More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2630 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2630  ammonium transporter  100 
 
 		 440 aa  857    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4057  ammonium transporter  77.85 
 
 		 435 aa  615  1e-175  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.211238 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0144  ammonium transporter  75.92 
 
 		 437 aa  608  1e-173  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1303  ammonium transporter  66.42 
 
 		 447 aa  488  1e-136  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.863538  normal  0.392639 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0293  Rh family protein/ammonium transporter  56.16 
 
 		 449 aa  424  1e-117  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.825675  normal  0.151871 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0847  Rh family protein/ammonium transporter  55.88 
 
 		 416 aa  418  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.105757  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3120  ammonium transporter  55.77 
 
 		 414 aa  419  1e-116  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0260  ammonium transporter  56.4 
 
 		 416 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.647918  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0760  ammonium transporter  54.3 
 
 		 408 aa  414  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3240  Rh family protein/ammonium transporter  55.04 
 
 		 416 aa  412  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.212447  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0834  Rh family protein/ammonium transporter  55.28 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.809964  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0624  Rh family protein/ammonium transporter  54.95 
 
 		 416 aa  414  1e-114  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0505999  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3657  ammonium transporter  56.55 
 
 		 421 aa  409  1e-113  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3361  Rh family protein/ammonium transporter  53.56 
 
 		 416 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0592  Rh family protein/ammonium transporter  53.56 
 
 		 416 aa  410  1e-113  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0798  ammonium transporter  53.81 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0469975  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3831  ammonium transporter  53.81 
 
 		 416 aa  405  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0618394  normal  0.138544 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3649  ammonium transporter  53.81 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.243704  hitchhiker  0.000385246 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3707  ammonium transporter  53.81 
 
 		 416 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00259002  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3531  Rh family protein/ammonium transporter  53.07 
 
 		 416 aa  408  1.0000000000000001e-112  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2904  Rh-like protein/ammonium transporter  57.74 
 
 		 416 aa  400  9.999999999999999e-111  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.676438  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2589  ammonium transporter  54.46 
 
 		 409 aa  399  9.999999999999999e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0079  ammonium transporter  56.9 
 
 		 416 aa  401  9.999999999999999e-111  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.376757  normal  0.798164 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03436  hypothetical protein  57.39 
 
 		 409 aa  400  9.999999999999999e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0651  Rh-like protein/ammonium transporter  54.3 
 
 		 416 aa  395  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.479861  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0642  putative ammonium transporter  54.68 
 
 		 426 aa  393  1e-108  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2407  ammonium transporter  57.43 
 
 		 414 aa  392  1e-108  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0934  Rh family protein/ammonium transporter  54.21 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3162  Rh-like protein/ammonium transporter  54.59 
 
 		 416 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0234598  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0980  Rh family protein/ammonium transporter  53.07 
 
 		 417 aa  385  1e-106  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.7151 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3025  ammonium transporter  55.53 
 
 		 406 aa  384  1e-105  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.228412  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00480  putative ammonium transporter  55.8 
 
 		 415 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0196  putative ammonium transporter, marine subtype  57.42 
 
 		 417 aa  379  1e-104  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1500  ammonium transporter  57 
 
 		 414 aa  381  1e-104  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2347  Rh-like protein/ammonium transporter  53.49 
 
 		 420 aa  380  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.151921 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002573  ammonium transporter  57.07 
 
 		 381 aa  381  1e-104  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000132513  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0136  putative ammonium transporter  56.02 
 
 		 411 aa  365  1e-100  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.000000000000107717  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1340  ammonium transporter  55.04 
 
 		 417 aa  366  1e-100  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0492  Rh-like protein/ammonium transporter  54.13 
 
 		 422 aa  368  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.905318  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0172  Rh family protein/ammonium transporter  53.9 
 
 		 417 aa  359  5e-98  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000030893  normal  0.412572 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0522  Rh family protein/ammonium transporter  53.83 
 
 		 423 aa  356  3.9999999999999996e-97  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.395518  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2044  ammonium transporter, AmtB  53.03 
 
 		 420 aa  355  7.999999999999999e-97  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0927087  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0233  ammonium transporter  55.12 
 
 		 411 aa  350  2e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0507426  normal  0.607723 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0499  ammonium transporter  48.92 
 
 		 525 aa  349  7e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2955  ammonium transporter  45.15 
 
 		 518 aa  345  1e-93  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0782  ammonium transporter  46.05 
 
 		 511 aa  344  2e-93  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4312  ammonium transporter  46.14 
 
 		 506 aa  340  2e-92  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0442  ammonium transporter  45.64 
 
 		 497 aa  340  4e-92  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.757816 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0555  ammonium transporter  44.64 
 
 		 446 aa  335  1e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_02901  ammonium transporter  46.49 
 
 		 476 aa  334  2e-90  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1259  ammonium transporter  47.97 
 
 		 515 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00150003 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1229  ammonium transporter  47.97 
 
