46 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2841 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2841  hypothetical protein  100 
 
 
516 aa  1065  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.876193  normal  0.631285 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1521  hypothetical protein  39.46 
 
 
520 aa  328  2e-88  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.665568  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2956  PAS domain-containing protein  40.04 
 
 
520 aa  323  5e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0889677  normal  0.0630855 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0173  hypothetical protein  39.08 
 
 
520 aa  322  7e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0132875  normal  0.889008 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4061  putative PAS/PAC sensor protein  42.19 
 
 
549 aa  302  9e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.313546 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3433  putative PAS/PAC sensor protein  43.33 
 
 
434 aa  300  5e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2778  putative PAS/PAC sensor protein  40.22 
 
 
531 aa  283  4e-75  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.866604  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0500  multi-sensor signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 
830 aa  137  3e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.919247  hitchhiker  0.00131243 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.49 
 
 
830 aa  137  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0705844  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0082  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.7 
 
 
837 aa  137  6e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0045  histidine kinase  26.7 
 
 
838 aa  136  8e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.327934 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0382  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.34 
 
 
843 aa  136  9e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0207  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.58 
 
 
837 aa  134  4e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.749864  normal  0.519956 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0085  putative sensor histidine kinase  26.43 
 
 
835 aa  132  1e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.376568 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0053  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 
838 aa  129  2e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0624  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.88 
 
 
837 aa  128  3e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0348163  normal  0.542065 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0667  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
859 aa  126  1e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3577  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 
843 aa  123  8e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1354  sensor histidine kinase  25.63 
 
 
824 aa  122  2e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0742  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.81 
 
 
862 aa  120  4e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4432  ATPase domain-containing protein  27.94 
 
 
846 aa  120  4e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.645763 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4896  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.94 
 
 
842 aa  120  5e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR2099  sensory box histidine kinase, putative  23.94 
 
 
859 aa  118  2e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.320612  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4942  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.99 
 
 
857 aa  119  2e-25  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.485802  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0080  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.79 
 
 
829 aa  118  3e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.572947 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2016  putative sensory box histidine kinase  23.94 
 
 
837 aa  118  3e-25  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.377194  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0821  histidine kinase  24.73 
 
 
858 aa  114  3e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0588  histidine kinase  30.67 
 
 
903 aa  114  3e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3246  histidine kinase  25.61 
 
 
826 aa  112  1e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0050  two component sensor kinase  24.2 
 
 
911 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4834  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.44 
 
 
770 aa  107  4e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4290  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.96 
 
 
861 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.731111  normal  0.889005 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3963  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.9 
 
 
861 aa  106  1e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3296  histidine kinase  26.15 
 
 
837 aa  104  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.584314 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0118  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  21.13 
 
 
861 aa  98.6  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.235165  normal  0.571653 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2002  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  24.67 
 
 
782 aa  96.7  9e-19  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0262543  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2675  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.19 
 
 
798 aa  90.5  6e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3443  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  25.24 
 
 
801 aa  83.2  9e-15  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0162  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.37 
 
 
787 aa  71.2  4e-11  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.842242  normal  0.67921 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3543  multi-sensor hybrid histidine kinase  23.64 
 
 
1603 aa  57  8e-07  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00143205 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0907  hypothetical protein  16.87 
 
 
381 aa  54.7  4e-06  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0728  hypothetical protein  17.2 
 
 
378 aa  52  3e-05  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.0733072  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0198  hypothetical protein  16.06 
 
 
381 aa  49.7  0.0001  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.789712  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2164  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.39 
 
 
941 aa  45.8  0.002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0320639 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0512  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.53 
 
 
945 aa  43.9  0.007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.683796  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2922  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  23.65 
 
 
883 aa  43.5  0.009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.301068 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>