More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2699 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007802  Jann_2602  serine-glyoxylate aminotransferase  81.49 
 
 		 396 aa  663    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0190637  normal  0.923656 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2699  serine-glyoxylate aminotransferase  100 
 
 		 396 aa  813    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.734695  normal  0.425338 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3308  serine-glyoxylate aminotransferase  75.76 
 
 		 398 aa  640    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.662608  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3921  Serine--glyoxylate transaminase  79.48 
 
 		 396 aa  653    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6210  Serine--glyoxylate transaminase  78.91 
 
 		 396 aa  615  1e-175  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.164021 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1388  serine-glyoxylate aminotransferase  64.16 
 
 		 391 aa  537  1e-151  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0981  aminotransferase, class V  61.99 
 
 		 391 aa  525  1e-148  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0887  serine--glyoxylate transaminase  62.34 
 
 		 396 aa  508  1e-143  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.894708 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1714  aminotransferase class V  55.9 
 
 		 396 aa  460  9.999999999999999e-129  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.280776 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5929  Serine--glyoxylate transaminase  56.85 
 
 		 421 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.293616  normal  0.115656 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7112  aminotransferase class V  57.69 
 
 		 417 aa  448  1e-125  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.103015  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3261  serine-glyoxylate aminotransferase  55.42 
 
 		 415 aa  447  1.0000000000000001e-124  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.491157  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6552  Serine--glyoxylate transaminase  56.41 
 
 		 417 aa  441  1e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.323999 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1406  serine--glyoxylate aminotransferase  55.06 
 
 		 395 aa  435  1e-121  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.600675  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3670  aminotransferase class V  52.97 
 
 		 402 aa  412  1e-114  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.569732 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1795  Serine--glyoxylate transaminase  51.94 
 
 		 402 aa  402  1e-111  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.758509  normal  0.307754 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2131  aminotransferase class V  51.94 
 
 		 402 aa  402  1e-111  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.404443 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1747  aminotransferase class V  51.16 
 
 		 402 aa  395  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.223279 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2489  putative serine--glyoxylate aminotransferase  51.87 
 
 		 400 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6959  Serine--glyoxylate transaminase  46.68 
 
 		 406 aa  358  7e-98  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.987633  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5140  aminotransferase, class V  46.74 
 
 		 406 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2753  aminotransferase, class V  46.23 
 
 		 406 aa  353  2.9999999999999997e-96  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.320291 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B3001  Serine--glyoxylate transaminase  45.85 
 
 		 406 aa  348  8e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.000000231297  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3022  aminotransferase, class V  46.61 
 
 		 406 aa  345  6e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.376021 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2906  aminotransferase class V  46.23 
 
 		 414 aa  343  2.9999999999999997e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5729  Serine-glyoxylate aminotransferase  47.59 
 
 		 401 aa  341  1e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3052  Serine--glyoxylate transaminase  46.39 
 
 		 413 aa  341  2e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.160259 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5630  Serine-glyoxylate aminotransferase (SGAT)  47.92 
 
 		 401 aa  338  9.999999999999999e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4253  Serine--glyoxylate transaminase  43.62 
 
 		 406 aa  334  2e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.340668  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0548  Serine--glyoxylate transaminase  44.76 
 
 		 403 aa  333  3e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0923  aminotransferase, class V  46.13 
 
 		 401 aa  327  2.0000000000000001e-88  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000440044  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3325  serine--glyoxylate aminotransferase  45.41 
 
 		 422 aa  327  3e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0602  Serine--glyoxylate transaminase  41.51 
 
 		 394 aa  325  7e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2413  aminotransferase, class V  41.62 
 
 		 415 aa  323  3e-87  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0849168 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2804  Serine--glyoxylate transaminase  41.75 
 
 		 399 aa  319  5e-86  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.19938  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3524  Serine--glyoxylate transaminase  44.79 
 
 		 398 aa  319  6e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.119567  normal  0.298821 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4200  aminotransferase class V  45.65 
 
 		 391 aa  317  2e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.357141 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4717  Serine--glyoxylate transaminase  45.12 
 
 		 391 aa  316  4e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00393654 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1162  aminotransferase, class V  44.35 
 
 		 398 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.000700049  normal  0.406686 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3400  Serine--glyoxylate transaminase  44.95 
 
 		 402 aa  313  2.9999999999999996e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4570  Serine--glyoxylate transaminase  45.12 
 
 		 391 aa  312  5.999999999999999e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0189325 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3418  Serine--glyoxylate transaminase  46.51 
 
 		 400 aa  308  6.999999999999999e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2767  aminotransferase class V  45.69 
 
 		 397 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169864  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5728  serine-glyoxylate aminotransferase  41.62 
 
 		 395 aa  304  1.0000000000000001e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.474874  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3486  Serine--glyoxylate transaminase  45.17 
 
 		 397 aa  304  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.415302  normal  0.243284 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1369  Serine--glyoxylate transaminase  44.29 
 
 		 397 aa  288  8e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4373  Serine--glyoxylate transaminase  44.19 
 
 		 397 aa  283  4.0000000000000003e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.150786  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4911  aminotransferase class V  45.05 
 
 		 397 aa  281  2e-74  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0019  Serine--glyoxylate transaminase  39.21 
 
