More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2704 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2704  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  100 
 
 
487 aa  1000    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.299034 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4257  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  64.24 
 
 
481 aa  634  1e-180  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4620  xanthine dehydrogenase small subunit  59.3 
 
 
493 aa  580  1e-164  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.678377  normal  0.546493 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2833  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  58.88 
 
 
492 aa  579  1e-164  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0365  xanthine dehydrogenase, small subunit  60.43 
 
 
492 aa  573  1.0000000000000001e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.528905  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0349  xanthine dehydrogenase, putative  60.43 
 
 
492 aa  574  1.0000000000000001e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0451  xanthine dehydrogenase small subunit  57.88 
 
 
496 aa  574  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.608502  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3320  xanthine dehydrogenase  60.46 
 
 
490 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.151633  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3133  xanthine dehydrogenase, small subunit  59.17 
 
 
488 aa  567  1e-160  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207802  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2861  xanthine dehydrogenase, small subunit  60.62 
 
 
488 aa  559  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0406506  normal  0.82137 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4499  xanthine dehydrogenase small subunit  58.21 
 
 
496 aa  547  1e-154  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.999061  normal  0.0980927 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2751  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  47.25 
 
 
479 aa  451  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433722  normal  0.51663 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3660  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  46.82 
 
 
484 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.807153  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2425  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:(2Fe-2S)-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  50 
 
 
500 aa  447  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0771886  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0713  xanthine dehydrogenase, small subunit  48.27 
 
 
512 aa  448  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4278  xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  45.89 
 
 
484 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.513605  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1815  ferredoxin:molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding:[2Fe-2S]-binding:CO dehydrogenase flavoprotein, C-terminal  45.55 
 
 
484 aa  441  9.999999999999999e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.522719  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3842  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.26 
 
 
484 aa  435  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.977655  normal  0.775119 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1590  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.47 
 
 
484 aa  436  1e-121  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.597851 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0860  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.64 
 
 
504 aa  435  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.588743  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1797  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.4 
 
 
484 aa  434  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.014868  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3604  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.26 
 
 
484 aa  432  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.703198  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0950  xanthine dehydrogenase, subunit A  47.76 
 
 
543 aa  432  1e-120  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.368271 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0893  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  48.52 
 
 
498 aa  432  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.366411  normal  0.919592 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3809  xanthine dehydrogenase  49.47 
 
 
484 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3720  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.72 
 
 
493 aa  425  1e-118  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3041  xanthine dehydrogenase, small subunit  47.82 
 
 
515 aa  425  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0266852 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44710  xanthine dehydrogenase  49.05 
 
 
484 aa  425  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0199275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22290  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.71 
 
 
496 aa  416  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0226  xanthine dehydrogenase, small subunit  49.37 
 
 
497 aa  418  9.999999999999999e-116  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.183423  normal  0.106399 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2422  xanthine dehydrogenase, small subunit  45 
 
 
505 aa  409  1e-113  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2246  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.46 
 
 
504 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0499  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.32 
 
 
467 aa  405  1.0000000000000001e-112  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.258857 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1922  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.46 
 
 
504 aa  408  1.0000000000000001e-112  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.501378 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3907  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.33 
 
 
542 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3948  hypothetical protein  46.17 
 
 
485 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.804932  normal  0.121566 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2095  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  45.13 
 
 
516 aa  396  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3554  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.84 
 
 
485 aa  396  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3237  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.44 
 
 
485 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.492862  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3886  putative xanthine dehydrogenase  44.03 
 
 
507 aa  393  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2958  putative xanthine dehydrogenase  46.69 
 
 
483 aa  395  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0528227 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0804  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.08 
 
 
523 aa  389  1e-107  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0348  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.25 
 
 
528 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0658875  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0793  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.12 
 
 
507 aa  391  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.229921 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0832  2Fe-2S ferredoxin, iron-sulfur binding site  45.25 
 
 
528 aa  390  1e-107  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4864  xanthine dehydrogenase, iron-sulfur binding subunit  44.03 
 
 
494 aa  385  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3924  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.29 
 
 
516 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.249552 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0728  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.51 
 
 
527 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.461227 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0711  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.56 
 
 
520 aa  388  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2552  xanthine dehydrogenase, small subunit  43.57 
 
 
526 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.865646 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5910  xanthine dehydrogenase, small subunit  44.34 
 
 
537 aa  384  1e-105  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1155  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  46.49 
 
 
518 aa  382  1e-105  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.874334  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02515  putative xanthine dehydrogenase, XdhA subunit  40.66 
 
