More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2887 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2887  response regulator receiver modulated serine phosphatase  100 
 
 		 423 aa  865    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2870  response regulator receiver protein  48.66 
 
 		 418 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1210  response regulator receiver protein  49.13 
 
 		 400 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0544929  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2647  response regulator receiver protein  48.04 
 
 		 418 aa  377  1e-103  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0228439  normal  0.825958 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3485  response regulator  48.29 
 
 		 422 aa  363  4e-99  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0071  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  44.55 
 
 		 426 aa  347  2e-94  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0495  response regulator receiver protein  46.63 
 
 		 423 aa  345  7e-94  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000007  serine phosphatase RsbU regulator of sigma subunit  35.06 
 
 		 397 aa  220  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.441967  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0329  putative response regulator  33.58 
 
 		 415 aa  219  7e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0302  response regulator receiver modulated serine phosphatase  32.28 
 
 		 400 aa  218  1e-55  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1440  response regulator  36.52 
 
 		 391 aa  215  9.999999999999999e-55  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0677305  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.98 
 
 		 392 aa  192  1e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2943  response regulator receiver modulated serine phosphatase  31.51 
 
 		 470 aa  191  1e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1432  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.73 
 
 		 407 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05599  response regulator receiver  32.18 
 
 		 560 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1566  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  29.56 
 
 		 396 aa  180  5.999999999999999e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.244929 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0921  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.69 
 
 		 378 aa  175  9.999999999999999e-43  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2013  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.54 
 
 		 411 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.155477  normal  0.0155604 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1702  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.35 
 
 		 460 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0176  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.85 
 
 		 378 aa  167  2.9999999999999998e-40  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2078  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.32 
 
 		 379 aa  164  4.0000000000000004e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.61197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3648  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.78 
 
 		 380 aa  161  2e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1844  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.14 
 
 		 379 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1870  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.89 
 
 		 379 aa  160  5e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.177859  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2673  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.5 
 
 		 389 aa  150  5e-35  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3723  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  27.91 
 
 		 378 aa  149  9e-35  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0976167  normal  0.601311 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3770  response regulator receiver protein  28.37 
 
 		 391 aa  145  9e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000112062 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1114  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.86 
 
 		 391 aa  145  1e-33  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2152  putative response regulator, putative serine phosphatase  28.72 
 
 		 434 aa  144  3e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2946  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.65 
 
 		 384 aa  140  4.999999999999999e-32  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0999  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.38 
 
 		 602 aa  139  7.999999999999999e-32  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.118416  hitchhiker  0.00369461 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0205  response regulator receiver protein  28.54 
 
 		 395 aa  138  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0825  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.98 
 
 		 526 aa  137  4e-31  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.126425  normal  0.339318 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2467  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.7 
 
 		 385 aa  137  5e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1671  response regulator/GGDEF domain-containing protein  37.5 
 
 		 322 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0731  response regulator receiver modulated serine phosphatase  29.4 
 
 		 396 aa  131  2.0000000000000002e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1112  response regulator receiver domain-containing protein  30 
 
 		 399 aa  130  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0600  response regulator receiver protein  37.88 
 
 		 301 aa  130  4.0000000000000003e-29  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1723  response regulator receiver (CheY-like) modulated serine phosphatase  27.83 
 
 		 381 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00833768  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3849  response regulator receiver (CheY) modulated Serine phosphatase  29.74 
 
 		 412 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.658628 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2082  anti-sigma-factor antagonist domain-containing protein  30.03 
 
 		 566 aa  127  4.0000000000000003e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3890  response regulator receiver protein  28 
 
 		 378 aa  127  4.0000000000000003e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2998  response regulator receiver protein  26.43 
 
 		 377 aa  124  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1846  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.04 
 
 		 314 aa  124  3e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27940  putative two-component response regulator  27.83 
 
 		 394 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2442  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.6 
 
 		 316 aa  124  4e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.103678  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4268  response regulator  28.13 
 
 		 380 aa  124  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00568873 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2359  putative two-component response regulator  27.99 
 
 		 394 aa  123  5e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0279  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.38 
 
 		 394 aa  123  5e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1035  response regulator  27.86 
 
