More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2877 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_02354  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  660    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1207  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  47.45 
 
 		 759 aa  659    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.795246  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1700  malic enzyme  50.27 
 
 		 752 aa  712    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2609  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  659    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2838  malic enzyme  47.72 
 
 		 759 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1455  malic enzyme  51.82 
 
 		 779 aa  742    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.163734  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3484  malic enzyme  49.06 
 
 		 749 aa  687    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02316  hypothetical protein  47.45 
 
 		 759 aa  660    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2664  malic enzyme  47.72 
 
 		 759 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1324  malic enzyme  49.87 
 
 		 749 aa  688    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.591813  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3533  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78558  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2959  malic enzyme  49.87 
 
 		 749 aa  680    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1888  malic enzyme  50 
 
 		 749 aa  728    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7102  malic enzyme  61.92 
 
 		 763 aa  926    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30073  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1262  malic enzyme  49.47 
 
 		 752 aa  705    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00802649  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3292  malic enzyme  47.31 
 
 		 759 aa  670    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2616  malic enzyme  47.72 
 
 		 759 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3524  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.753922  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3849  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.416227  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2869  malic enzyme  46.59 
 
 		 761 aa  643    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000177126 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2586  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2705  malic enzyme  47.58 
 
 		 759 aa  654    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3467  malic enzyme  82.86 
 
 		 752 aa  1288    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2654  malic enzyme  81.49 
 
 		 751 aa  1253    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.820528 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4071  malic enzyme  46.86 
 
 		 771 aa  641    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0048  malic enzyme  60.32 
 
 		 761 aa  918    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3943  malic enzyme  47.65 
 
 		 758 aa  651    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00128716  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2441  malic enzyme  47.44 
 
 		 777 aa  650    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1391  malic enzyme  46.51 
 
 		 759 aa  636    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.603057  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0118  malic enzyme  53.92 
 
 		 763 aa  805    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.964917  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2073  malic enzyme  50.33 
 
 		 752 aa  695    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000040152  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4039  malic enzyme  46.86 
 
 		 771 aa  657    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.601427  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0019  malic enzyme  47 
 
 		 773 aa  642    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3833  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  46.35 
 
 		 771 aa  657    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.701616  normal  0.763898 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0220  malic enzyme  47.34 
 
 		 756 aa  649    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.667581  hitchhiker  0.000000000555006 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2471  malic protein NAD-binding protein  45.87 
 
 		 751 aa  645    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1217  malic enzyme  81.36 
 
 		 759 aa  1274    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2321  malic enzyme  49.53 
 
 		 749 aa  724    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3417  malic enzyme  47.47 
 
 		 756 aa  651    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.154841  normal  0.983896 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0298  malic enzyme  47.47 
 
 		 756 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000250182 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0033  malic enzyme  60.85 
 
 		 761 aa  914    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.43478 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1637  malic enzyme  49.87 
 
 		 752 aa  722    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000270094  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3788  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1277  malic enzyme  46.51 
 
 		 759 aa  636    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0502  malic enzyme  47.26 
 
 		 773 aa  673    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.214908  normal  0.395596 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2760  malic enzyme  58.92 
 
 		 753 aa  856    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3542  malic enzyme  58.39 
 
 		 753 aa  869    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.196969  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4968  malic enzyme  60.32 
 
 		 762 aa  918    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3110  malic enzyme  46.81 
 
 		 756 aa  646    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3930  malic enzyme  47.12 
 
 		 771 aa  658    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1214  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  659    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3291  malic enzyme  58.18 
 
 		 754 aa  853    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.442539  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0420  malic enzyme  47.52 
 
 		 750 aa  641    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0175  malic enzyme  53.44 
 
 		 758 aa  800    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0210  malic enzyme  82.24 
 
 		 754 aa  1291    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1269  malic enzyme  45.22 
 
 		 779 aa  640    Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.525931  normal  0.614845 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3674  malic enzyme  45.87 
 
 		 760 aa  641    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0789225  hitchhiker  0.00000000707391 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1424  malic enzyme  47.53 
 
 		 771 aa  635    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3598  malic enzyme  59.81 
 
 		 754 aa  920    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0283  malic enzyme  45.87 
 
 		 760 aa  636    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00767286 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3213  malic enzyme  47.58 
 
 		 759 aa  671    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3123  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0029  malic enzyme  59.97 
 
 		 761 aa  891    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000328842 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2958  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  659    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.692294 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0245  malic enzyme  47.71 
 
 		 756 aa  650    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000009441 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3684  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  659    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.392037  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0990  malic enzyme  47.72 
 
 		 759 aa  670    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0158  malic enzyme  60.89 
 
 		 764 aa  915    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1580  malic enzyme  46.72 
 
 		 764 aa  639    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.196309  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2877  malic enzyme  100 
 
 		 751 aa  1541    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.857329 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2792  malic enzyme  58.88 
 
 		 754 aa  872    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.776027  normal  0.163091 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2592  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  659    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2788  malic enzyme  47.47 
 
 		 756 aa  654    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2798  malic enzyme  51.42 
 
 		 780 aa  736    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.272512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6546  malic enzyme  62.32 
 
 		 763 aa  932    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.00415909  normal  0.365189 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4030  malic enzyme  59.57 
 
 		 761 aa  905    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0754  malic enzyme  48.25 
 
 		 759 aa  679    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0943824  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01220  NADP-dependent malate dehydrogenase  45.52 
 
 		 766 aa  636    Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.189364  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0248  Malate dehydrogenase (oxaloacetate- decarboxylating) (NADP(+))., Phosphate acetyltransferase  45.39 
 
 		 757 aa  639    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0500  Malate dehydrogenase (oxaloacetate-decarboxylating) (NADP(+)), Phosphate acetyltransferase  46.73 
 
 		 751 aa  667    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1969  malic enzyme  47 
 
 		 756 aa  642    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.725411  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1333  malic enzyme  57.26 
 
 		 758 aa  854    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.306693 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3020  malic enzyme  59.04 
 
 		 761 aa  892    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0237  malic enzyme  47.71 
 
 		 756 aa  649    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3472  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  660    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.382642  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0318  malic enzyme  47.47 
 
 		 756 aa  654    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2741  malic enzyme  47.58 
 
 		 759 aa  660    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2829  malic enzyme  47.45 
 
 		 759 aa  659    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.946085  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2777  malic enzyme  47.99 
 
 		 757 aa  647    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0405643  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2878  malic enzyme  81.49 
 
 		 751 aa  1276    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2731  malic enzyme  47.72 
 
 		 759 aa  656    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0848  malic enzyme  78.91 
 
 		 760 aa  1229    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0246  malic enzyme  44.7 
 
 		 776 aa  633  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.838857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2786  malic enzyme  46.37 
 
 		 759 aa  635  1e-180  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0144029 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1651  malic enzyme  46.13 
 
 		 763 aa  630  1e-179  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0765  malic enzyme  45.56 
 
 		 754 aa  630  1e-179  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0423248  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1421  malic enzyme  47.15 
 
 		 767 aa  629  1e-179  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.225568 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1029  malic enzyme  45.23 
 
 		 764 aa  625  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0448  malic enzyme  45.03 
 
 		 758 aa  627  1e-178  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2328  malic enzyme  45.73 
 
 		 775 aa  627  1e-178  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.283617  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>