More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2864 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2864  tRNA modification GTPase TrmE  100 
 
 		 428 aa  842    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.234827 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2667  tRNA modification GTPase TrmE  56.88 
 
 		 428 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0398705  normal  0.380735 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1230  tRNA modification GTPase TrmE  57.11 
 
 		 428 aa  441  1e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2891  tRNA modification GTPase TrmE  57.34 
 
 		 428 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3454  tRNA modification GTPase TrmE  55.45 
 
 		 429 aa  424  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0199  tRNA modification GTPase TrmE  53.72 
 
 		 426 aa  374  1e-102  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.649237 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1272  tRNA modification GTPase TrmE  47.51 
 
 		 438 aa  325  1e-87  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.803467 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0098  tRNA modification GTPase TrmE  44.27 
 
 		 456 aa  324  2e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0727899 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1284  tRNA modification GTPase TrmE  46.24 
 
 		 451 aa  322  6e-87  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2964  tRNA modification GTPase TrmE  44.65 
 
 		 438 aa  320  1.9999999999999998e-86  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2587  tRNA modification GTPase TrmE  43.61 
 
 		 448 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.147171 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0003  tRNA modification GTPase TrmE  46.87 
 
 		 419 aa  307  2.0000000000000002e-82  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.398511  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0291  tRNA modification GTPase TrmE  43.24 
 
 		 449 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1833  tRNA modification GTPase TrmE  45.52 
 
 		 431 aa  303  5.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0890064  normal  0.0768704 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0858  tRNA modification GTPase TrmE  41.65 
 
 		 442 aa  303  5.000000000000001e-81  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0164  tRNA modification GTPase TrmE  42.76 
 
 		 445 aa  300  5e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.364073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0106  tRNA modification GTPase TrmE  43.42 
 
 		 457 aa  299  8e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.446893  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1982  tRNA modification GTPase TrmE  43.44 
 
 		 442 aa  298  9e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.535641  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2062  tRNA modification GTPase TrmE  42.86 
 
 		 442 aa  298  1e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00847213  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1029  tRNA modification GTPase TrmE  44.67 
 
 		 434 aa  296  6e-79  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.111023  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0429  tRNA modification GTPase TrmE  41.83 
 
 		 462 aa  292  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0392  tRNA modification GTPase TrmE  41.39 
 
 		 460 aa  290  4e-77  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.379406 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3205  tRNA modification GTPase TrmE  40.82 
 
 		 440 aa  280  5e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1411  tRNA modification GTPase TrmE  43.44 
 
 		 437 aa  279  8e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.03827 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1940  tRNA modification GTPase TrmE  41.84 
 
 		 435 aa  276  3e-73  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.704243  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1658  tRNA modification GTPase TrmE  43.37 
 
 		 444 aa  276  4e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.844134  normal  0.296272 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4390  tRNA modification GTPase TrmE  40.05 
 
 		 436 aa  276  6e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0032  tRNA modification GTPase TrmE  38.39 
 
 		 441 aa  275  1.0000000000000001e-72  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0297  tRNA modification GTPase TrmE  40.32 
 
 		 441 aa  273  5.000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0060  tRNA modification GTPase TrmE  37.56 
 
 		 439 aa  271  1e-71  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.646746  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1580  tRNA modification GTPase TrmE  43.15 
 
 		 444 aa  269  5.9999999999999995e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.183316 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3931  tRNA modification GTPase TrmE  40.05 
 
 		 437 aa  269  8e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.45905 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_33876  predicted protein  39.63 
 
 		 489 aa  269  8.999999999999999e-71  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.242987 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5023  tRNA modification GTPase TrmE  42.6 
 
 		 447 aa  268  1e-70  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0584026  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1859  tRNA modification GTPase TrmE  41.87 
 
 		 444 aa  266  4e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.517365 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3624  tRNA modification GTPase TrmE  40.52 
 
 		 455 aa  266  4e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.473452  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4257  tRNA modification GTPase TrmE  40.77 
 
 		 437 aa  264  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.910878 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0010  tRNA modification GTPase TrmE  39 
 
 		 435 aa  261  2e-68  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000341639  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3472  tRNA modification GTPase TrmE  39.82 
 
 		 442 aa  261  2e-68  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2669  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 458 aa  261  2e-68  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2992  tRNA modification GTPase TrmE  38.18 
 
 		 458 aa  260  3e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0717  tRNA modification GTPase TrmE  44.97 
 
 		 550 aa  256  6e-67  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0977  tRNA modification GTPase TrmE  37 
 
 		 447 aa  256  7e-67  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000239803  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4081  tRNA modification GTPase TrmE  39.78 
 
 		 441 aa  255  1.0000000000000001e-66  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0162579 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73400  tRNA modification GTPase TrmE  38.31 
 
 		 455 aa  250  4e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000503354  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0981  tRNA modification GTPase TrmE  43.89 
 
 		 508 aa  249  5e-65  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0132  tRNA modification GTPase TrmE  35.62 
 
 		 452 aa  247  3e-64  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.849325  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3495  tRNA modification GTPase TrmE  35.36 
 
 		 467 aa  246  6e-64  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5443  tRNA modification GTPase TrmE  37.15 
 
