123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2818 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2818  thiamine transporter substrate binding subunit  100 
 
 		 326 aa  653    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0458711  normal  0.879524 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2798  thiamine transporter substrate binding subunit  70.34 
 
 		 327 aa  432  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0058  thiamine transporter substrate binding subunit  70.64 
 
 		 327 aa  429  1e-119  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1391  thiamine transporter substrate binding subunit  70.82 
 
 		 342 aa  427  1e-118  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.994265  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0330  thiamine transporter substrate binding subunit  66.04 
 
 		 335 aa  413  1e-114  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.306061 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001686  thiamin ABC transporter substrate-binding component  54.57 
 
 		 330 aa  365  1e-100  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2119  thiamine transporter substrate binding subunit  55.94 
 
 		 330 aa  364  1e-99  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2943  thiamine transporter substrate binding subunit  53.68 
 
 		 348 aa  362  5.0000000000000005e-99  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.683707 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3542  thiamine transporter substrate binding subunit  53.68 
 
 		 358 aa  362  5.0000000000000005e-99  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3619  thiamine transporter substrate binding subunit  52.73 
 
 		 338 aa  358  5e-98  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.454243  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0737  thiamine transporter substrate binding subunit  53.64 
 
 		 328 aa  356  2.9999999999999997e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0623  thiamine transporter substrate binding subunit  55.48 
 
 		 327 aa  355  3.9999999999999996e-97  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.716542  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00788  thiamine transporter substrate binding subunit  54.57 
 
 		 330 aa  355  5e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3808  thiamine transporter substrate binding subunit  51.62 
 
 		 338 aa  355  5.999999999999999e-97  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0584  thiamine transporter substrate binding subunit  56.45 
 
 		 327 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4266  thiamine transporter substrate binding subunit  53.02 
 
 		 333 aa  345  4e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00070  thiamin transporter subunit  54.52 
 
 		 327 aa  342  4e-93  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3531  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  54.52 
 
 		 327 aa  342  4e-93  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00069  hypothetical protein  54.52 
 
 		 327 aa  342  4e-93  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0073  thiamine transporter substrate binding subunit  54.52 
 
 		 327 aa  342  5.999999999999999e-93  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0072  thiamine transporter substrate binding subunit  54.19 
 
 		 327 aa  341  1e-92  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0070  thiamine transporter substrate binding subunit  53.87 
 
 		 327 aa  340  1e-92  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3589  thiamine transporter substrate binding subunit  54.19 
 
 		 327 aa  341  1e-92  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000386995 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1142  thiamine transporter substrate binding subunit  50.3 
 
 		 334 aa  339  2.9999999999999998e-92  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.493947  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0060  thiamine transporter substrate binding subunit  53.87 
 
 		 327 aa  339  4e-92  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0115  thiamine transporter substrate binding subunit  53.87 
 
 		 327 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.390705 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0114  thiamine transporter substrate binding subunit  53.87 
 
 		 327 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.51564  normal  0.157223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0112  thiamine transporter substrate binding subunit  53.87 
 
 		 327 aa  338  5e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0119  thiamine transporter substrate binding subunit  53.87 
 
 		 327 aa  338  7e-92  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0072  thiamine transporter substrate binding subunit  53.55 
 
 		 327 aa  338  8e-92  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.338985 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0615  thiamine transporter substrate binding subunit  53.23 
 
 		 327 aa  338  9.999999999999999e-92  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0282494 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0119  thiamine transporter substrate binding subunit  53.57 
 
 		 327 aa  337  1.9999999999999998e-91  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0289441 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0349  thiamine transporter substrate binding subunit  52.94 
 
 		 338 aa  332  5e-90  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.741345  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3259  thiamine transporter substrate binding subunit  53.48 
 
 		 332 aa  330  3e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.288476  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0385  thiamine transporter substrate binding subunit  50.49 
 
 		 332 aa  328  6e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0796265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3107  thiamine transporter substrate binding subunit  50.91 
 
 		 342 aa  328  7e-89  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1757  thiamine transporter substrate binding subunit  50.31 
 
 		 334 aa  327  2.0000000000000001e-88  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0106404  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1695  thiamine transporter substrate binding subunit  49.69 
 
 		 334 aa  322  7e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.724988  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1200  ABC transporter periplasmic-binding protein  48.61 
 
 		 334 aa  309  5e-83  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00816728  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3472  thiamine ABC transporter, periplasmic binding protein  47.45 
 
 		 337 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1013  thiamine ABC transporter, periplasmic-binding protein  39.18 
 
 		 338 aa  220  3e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0137605  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0143  thiamine ABC transporter, thiamine-binding protein  34.8 
 
 		 336 aa  194  1e-48  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0008  ABC transporter periplasmic-binding protein  34.05 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.0000000406397  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1807  ABC transporter periplasmic-binding protein  33.97 
 
 		 325 aa  168  9e-41  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  hitchhiker  0.000832712  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0311  ABC transporter periplasmic-binding protein  33.33 
 
 		 325 aa  161  2e-38  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.00000568515  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0455  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  33.33 
 
 		 360 aa  136  4e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.617088  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0885  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  32.2 
 