 		 380 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0589  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.22 
 
 		 371 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.420228  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1615  response regulator receiver protein  46.27 
 
 		 228 aa  120  3e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00000138875  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1088  response regulator  27.58 
 
 		 380 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0915  sigma factor sigB regulation protein  27.37 
 
 		 380 aa  119  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00116334  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1912  response regulator receiver:stage II sporulation E  27.83 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.432168  hitchhiker  0.00180426 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2313  response regulator  30.03 
 
 		 301 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.483613  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1161  response regulator  27.4 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2117  response regulator  27.2 
 
 		 394 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0129975  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0898  sigma factor sigB regulation protein  27.3 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.503671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1070  response regulator  27.37 
 
 		 358 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.209800000000002e-41 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0905  response regulator receiver modulated serine phosphatase  26.82 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2000  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  37.42 
 
 		 364 aa  117  3e-25  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000423497  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2192  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.71 
 
 		 303 aa  117  3.9999999999999997e-25  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_32720  Response regulator  28.53 
 
 		 394 aa  117  5e-25  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2502  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.42 
 
 		 384 aa  116  7.999999999999999e-25  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00000000149084  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3577  response regulator receiver protein  27.11 
 
 		 393 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00266085  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1991  response regulator receiver protein  28.43 
 
 		 574 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2165  response regulator  27.11 
 
 		 393 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0249002  normal  0.813701 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0930  response regulator  27.09 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0994  response regulator  27.09 
 
 		 380 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1706  response regulator receiver modulated serine phosphatase  27.11 
 
 		 393 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000168842 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0308  putative response regulator  24.8 
 
 		 506 aa  115  2.0000000000000002e-24  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1682  response regulator receiver modulated serine phosphatase  28.24 
 
 		 412 aa  114  3e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1784  putative two-component response regulator  26.16 
 
 		 571 aa  112  9e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20780  putative two-component response regulator  25.92 
 
 		 571 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.283191  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2819  response regulator receiver protein  24.69 
 
 		 562 aa  110  3e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.0360472 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1706  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36 
 
 		 324 aa  111  3e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1929  response regulator receiver protein  26.67 
 
 		 394 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.310245 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2157  response regulator receiver protein  26.38 
 
 		 577 aa  110  4.0000000000000004e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3449  response regulator receiver protein  26.9 
 
 		 371 aa  110  7.000000000000001e-23  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1753  response regulator receiver modulated serine phosphatase  23.41 
 
 		 486 aa  109  1e-22  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.646626  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1628  response regulator receiver protein  26.6 
 
 		 380 aa  109  1e-22  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.311262  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2693  diguanylate cyclase  37.24 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0679  response regulator receiver  40.65 
 
 		 337 aa  108  2e-22  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1643  GGDEF/response regulator receiver domain-containing protein  36.26 
 
 		 316 aa  108  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1964  response regulator  28 
 
 		 568 aa  107  5e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.58831  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1479  response regulator receiver protein  26.55 
 
 		 402 aa  106  7e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0347  PAS  34.62 
 
 		 513 aa  106  8e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000072068 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3451  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:stage II sporulation E  27.03 
 
 		 568 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.223622  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2179  flagellar basal-body rod protein FlgC  26.42 
 
 		 575 aa  105  1e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2008  response regulator receiver protein  36.3 
 
 		 404 aa  105  1e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.325522 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 322 aa  104  3e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1524  putative PAS/PAC sensor protein  29.6 
 
 		 409 aa  104  3e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 322 aa  104  4e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3580  response regulator receiver protein  27.61 
 
 		 564 aa  103  4e-21  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2294  two component transcriptional regulator  42.5 
 
 		 228 aa  103  5e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.305192  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2566  two component transcriptional regulator, winged helix family  46.03 
 
 		 229 aa  103  8e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000356007  hitchhiker  0.00345607 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4400  two component transcriptional regulator  42.62 
 
 		 236 aa  102  1e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.998417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1594  response regulator receiver protein  25.19 
 
 		 548 aa  102  1e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2317  response regulator receiver protein  44.92 
 
 		 120 aa  102  1e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.357454  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>