 		 456 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4138  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 486 aa  244  3e-63  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.619376  normal  0.415942 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04098  tRNA modification GTPase  35.14 
 
 		 462 aa  243  3.9999999999999997e-63  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5212  tRNA modification GTPase TrmE  36.93 
 
 		 456 aa  243  6e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4256  tRNA modification GTPase TrmE  36.24 
 
 		 453 aa  242  1e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.257081  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0005  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 456 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.273487  hitchhiker  0.00022418 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4484  tRNA modification GTPase TrmE  36.26 
 
 		 459 aa  241  2e-62  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000179125 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2195  tRNA modification GTPase TrmE  34 
 
 		 475 aa  241  2e-62  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_4013  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 456 aa  241  2e-62  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.205295  normal  0.289015 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5308  tRNA modification GTPase TrmE  37.58 
 
 		 456 aa  241  2e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.832252  normal  0.0803697 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0089  tRNA modification GTPase TrmE  37.09 
 
 		 455 aa  241  2e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0001  tRNA modification GTPase TrmE  36.46 
 
 		 453 aa  240  2.9999999999999997e-62  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.201746  hitchhiker  0.00000000323985 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1231  tRNA modification GTPase TrmE  38.94 
 
 		 469 aa  240  2.9999999999999997e-62  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  unclonable  0.0000000119996  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4791  tRNA modification GTPase TrmE  35.08 
 
 		 482 aa  240  4e-62  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2407  tRNA modification GTPase TrmE  40.27 
 
 		 433 aa  239  5e-62  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2945  tRNA modification GTPase TrmE  37.53 
 
 		 465 aa  239  6.999999999999999e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.0139032  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_52440  tRNA modification GTPase TrmE  36.56 
 
 		 455 aa  239  6.999999999999999e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_4148  tRNA modification GTPase TrmE  34.51 
 
 		 455 aa  239  1e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3086  tRNA modification GTPase TrmE  35.32 
 
 		 458 aa  238  1e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.924716  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1904  tRNA modification GTPase TrmE  36.25 
 
 		 472 aa  238  2e-61  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3756  tRNA modification GTPase TrmE  35.43 
 
 		 468 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.043106 
 
 
-
 
NC_006368  lpp3073  tRNA modification GTPase TrmE  35.25 
 
 		 446 aa  237  3e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2929  tRNA modification GTPase TrmE  35.25 
 
 		 446 aa  237  3e-61  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4112  tRNA modification GTPase TrmE  34.03 
 
 		 478 aa  237  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.712648  normal  0.105122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4292  tRNA modification GTPase TrmE  35.32 
 
 		 454 aa  236  4e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.10556  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2515  tRNA modification GTPase TrmE  35.87 
 
 		 464 aa  236  5.0000000000000005e-61  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000310293  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5133  tRNA modification GTPase TrmE  36.98 
 
 		 456 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4520  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 453 aa  236  6e-61  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.30842  hitchhiker  0.000795549 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2084  tRNA modification GTPase TrmE  35.11 
 
 		 457 aa  236  7e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.103263  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0008  tRNA modification GTPase TrmE  36.03 
 
 		 453 aa  236  7e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.185087  hitchhiker  0.000721309 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2410  tRNA modification GTPase TrmE  36.28 
 
 		 448 aa  235  1.0000000000000001e-60  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.749558  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2124  tRNA modification GTPase TrmE  34.22 
 
 		 452 aa  235  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5611  tRNA modification GTPase TrmE  36.54 
 
 		 456 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2758  tRNA modification GTPase TrmE  33.26 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.294935  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4928  tRNA modification GTPase TrmE  35.59 
 
 		 453 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0035842  hitchhiker  0.00000248868 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4619  tRNA modification GTPase TrmE  37.25 
 
 		 455 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0199  tRNA modification GTPase TrmE  34 
 
 		 473 aa  235  1.0000000000000001e-60  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4263  tRNA modification GTPase TrmE  35.25 
 
 		 454 aa  235  1.0000000000000001e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.226045  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4615  tRNA modification GTPase TrmE  35.54 
 
 		 454 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.394021  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0005  tRNA modification GTPase TrmE  34.72 
 
 		 453 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.135343  hitchhiker  0.00000014804 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_4001  tRNA modification GTPase TrmE  35.02 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.73411  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4260  tRNA modification GTPase TrmE  34.73 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4378  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0292979  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4379  tRNA modification GTPase TrmE  35.37 
 
 		 479 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000434128  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0003  tRNA modification GTPase TrmE  36.11 
 
 		 457 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3865  tRNA modification GTPase TrmE  34.36 
 
 		 453 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000363316 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0002  tRNA modification GTPase TrmE  35.45 
 
 		 455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4073  tRNA modification GTPase TrmE  34.73 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.420944  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4288  tRNA modification GTPase TrmE  34.73 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2930  tRNA modification GTPase TrmE  34.57 
 
 		 458 aa  234  2.0000000000000002e-60  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.137366  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4219  tRNA modification GTPase TrmE  34.73 
 
 		 454 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.99545  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4058  tRNA modification GTPase TrmE  34 
 
 		 455 aa  234  2.0000000000000002e-60  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.239105  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>