 		 361 aa  132  1.0000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.420494 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_04160  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  33.74 
 
 		 367 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.207921  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_31210  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  32.46 
 
 		 357 aa  123  3e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.194613  normal  0.348603 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0218  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  33.44 
 
 		 367 aa  115  1.0000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.195863  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0314  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.12 
 
 		 363 aa  109  6e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  hitchhiker  0.00000495948  hitchhiker  0.00896596 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1933  ABC transporter periplasmic-binding protein  32.08 
 
 		 343 aa  108  9.000000000000001e-23  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.567061  normal  0.262856 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0746  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.27 
 
 		 344 aa  102  9e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0261  ABC transporter periplasmic-binding protein  27.52 
 
 		 386 aa  101  1e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000633057  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1933  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  32.06 
 
 		 388 aa  100  3e-20  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3056  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  27 
 
 		 353 aa  98.6  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.450675  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3809  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.82 
 
 		 366 aa  98.6  1e-19  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0388  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  31.62 
 
 		 388 aa  97.4  3e-19  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3246  ABC transporter periplasmic-binding protein  31.16 
 
 		 340 aa  96.7  5e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.791239  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_04580  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.2 
 
 		 392 aa  96.3  7e-19  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0433  ABC transporter periplasmic-binding protein  29.88 
 
 		 359 aa  95.1  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.127437  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2516  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  30.25 
 
 		 370 aa  90.1  5e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2697  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.48 
 
 		 431 aa  88.6  1e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0460  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  29.64 
 
 		 387 aa  83.2  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0178  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.21 
 
 		 386 aa  83.6  0.000000000000005  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1940  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  28.47 
 
 		 383 aa  83.2  0.000000000000005  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_19460  ABC transporter periplasmic binding protein, thiB subfamily  27.16 
 
 		 355 aa  82.8  0.000000000000008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.283469  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3336  ABC transporter, periplasmic binding protein, thiB subfamily  24.85 
 
 		 351 aa  81.6  0.00000000000002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.419962  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0189  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  24.14 
 
 		 334 aa  62.8  0.000000008  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0005  iron-binding protein  25.59 
 
 		 335 aa  60.8  0.00000003  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000237726  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0168  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  24.76 
 
 		 334 aa  58.9  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2025  extracellular solute-binding protein family 1  23.79 
 
 		 296 aa  57.4  0.0000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.727103  hitchhiker  0.0000000026678 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0211  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  24.76 
 
 		 334 aa  57.4  0.0000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1470  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 350 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.848361  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1444  extracellular solute-binding protein family 1  24.48 
 
 		 350 aa  57  0.0000004  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0124  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 336 aa  56.2  0.0000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0115  iron ABC transporter, periplasmic iron-binding protein  26.73 
 
 		 335 aa  56.2  0.0000007  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1200  extracellular solute-binding protein  26.89 
 
 		 337 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0976  extracellular solute-binding protein family 1  23.83 
 
 		 336 aa  53.9  0.000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3508  extracellular solute-binding protein family 1  27.88 
 
 		 353 aa  53.1  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  decreased coverage  0.00278562  normal  0.288833 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1056  extracellular solute-binding protein  27.35 
 
 		 337 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.835874  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0327  extracellular solute-binding protein  26.04 
 
 		 346 aa  52.4  0.00001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0824216 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2587  extracellular solute-binding protein family 1  27.78 
 
 		 337 aa  52.4  0.00001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.390541  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0549  extracellular solute-binding protein  26.5 
 
 		 341 aa  51.2  0.00002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0429047  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1443  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1469  extracellular solute-binding protein family 1  24.71 
 
 		 365 aa  51.6  0.00002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2294  extracellular solute-binding protein  27.04 
 
 		 381 aa  50.4  0.00004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1526  ABC transporter, periplasmic binding protein  22.89 
 
 		 334 aa  50.4  0.00004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0189  putative iron-binding protein  26.24 
 
 		 346 aa  50.4  0.00005  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.120226  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0792  extracellular solute-binding protein family 1  22.87 
 
 		 348 aa  50.1  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.775597 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0732  extracellular solute-binding protein  27 
 
 		 337 aa  48.5  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.23005  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0118  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 339 aa  48.9  0.0001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0128  extracellular solute-binding protein  26.24 
 
 		 347 aa  48.5  0.0002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.0515184  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3171  extracellular solute-binding protein  26.69 
 
 		 382 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12551  ABC-type Fe3+ transport system, periplasmic component  25.26 
 
 		 342 aa  47.8  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.733876  hitchhiker  0.00360834 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3092  extracellular solute-binding protein  27.27 
 
 		 352 aa  47.4  0.0004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00849212  normal  0.375383 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0967  extracellular solute-binding protein  26.84 
 
 		 353 aa  46.2  0.0007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.760602 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2866  extracellular solute-binding protein  26.07 
 
 		 351 aa  46.2  0.0007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.608635  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2021  putative binding protein component of ABC iron transporter  26.98 
 
 		 342 aa  46.2  0.0007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.104601 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0636  extracellular solute-binding protein  26.49 
 
 		 335 aa  46.2  0.0008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.632135  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>