79 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2786 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2786  hypothetical protein  100 
 
 		 195 aa  394  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.282235 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0676  hypothetical protein  53.65 
 
 		 198 aa  223  2e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1607  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  51.85 
 
 		 168 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0881746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2322  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  51.85 
 
 		 168 aa  198  5e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.31669  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0996  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  51.32 
 
 		 168 aa  197  7.999999999999999e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4544  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  47.62 
 
 		 178 aa  181  8.000000000000001e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0673  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  48.04 
 
 		 168 aa  165  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.27655 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1162  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  46.11 
 
 		 147 aa  143  2e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2930  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  41.05 
 
 		 178 aa  142  3e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3878  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  41.08 
 
 		 183 aa  138  4.999999999999999e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0885  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.51 
 
 		 184 aa  70.5  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000127189 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0694  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.59 
 
 		 180 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.617853  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3030  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.92 
 
 		 184 aa  68.9  0.00000000004  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000261237 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2752  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.57 
 
 		 180 aa  64.7  0.0000000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3000  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.64 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3119  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.64 
 
 		 197 aa  64.3  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  unclonable  0.00000112797  normal  0.654316 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2871  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.04 
 
 		 202 aa  63.9  0.000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1781  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.89 
 
 		 197 aa  61.6  0.000000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000929504 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1735  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.9 
 
 		 204 aa  61.2  0.000000009  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.418155  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3769  hypothetical protein  25.87 
 
 		 179 aa  60.8  0.00000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0099  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  26.9 
 
 		 204 aa  61.2  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0669056  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1202  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.78 
 
 		 183 aa  60.5  0.00000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  hitchhiker  0.00964001  normal  0.857795 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1565  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.13 
 
 		 207 aa  59.3  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.124017  normal  0.0201638 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0672  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  31.25 
 
 		 179 aa  58.5  0.00000006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2649  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.08 
 
 		 184 aa  58.5  0.00000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.531292  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2246  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.43 
 
 		 202 aa  58.2  0.00000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.417251  normal  0.0283707 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1688  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.62 
 
 		 199 aa  57.8  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1711  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.27 
 
 		 191 aa  57.4  0.0000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0725939  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0453  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.6 
 
 		 198 aa  57.8  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0983838  normal  0.382149 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5133  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.89 
 
 		 184 aa  57.4  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000140851 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2072  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.8 
 
 		 198 aa  56.6  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.490973 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3674  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  28.14 
 
 		 179 aa  57  0.0000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.396791 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3372  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.9 
 
 		 179 aa  56.2  0.0000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.779768 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1504  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.35 
 
 		 199 aa  56.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1292  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.37 
 
 		 180 aa  55.5  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.280539  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4834  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.08 
 
 		 188 aa  55.5  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.389567  normal  0.0357026 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1476  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.9 
 
 		 179 aa  54.3  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.661481  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2051  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.32 
 
 		 197 aa  54.3  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.117082 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1574  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  27.18 
 
 		 198 aa  53.9  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.803003  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4765  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.29 
 
 		 212 aa  53.9  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010311 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0417  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.63 
 
 		 185 aa  53.9  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00000370406  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1415  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.58 
 
 		 168 aa  52.8  0.000003  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0122  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.09 
 
 		 198 aa  52.8  0.000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.591808  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0364  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.42 
 
 		 198 aa  52.4  0.000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.166619 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0601  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.61 
 
 		 197 aa  51.6  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.452096  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0654  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.88 
 
 		 183 aa  52  0.000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.197985  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0444  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.53 
 
 		 182 aa  51.6  0.000007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0343  hypothetical protein  22.99 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.292372  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0359  hypothetical protein  22.99 
 
 		 182 aa  50.8  0.00001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.537959  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1553  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  26.7 
 
 		 200 aa  50.1  0.00002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3390  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.86 
 
 		 201 aa  50.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.126574 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1612  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.53 
 
 		 180 aa  49.3  0.00004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.874721 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  26.4 
 
 		 179 aa  48.9  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2881  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.99 
 
 		 179 aa  48.5  0.00006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.901818  hitchhiker  0.000150044 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3371  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  25.65 
 
 		 190 aa  48.5  0.00006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.123148  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3017  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.65 
 
 		 190 aa  48.5  0.00007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0086  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.54 
 
 		 212 aa  47.8  0.00009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.370743  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2150  TRAP transporter, small subunit  25 
 
 		 179 aa  47.8  0.0001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.2063 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2190  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.7 
 
 		 198 aa  47.8  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.592644  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1218  tripartite ATP-independent periplasmic transporter, DctQ component  24.51 
 
 		 179 aa  47.8  0.0001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3868  hypothetical protein  25.13 
 
 		 190 aa  47  0.0002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.477266  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3061  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.31 
 
 		 186 aa  46.6  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.287187  hitchhiker  0.000081525 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4220  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.46 
 
 		 207 aa  46.6  0.0003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0174615 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3805  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.84 
 
 		 196 aa  46.2  0.0003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.969823 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  34.78 
 
 		 181 aa  45.1  0.0006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1556  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.13 
 
 		 198 aa  44.7  0.0008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2479  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  22.73 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.447781  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2934  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25 
 
 		 187 aa  44.7  0.001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.65832 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3132  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.73 
 
 		 206 aa  44.3  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.675803 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0831  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  23.31 
 
 		 196 aa  43.5  0.002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0086  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.5 
 
 		 180 aa  42.7  0.003  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1242  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  19.43 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000810509  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3654  TRAP transporter DctQ family protein  23.33 
 
 		 170 aa  42.4  0.004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.724435 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3652  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.19 
 
 		 206 aa  42  0.005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0471948 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2923  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  22.53 
 
 		 210 aa  42  0.005  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.640281 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28441  TRAP-T family tripartite transporter  23.12 
 
 		 189 aa  41.6  0.007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.922538 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0697  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.86 
 
 		 187 aa  41.6  0.008  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.940748  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0190  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.44 
 
 		 176 aa  41.2  0.01  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4424  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.11 
 
 		 178 aa  41.2  0.01  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>