More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2840 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2840  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 
465 aa  945    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.916749 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3432  sensor histidine kinase RegB  60.71 
 
 
463 aa  558  1e-158  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1520  sensor histidine kinase PrrB (RegB)  57.86 
 
 
462 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.467191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  57.86 
 
 
462 aa  536  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100518  normal  0.877828 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  56.77 
 
 
462 aa  524  1e-147  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0602735 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  54.94 
 
 
474 aa  495  1e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.61 
 
 
462 aa  344  2e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.13 
 
 
440 aa  313  4.999999999999999e-84  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.93 
 
 
468 aa  310  2.9999999999999997e-83  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00494358 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7659  histidine kinase  40 
 
 
449 aa  309  5.9999999999999995e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0305  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 
444 aa  308  2.0000000000000002e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354787  normal  0.0755864 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3274  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.35 
 
 
433 aa  306  7e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0130  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  40.18 
 
 
440 aa  301  1e-80  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 
440 aa  300  4e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0230  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.04 
 
 
464 aa  300  5e-80  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.615813  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0110  histidine kinase  39.86 
 
 
446 aa  296  5e-79  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0152985 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 
442 aa  296  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3324  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.73 
 
 
448 aa  294  2e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.0681596 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4318  histidine kinase  39.43 
 
 
442 aa  293  5e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0183324  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0133  sensor histidine kinase  41.07 
 
 
430 aa  291  2e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0128  sensor histidine kinase  41.07 
 
 
430 aa  291  2e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00320906  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4889  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.83 
 
 
461 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289635  decreased coverage  0.00139676 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.78 
 
 
430 aa  288  1e-76  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4364  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  39.36 
 
 
463 aa  286  5e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4042  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  41.44 
 
 
441 aa  283  5.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1835  histidine kinase  40.74 
 
 
459 aa  282  8.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.426972  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0570  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.97 
 
 
464 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0338625 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0359  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.6 
 
 
440 aa  280  5e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.408247  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0606  histidine kinase  41.24 
 
 
464 aa  278  2e-73  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0907998  normal  0.131642 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0595  ATPase domain-containing protein  41.01 
 
 
464 aa  276  4e-73  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0322  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  35.1 
 
 
444 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0381069 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2864  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  38.25 
 
 
441 aa  270  4e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0537405  normal  0.483733 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0064  two component sensor kinase  37.05 
 
 
434 aa  263  6e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0839262  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4651  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  37.59 
 
 
466 aa  245  9.999999999999999e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.847773  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0008  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.42 
 
 
421 aa  147  3e-34  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2201  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.36 
 
 
430 aa  147  5e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12550  periplasmic sensory histidine protein kinase  28.4 
 
 
414 aa  146  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.418352  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5544  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  31.79 
 
 
420 aa  136  8e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3136  sensor histidine kinase  24.94 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0506729  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0847  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 
417 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2735  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.94 
 
 
424 aa  135  1.9999999999999998e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.503254  hitchhiker  0.00000000176943 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2977  sensor histidine kinase  25.94 
 
 
449 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0820  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  26.37 
 
 
420 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.197209  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4554  sensor histidine kinase  26.14 
 
 
419 aa  126  9e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215906  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3894  histidine kinase  27.49 
 
 
442 aa  126  9e-28  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2270  histidine kinase  26.78 
 
 
447 aa  125  1e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58320  putative two-component sensor  28.5 
 
 
422 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4231  sensor histidine kinase  26.57 
 
 
419 aa  124  4e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2206  histidine kinase  29.36 
 
 
429 aa  124  4e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.979834  normal  0.192236 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.54 
 
 
446 aa  123  6e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.892917 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2344  histidine kinase  28.17 
 
 
452 aa  123  7e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.349621  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5108  putative two-component sensor  28.57 
 
 
422 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.655893  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1642  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.51 
 
 
479 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1606  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.4 
 
 
457 aa  121  3e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0150845  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1586  sensor histidine kinase  24.52 
 
 
419 aa  119  9e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144463  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1827  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25 
 
 
423 aa  118  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000139866  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0926  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 
418 aa  116  7.999999999999999e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0930  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.21 
 
 
418 aa  116  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0887  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.44 
 
 
450 aa  116  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.67 
 
 
418 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1739  two-component sensor histidine kinase  25.18 
 
 
443 aa  115  2.0000000000000002e-24  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337337  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.17 
 
 
452 aa  112  1.0000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2035  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regB  24.94 
 
 
450 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2689  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  25.63 
 
 
419 aa  111  3e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0665  histidine kinase  27.08 
 
 
442 aa  110  7.000000000000001e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4051  histidine kinase  25.58 
 
 
465 aa  109  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.510066  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4062  histidine kinase  24.06 
 
 
433 aa  105  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081892  normal  0.353238 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0237  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.37 
 
 
437 aa  104  4e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.349779  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3712  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 
448 aa  102  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1503  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.18 
 
 
435 aa  102  2e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.203447  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.65 
 
 
436 aa  100  5e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0719781  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0173  sensor histidine kinase  25.35 
 
 
451 aa  99.8  9e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00702706  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0162  sensor histidine kinase  27.14 
 
 
426 aa  99.8  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6445  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.03 
 
 
472 aa  98.6  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555946  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2913  sensor histidine kinase  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340179  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3251  sensor histidine kinase  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110241  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0198  sensor histidine kinase  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0383  sensor kinase protein  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326302  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3435  sensor histidine kinase  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0188  sensor histidine kinase  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3389  histidine kinase  25.61 
 
 
448 aa  98.2  3e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2176  sensor histidine kinase  29.8 
 
 
426 aa  98.2  3e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3003  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
468 aa  96.7  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.78 
 
 
449 aa  96.7  8e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.298182 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3141  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
468 aa  96.3  9e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3094  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0688371  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3111  histidine kinase  26.81 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.344952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2480  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.81 
 
 
476 aa  95.9  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00569401  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0300  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.32 
 
 
423 aa  95.5  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.47 
 
 
434 aa  94.7  3e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.541426  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3090  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.8 
 
 
467 aa  94.7  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4818  sensor histidine kinase  23.01 
 
 
422 aa  94  5e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2881  putative two-component sensor  22.83 
 
 
436 aa  93.6  7e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0738997  hitchhiker  0.00159828 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0600  ATP-binding region, ATPase-like  24.88 
 
 
449 aa  93.6  7e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0039  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  25.18 
 
 
448 aa  92.8  1e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4383  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.96 
 
 
436 aa  92.4  1e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00798  two-component system sensor protein  24.03 
 
 
408 aa  89.7  1e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.170926  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.31 
 
 
408 aa  85.1  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.08 
 
 
436 aa  84  0.000000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  22.15 
 
 
459 aa  81.6  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0885272 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>