 		 515 aa  332  1e-89  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0973  ammonium transporter  46.3 
 
 		 441 aa  328  1.0000000000000001e-88  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.00000814045  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0265  ammonium transporter  46.34 
 
 		 487 aa  326  6e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_24801  ammonium transporter  46.93 
 
 		 482 aa  326  7e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_02851  ammonium transporter  45.32 
 
 		 486 aa  325  8.000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.64492  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_02861  ammonium transporter  45.32 
 
 		 486 aa  325  8.000000000000001e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_02961  ammonium transporter  44.66 
 
 		 486 aa  325  9e-88  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0551  ammonium transporter  46.57 
 
 		 444 aa  325  9e-88  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.138976  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4477  ammonium transporter  46.92 
 
 		 488 aa  323  3e-87  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.341446  normal  0.184801 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1629  ammonium transporter  45.62 
 
 		 496 aa  319  6e-86  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_03411  ammonium transporter  45.62 
 
 		 496 aa  319  6e-86  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3305  ammonium transporter  47.06 
 
 		 408 aa  316  4e-85  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.508137  normal  0.377224 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3791  ammonium transporter  42.7 
 
 		 468 aa  316  4e-85  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1163  ammonium transporter  46.5 
 
 		 441 aa  309  5.9999999999999995e-83  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  decreased coverage  0.00000433758  normal  0.156813 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0247  ammonium transporter  41.91 
 
 		 490 aa  304  2.0000000000000002e-81  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1138  ammonium transporter  45.5 
 
 		 442 aa  304  2.0000000000000002e-81  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.135685 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0916  ammonium transporter  47.64 
 
 		 462 aa  303  5.000000000000001e-81  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.685309  normal  0.315253 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0276  ammonium transporter  41.58 
 
 		 489 aa  297  2e-79  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3571  ammonium transporter  44.55 
 
 		 446 aa  297  2e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1341  ammonium transporter  46.06 
 
 		 442 aa  296  3e-79  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000498095  unclonable  0.00000143333 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0643  Rh-like protein/ammonium transporter  40 
 
 		 391 aa  293  3e-78  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.32832  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1499  ammonium transporter  44.47 
 
 		 584 aa  293  5e-78  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.907074  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1022  ammonium transporter  45.18 
 
 		 449 aa  293  5e-78  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2435  ammonium transporter  44.39 
 
 		 471 aa  292  6e-78  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.127565  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1530  ammonium transporter  43.25 
 
 		 512 aa  291  2e-77  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.595871  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3492  ammonium transporter  41.69 
 
 		 461 aa  285  2.0000000000000002e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3049  ammonium transporter  41.16 
 
 		 460 aa  279  7e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1796  ammonium transporter  42.79 
 
 		 441 aa  278  1e-73  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1902  ammonium transporter  40.56 
 
 		 478 aa  276  4e-73  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0388203  hitchhiker  0.000364558 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3636  ammonium transporter  42.6 
 
 		 509 aa  276  4e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.348655 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0486  ammonium transporter  44.58 
 
 		 483 aa  276  4e-73  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0532  ammonium transporter  42.82 
 
 		 435 aa  275  8e-73  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.00000756367  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0518  ammonium transporter  42.82 
 
 		 435 aa  275  8e-73  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000597851  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2218  ammonium transporter  42.52 
 
 		 506 aa  274  2.0000000000000002e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2984  ammonium transporter  40.56 
 
 		 478 aa  274  3e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1729  ammonium transporter  42.29 
 
 		 507 aa  272  8.000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.427726  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0678  ammonium transporter  40.79 
 
 		 1322 aa  269  7e-71  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.760367  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1656  ammonium transporter  42.29 
 
 		 507 aa  269  8e-71  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0646033  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1018  ammonium transporter  40.05 
 
 		 445 aa  268  2e-70  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00157851  normal  0.490999 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3599  ammonium transporter  40.98 
 
 		 417 aa  266  5e-70  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2528  ammonium transporter  42.89 
 
 		 461 aa  265  1e-69  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.26052  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2650  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  40.35 
 
 		 1016 aa  264  2e-69  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0326651 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1757  ammonium transporter  40.64 
 
 		 437 aa  263  4.999999999999999e-69  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.966665 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3175  ammonium transporter  37.24 
 
 		 469 aa  262  8.999999999999999e-69  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.640625  hitchhiker  0.0015046 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0113  ammonium transporter  40.88 
 
 		 458 aa  261  1e-68  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1639  ammonium transporter  40.9 
 
 		 489 aa  261  3e-68  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.294546  normal  0.322365 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2018  ammonium transporter  39.23 
 
 		 478 aa  260  3e-68  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.678584  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0766  ammonium transporter  37.26 
 
 		 644 aa  252  7e-66  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.543841  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0565  ammonium transporter  40.29 
 
 		 422 aa  251  1e-65  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000904674  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>