More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2878 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2878  PfkB  100 
 
 		 290 aa  583  1.0000000000000001e-165  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.662908 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1216  carbohydrate kinase ribokinase family protein  55.83 
 
 		 284 aa  238  1e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2308  ribokinase  51.69 
 
 		 289 aa  233  3e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.204246  normal  0.0234698 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1534  ribokinase-like domain-containing protein  46.94 
 
 		 297 aa  231  8.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.260714 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2877  ribokinase-like domain-containing protein  55.48 
 
 		 284 aa  231  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03203  Sugar kinase, ribokinase family protein  43.88 
 
 		 327 aa  203  2e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00908389  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1622  PfkB domain protein  36 
 
 		 297 aa  192  5e-48  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3505  PfkB  39.32 
 
 		 298 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1841  PfkB  40.42 
 
 		 297 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0519375  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  39.73 
 
 		 309 aa  153  4e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  39.32 
 
 		 308 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  35.38 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  39.32 
 
 		 308 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  38.11 
 
 		 312 aa  149  8e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  37.92 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  36.3 
 
 		 307 aa  147  3e-34  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  39.22 
 
 		 311 aa  145  6e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  38.82 
 
 		 309 aa  145  8.000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1124  ribokinase  35.47 
 
 		 403 aa  145  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1011  ribokinase-like domain-containing protein  35.91 
 
 		 398 aa  143  3e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  38.89 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  38.41 
 
 		 309 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  33.55 
 
 		 340 aa  143  4e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  38.89 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  36.91 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  31.88 
 
 		 304 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  33.55 
 
 		 311 aa  139  3.9999999999999997e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  40.61 
 
 		 297 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  34.44 
 
 		 310 aa  139  7.999999999999999e-32  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4124  ribokinase  34.78 
 
 		 403 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2100  ribokinase  32.56 
 
 		 307 aa  137  2e-31  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  35.18 
 
 		 290 aa  137  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3407  ribokinase  36.24 
 
 		 424 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  31.44 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  37.58 
 
 		 302 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  35.79 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  33.99 
 
 		 310 aa  137  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  36.54 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  35.22 
 
 		 299 aa  136  5e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  40.73 
 
 		 308 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  34.12 
 
 		 309 aa  135  9.999999999999999e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  33.56 
 
 		 305 aa  134  9.999999999999999e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  37.2 
 
 		 308 aa  134  9.999999999999999e-31  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3196  ribokinase  37.21 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.20247  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  37.17 
 
 		 309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  29.59 
 
 		 306 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  37.13 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0794  ribokinase family sugar kinase  32.09 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0266657  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  36.21 
 
 		 304 aa  132  6e-30  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0053  PfkB domain protein  35.02 
 
 		 299 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0671  PfkB domain protein  29.37 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  34.29 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl642  ribokinase  30.9 
 
 		 308 aa  130  3e-29  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  36.03 
 
 		 307 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3132  ribokinase-like domain-containing protein  35.18 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00509823 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  35.06 
 
 		 317 aa  128  8.000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  37.76 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0465  ribokinase  34.59 
 
 		 299 aa  128  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  34.9 
 
 		 315 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0052  ribokinase-like domain-containing protein  35.76 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000666375 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  33.11 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  35.55 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  34.26 
 
 		 305 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  34.88 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0924  ribokinase-like domain-containing protein  30.2 
 
 		 305 aa  127  3e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.108155  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  32.57 
 
 		 297 aa  126  4.0000000000000003e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  36.64 
 
 		 305 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  37.46 
 
 		 305 aa  125  6e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0691  ribokinase family sugar kinase  33.78 
 
 		 303 aa  125  9e-28  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00280887  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  32.21 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  32.21 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0069  PfkB domain protein  34.67 
 
 		 299 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7479  ribokinase  32.2 
 
 		 298 aa  124  1e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.362941  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  35.79 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  38.26 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2296  PfkB domain-containing protein  37.79 
 
 		 306 aa  124  3e-27  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.230241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0185  ribokinase  33.56 
 
 		 291 aa  123  3e-27  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000069064  normal  0.0609987 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  35.57 
 
 		 321 aa  123  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  38.26 
 
 		 324 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  36.61 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  32.82 
 
 		 319 aa  122  5e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1334  putative ribokinase  32.88 
 
 		 353 aa  122  7e-27  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.588315 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  34.58 
 
 		 301 aa  122  7e-27  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  34.68 
 
 		 305 aa  122  7e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1363  ribokinase-like domain-containing protein  35.95 
 
 		 303 aa  122  9e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2458  ribokinase  35.25 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  38.37 
 
 		 315 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2838  ribokinase  37.31 
 
 		 314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.760591  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  34.58 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  34.44 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1475  ribokinase-like domain-containing protein  33.45 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  34.21 
 
 		 306 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  33.78 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2283  ribokinase  33 
 
 		 310 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.269259 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4112  ribokinase  34.01 
 
 		 314 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.137764  normal  0.0163752 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  38.49 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  38.49 
 
 		 308 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  33.22 
 
 		 303 aa  119  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0652  PfkB domain-containing protein  38.55 
 
 		 277 aa  118  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  38.94 
 
 		 308 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>