 		 388 aa  271  2e-71  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000322298  hitchhiker  0.00000185369 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0008  serine--glyoxylate transaminase  38.73 
 
 		 383 aa  269  5.9999999999999995e-71  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0160251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1383  aminotransferase, class V  36.53 
 
 		 384 aa  266  4e-70  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000831703  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1429  aminotransferase class V  36.27 
 
 		 384 aa  259  6e-68  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.126435  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0945  Serine--pyruvate transaminase  39.56 
 
 		 386 aa  258  1e-67  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0754728  normal  0.345409 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4341  aminotransferase class V  39.51 
 
 		 382 aa  257  2e-67  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.182025  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3486  aminotransferase class V  38.58 
 
 		 382 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2630  aminotransferase class V  38.58 
 
 		 382 aa  256  3e-67  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3167  Serine--glyoxylate transaminase  38.67 
 
 		 385 aa  253  4.0000000000000004e-66  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.131097 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0011  aminotransferase, class V  39.28 
 
 		 384 aa  252  7e-66  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000196245  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0009  aminotransferase class V  40.16 
 
 		 383 aa  249  6e-65  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_00351  soluble hydrogenase small subunit  36.53 
 
 		 385 aa  247  2e-64  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1188  aminotransferase class V  35.77 
 
 		 383 aa  247  2e-64  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.26379  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3803  aminotransferase class V  36.75 
 
 		 384 aa  247  3e-64  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0013  aminotransferase, class V  37.98 
 
 		 385 aa  244  1.9999999999999999e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00141675  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0103  class V aminotransferase  36.41 
 
 		 382 aa  244  1.9999999999999999e-63  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_00331  soluble hydrogenase small subunit  35.03 
 
 		 384 aa  243  3e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.417582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1361  soluble hydrogenase small subunit  35.03 
 
 		 384 aa  242  7.999999999999999e-63  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0191  Serine--glyoxylate transaminase  37.57 
 
 		 382 aa  241  1e-62  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.746637 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0836  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  36.46 
 
 		 400 aa  239  5e-62  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.259424  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0040  aminotransferase class V  35.14 
 
 		 385 aa  237  2e-61  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0119169  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0104  aminotransferase class V  34.55 
 
 		 380 aa  236  5.0000000000000005e-61  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0111  aminotransferase, class V  34.29 
 
 		 380 aa  235  8e-61  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1351  aminotransferase class V  39.18 
 
 		 363 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0040  soluble hydrogenase small subunit  39.3 
 
 		 397 aa  235  1.0000000000000001e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1504  aminotransferase class V  34.13 
 
 		 379 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0257  response regulator receiver protein  34.29 
 
 		 382 aa  234  2.0000000000000002e-60  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2693  aminotransferase class V  35.54 
 
 		 381 aa  233  4.0000000000000004e-60  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.00390195  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_00341  soluble hydrogenase small subunit  33.7 
 
 		 387 aa  233  5e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4629  Serine--glyoxylate transaminase  35.88 
 
 		 395 aa  232  1e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0044  soluble hydrogenase small subunit  37.74 
 
 		 382 aa  230  3e-59  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2460  Serine--glyoxylate transaminase  33.51 
 
 		 379 aa  229  4e-59  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_00341  soluble hydrogenase small subunit  35.08 
 
 		 387 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_00431  soluble hydrogenase small subunit  37.11 
 
 		 382 aa  228  1e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_00341  soluble hydrogenase small subunit  32.63 
 
 		 387 aa  227  3e-58  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0857  aminotransferase class V  35.08 
 
 		 395 aa  226  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11530  L-aspartate aminotransferase;phosphoserine aminotransferase  34.04 
 
 		 384 aa  225  1e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000426602  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0035  soluble hydrogenase small subunit  32.6 
 
 		 387 aa  223  4.9999999999999996e-57  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0575  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  37.79 
 
 		 362 aa  223  6e-57  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2126  aminotransferase class V  35.62 
 
 		 386 aa  222  7e-57  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000896436  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0780  Serine--glyoxylate transaminase  34.55 
 
 		 395 aa  223  7e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.138734  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0217  Serine--glyoxylate transaminase  32.72 
 
 		 379 aa  222  9e-57  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0155  Serine--glyoxylate transaminase  32.9 
 
 		 380 aa  222  9e-57  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.686638 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0544  putative aminotransferase, class V  33.42 
 
 		 395 aa  219  5e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.155819  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2300  Serine--glyoxylate transaminase  32.46 
 
 		 379 aa  219  5e-56  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000212673  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2307  alanine--glyoxylate transaminase  33.91 
 
 		 360 aa  218  2e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0600  soluble hydrogenase, tritium exchange subunit  36.44 
 
 		 362 aa  216  4e-55  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  decreased coverage  0.00706485  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_540  aminotransferase, class V  36.44 
 
 		 362 aa  215  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0499245  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1378  Serine--pyruvate transaminase  32.9 
 
 		 382 aa  212  9e-54  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4689  aminotransferase, class V  36.2 
 
 		 393 aa  210  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0106  aminotransferase, class V  32.64 
 
 		 379 aa  205  1e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1247  phosphoserine aminotransferase / L-aspartate aminotransferase  32.2 
 
 		 382 aa  198  2.0000000000000003e-49  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.465201  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>