.543655  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2675  competence protein F  40.76 
 
 		 253 aa  148  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7594  putative competence protein F (COMF)  40.6 
 
 		 267 aa  148  8e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0419159 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0307  competence protein F  39.33 
 
 		 255 aa  146  3e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.387643 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0601  phosphoribosyltransferase  41.53 
 
 		 271 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0107  phosphoribosyltransferase  40.68 
 
 		 272 aa  143  2e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1028  competence protein F, putative  35.47 
 
 		 262 aa  144  2e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1140  phosphoribosyltransferase  37.87 
 
 		 264 aa  142  6e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0794906  normal  0.739937 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2108  phosphoribosyltransferase  39.42 
 
 		 269 aa  141  7e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.227962  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0351  competence protein F  40.17 
 
 		 255 aa  141  8e-33  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.733482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0939  phosphoribosyltransferase  43.33 
 
 		 215 aa  140  9.999999999999999e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.430972 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0026  phosphoribosyltransferase  40.6 
 
 		 254 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  39.65 
 
 		 236 aa  139  3.9999999999999997e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1808  putative competence protein F  35.86 
 
 		 262 aa  138  6e-32  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.640197  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  36.64 
 
 		 255 aa  136  3.0000000000000003e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0126  putative phosphoribosyltransferase  42.73 
 
 		 260 aa  135  5e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0837099  normal  0.0454325 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2971  phosphoribosyltransferase  38.17 
 
 		 268 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.566762 
 
 
-
 
NC_004310  BR1878  competence protein F, putative  35.86 
 
 		 262 aa  130  1.0000000000000001e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0520  phosphoribosyltransferase  42.74 
 
 		 269 aa  129  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.251587 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  38.97 
 
 		 217 aa  129  3e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0367  comF family protein  33.76 
 
 		 251 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3532  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  34.36 
 
 		 258 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  27.27 
 
 		 230 aa  119  4.9999999999999996e-26  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0559  phosphoribosyltransferase  36.82 
 
 		 248 aa  118  7e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.230828  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0093  competence protein F  30 
 
 		 230 aa  115  5e-25  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3823  competence protein F (phosphoribosyltransferase protein)  33.92 
 
 		 258 aa  115  5e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1708  phosphoribosyltransferase  40.52 
 
 		 264 aa  112  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0852956  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3006  phosphoribosyltransferase  37.89 
 
 		 270 aa  112  7.000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4814  phosphoribosyltransferase  41.23 
 
 		 279 aa  111  8.000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.727604  decreased coverage  0.0000849043 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  31.74 
 
 		 229 aa  108  6e-23  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2510  phosphoribosyltransferase  35.37 
 
 		 258 aa  108  9.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.277662 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1679  phosphoribosyltransferase  29.74 
 
 		 231 aa  107  2e-22  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3894  phosphoribosyltransferase  34.8 
 
 		 259 aa  105  5e-22  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.148595 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  34.78 
 
 		 251 aa  102  5e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2183  competence protein F  35.22 
 
 		 256 aa  102  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0808644  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  32.07 
 
 		 242 aa  99  7e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2731  competence protein F, putative  32.77 
 
 		 245 aa  98.2  9e-20  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.000000000243751  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  34.07 
 
 		 233 aa  97.4  2e-19  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3855  phosphoribosyltransferase  34.55 
 
 		 239 aa  97.8  2e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00709027 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  36.52 
 
 		 230 aa  97.1  3e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  32.13 
 
 		 238 aa  96.3  4e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  33.78 
 
 		 239 aa  95.9  6e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_16480  amidophosphoribosyltransferase  27.93 
 
 		 243 aa  95.1  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  2.58809e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  36.2 
 
 		 247 aa  92  8e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0109  phosphoribosyltransferase  28.09 
 
 		 245 aa  91.7  9e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.0864582 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  32.49 
 
 		 238 aa  91.7  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1623  phosphoribosyltransferase  38.3 
 
 		 227 aa  91.3  1e-17  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.933338  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  36.07 
 
 		 258 aa  90.5  2e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  34.38 
 
 		 247 aa  90.1  3e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1907  phosphoribosyltransferase  31.05 
 
 		 279 aa  89.7  4e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000754112  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  31.6 
 
 		 243 aa  89.4  5e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_1259  amidophosphoribosyltransferase-like protein  31.33 
 
 		 233 aa  89  6e-17  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  decreased coverage  0.00000170778  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  27.45 
 
 		 296 aa  89  7e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4202  phosphoribosyltransferase  37.11 
 
 		 213 aa  89  7e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0030984 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1236  ComF  30.47 
 
 		 233 aa  88.6  8e-17  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.105721  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET1458  comF family protein, putative  31.76 
 
 		 233 aa  87.4  2e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  unclonable  0.00000115929  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  24.48 
 
 		 270 aa  87.4  2e-16  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  25.79 
 
 		 245 aa  87.4  2e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3527  competence protein F, putative  32.77 
 
 		 244 aa  86.7  3e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.343371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  31.44 
 
 		 239 aa  86.7  3e-16  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2248  phosphoribosyltransferase  26.38 
 
 		 220 aa  86.3  4e-16  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000079712  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  29.96 
 
 		 246 aa  85.5  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  27.47 
 
 		 227 aa  85.1  8e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1678  ComF family protein  33.83 
 
 		 230 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.591029  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0569  competence protein F, putative  31.97 
 
 		 249 aa  83.2  0.000000000000004  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  32.16 
 
 		 263 aa  82.4  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  32.16 
 
 		 237 aa  82.8  0.000000000000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0247  phosphoribosyltransferase  38.91 
 
 		 228 aa  82  0.000000000000007  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  33.8 
 
 		 299 aa  81.6  0.000000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0258  phosphoribosyltransferase  38.91 
 
 		 228 aa  81.3  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  32.6 
 
 		 241 aa  80.9  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4754  phosphoribosyltransferase  32.2 
 
 		 276 aa  80.5  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000245098  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1314  hypothetical protein  29.24 
 
 		 226 aa  80.1  0.00000000000003  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  34.51 
 
 		 255 aa  79.7  0.00000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0938  competence protein ComF, putative  32.91 
 
 		 207 aa  80.1  0.00000000000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.536329 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3978  amidophosphoribosyltransferase  31.22 
 
 		 247 aa  80.1  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000228235  hitchhiker  0.000000230998 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3495  amidophosphoribosyltransferase  28.81 
 
 		 236 aa  79.3  0.00000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.552167 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3856  phosphoribosyltransferase  29.37 
 
 		 232 aa  79.3  0.00000000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  30.45 
 
 		 268 aa  78.6  0.00000000000008  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  29.36 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000001  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0236  phosphoribosyltransferase  38.91 
 
 		 228 aa  78.2  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.269652  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1242  hypothetical protein  34.12 
 
 		 271 aa  77.8  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  30.45 
 
 		 268 aa  78.2  0.0000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  31.56 
 
 		 233 aa  78.2  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0875  hypothetical protein  32.55 
 
 		 255 aa  78.2  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.656742  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0158  competence protein F-related protein  30.74 
 
 		 246 aa  77.8  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2863  phosphoribosyltransferase  34.65 
 
 		 242 aa  77.8  0.0000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  32.03 
 
 		 227 aa  77.4  0.0000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>