 
480 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1339  xanthine dehydrogenase, small subunit  46.22 
 
 
501 aa  377  1e-103  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.00017372  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0937  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.34 
 
 
486 aa  377  1e-103  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2424  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41.44 
 
 
480 aa  375  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3102  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.44 
 
 
507 aa  374  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.238239  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2448  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.03 
 
 
507 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1035  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  42.3 
 
 
506 aa  369  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.22588  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1130  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  45.83 
 
 
507 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.16283  normal  0.329933 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3460  xanthine dehydrogenase, small subunit  42.46 
 
 
530 aa  367  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.266307 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2699  xanthine dehydrogenase small subunit  41.7 
 
 
499 aa  365  1e-100  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3160  xanthine dehydrogenase, small subunit  45.83 
 
 
505 aa  365  1e-99  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2042  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.62 
 
 
505 aa  364  2e-99  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3199  xanthine dehydrogenase family protein, iron-sulfur-binding/FAD-binding subunit  45.83 
 
 
505 aa  364  2e-99  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188115  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0871  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.62 
 
 
505 aa  364  2e-99  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.222869  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3215  xanthine dehydrogenase  45.62 
 
 
505 aa  363  4e-99  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.413066  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_5002  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  43.62 
 
 
512 aa  361  1e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2705  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.42 
 
 
505 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1905  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  45.42 
 
 
505 aa  360  3e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.259352  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1408  xanthine dehydrogenase, N-terminal subunit  46.3 
 
 
592 aa  359  6e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.332531  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2300  xanthine dehydrogenase small subunit  42.4 
 
 
476 aa  358  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.289203  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1140  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  38.03 
 
 
552 aa  345  1e-93  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.578898  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0799  putative xanthine dehydrogenase (subunit A) oxidoreductase protein  42.66 
 
 
515 aa  344  2e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1481  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  37.61 
 
 
571 aa  331  1e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0612404 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3759  xanthine dehydrogenase small subunit  42.22 
 
 
467 aa  328  1.0000000000000001e-88  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1453  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  43.16 
 
 
461 aa  323  5e-87  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2603  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  41.6 
 
 
468 aa  319  9e-86  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1789  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  44.23 
 
 
484 aa  315  9e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1788  xanthine dehydrogenase, small subunit  40.37 
 
 
467 aa  305  2.0000000000000002e-81  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.350368  normal  0.377628 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1636  molybdopterin dehydrogenase, FAD-binding  40.37 
 
 
490 aa  273  6e-72  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0259  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  35.16 
 
 
514 aa  267  2e-70  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05613  Xanthine dehydrogenase (EC 1.17.1.4)(Purine hydroxylase I) [Source:UniProtKB/Swiss-Prot;Acc:Q12553]  32.31 
 
 
1363 aa  246  6e-64  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.542014  normal  0.0769199 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6765  (2Fe-2S)-binding domain protein  33.4 
 
 
470 aa  244  1.9999999999999999e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0433  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding protein  33.48 
 
 
450 aa  228  2e-58  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.649108  n/a   
 
 
-
 
NC_011690  PHATRDRAFT_15968  predicted protein  50.69 
 
 
1387 aa  150  6e-35  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1735  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  48.32 
 
 
157 aa  145  2e-33  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1961  (2Fe-2S)-binding  46.98 
 
 
161 aa  138  2e-31  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.451517 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1739  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  44.08 
 
 
164 aa  138  2e-31  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4691  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  45.39 
 
 
164 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4603  (2Fe-2S)-binding protein  45.39 
 
 
164 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4986  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  45.39 
 
 
164 aa  134  3e-30  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.898404 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2234  (2Fe-2S)-binding domain protein  45.45 
 
 
185 aa  132  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000284749  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1872  (2Fe-2S)-binding domain protein  44.3 
 
 
172 aa  132  2.0000000000000002e-29  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1570  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  44.74 
 
 
157 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0820711  normal  0.486773 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2413  molybdopterin dehydrogenase FAD-binding  31.14 
 
 
276 aa  130  5.0000000000000004e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5186  2Fe-2S iron-sulfur cluster binding domain-containing protein  47.83 
 
 
157 aa  130  5.0000000000000004e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.075837 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3596  ferredoxin:(2Fe-2S)-binding  43.67 
 
 
158 aa  130  6e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0591004  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1527  (2Fe-2S)-binding domain-containing protein  45.57 
 
 
166 aa  130  7.000000000000001e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.496565  normal  0.655481 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2696  (2Fe-2S)-binding domain protein  46.34 
 
 
164 aa  130  8.000000000000001e-29  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0280354  normal  0.651098 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>