More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2629 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2629  nitrogen regulatory protein P-II  100 
 
 
112 aa  223  7e-58  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.594654  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0143  nitrogen regulatory protein P-II  83.04 
 
 
112 aa  187  4e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4056  nitrogen regulatory protein P-II  82.14 
 
 
112 aa  187  5e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.559435 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0119  nitrogen regulatory protein P-II  81.25 
 
 
112 aa  182  1e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2547  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 
112 aa  181  4e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.620623  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0889  nitrogen regulatory protein P-II  80.36 
 
 
112 aa  181  4e-45  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1918  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 
112 aa  164  5e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0342  nitrogen regulatory P-II transcription regulator protein  67.86 
 
 
112 aa  162  1e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0217  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  162  1e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  hitchhiker  3.68327e-06 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0198  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  162  1e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.485304 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3237  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 
112 aa  161  2e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0086  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  65.18 
 
 
112 aa  160  4e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0840353  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0291  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  160  5e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5499  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 
112 aa  160  7e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.118454 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3218  P-II family regulatory protein  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.472285  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0407  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.32852  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1400  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0487  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.188054  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2827  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.994537  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0468  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.409463  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0193  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.431486  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0651  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.888486  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0371  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  66.07 
 
 
112 aa  159  1e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0295  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  159  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.886213  normal  0.678271 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0683  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  159  1e-38  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.173796  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2326  nitrogen regulatory protein P-II  69.64 
 
 
112 aa  159  1e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.875617  normal  0.385523 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6195  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
136 aa  159  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0437  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  158  2e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2877  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.58077  normal  0.596742 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2866  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
136 aa  159  2e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00138557  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1227  nitrogen regulatory protein P-II 1  66.07 
 
 
112 aa  159  2e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4239  nitrogen regulatory protein PII  64.29 
 
 
116 aa  158  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2921  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  158  2e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0772673  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2783  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  158  2e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.190051  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3048  nitrogen regulatory protein P-II 1  66.07 
 
 
112 aa  158  2e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2252  nitrogen regulatory protein P-II  67.86 
 
 
112 aa  158  2e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0233324  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1130  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  158  3e-38  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0120  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  157  3e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0723912 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0275  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  158  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0302  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 
112 aa  157  3e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3627  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  157  4e-38  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.186884 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1818  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  157  4e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.900474  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2513  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  157  5e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  decreased coverage  0.00284343  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0433  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  157  6e-38  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0037358  normal  0.874801 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0451  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  157  6e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.164177  normal  0.269933 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0240  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  64.29 
 
 
112 aa  157  6e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.289663  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0135  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
121 aa  157  6e-38  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  1.14835e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2209  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  157  6e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.448638  normal  0.538315 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2050  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  157  6e-38  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.885894  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3649  nitrogen regulatory protein P-II 1  65.18 
 
 
112 aa  156  8e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0472  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 
112 aa  156  8e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0594  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  156  1e-37  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00479  nitrogen regulatory protein P-II  63.39 
 
 
112 aa  156  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4190  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.959597 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0523  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  156  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.278087  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002766  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.370925  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0256  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0525  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.887906  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0218  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  2e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.601689  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69810  nitrogen regulatory protein P-II 2  61.61 
 
 
112 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.194686  normal  0.241854 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2098  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  155  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.221402  hitchhiker  0.00315077 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2374  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  155  2e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.35771 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3656  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  155  2e-37  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6030  nitrogen regulatory protein P-II 2  61.61 
 
 
112 aa  155  2e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1304  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.774193  normal  0.209326 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03218  hypothetical protein  64.29 
 
 
114 aa  155  2e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3119  nitrogen regulatory protein P-II  63.39 
 
 
112 aa  155  2e-37  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0259  nitrogen regulatory protein P-II  61.61 
 
 
112 aa  155  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0693  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 
112 aa  155  2e-37  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.333555  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1516  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  155  2e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.14536 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2733  nitrogen regulatory protein P-II  63.39 
 
 
112 aa  155  2e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.122931 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2406  nitrogen regulatory protein P-II  62.5 
 
 
112 aa  155  3e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2838  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2706  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02445  regulatory protein P-II for glutamine synthetase  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2044  nitrogen regulatory protein P-II  66.07 
 
 
112 aa  154  3e-37  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02409  hypothetical protein  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2767  nitrogen regulatory protein P-II  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0053  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  154  3e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0041295  normal  0.377674 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1115  nitrogen regulatory protein P-II  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2720  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2918  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.94675  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2803  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2937  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1124  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2824  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2762  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0269  nitrogen regulatory protein P-II (GlnB, GlnK)  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.76816  normal  0.184312 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3787  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2168  nitrogen regulatory protein P-II  65.18 
 
 
112 aa  154  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  2.16085e-05  hitchhiker  7.91345e-07 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0833  nitrogen regulatory protein P-II  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2706  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  154  3e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03437  hypothetical protein  64.29 
 
 
112 aa  154  4e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0183  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  154  4e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.320277  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4094  nitrogen regulatory protein P-II  62.5 
 
 
116 aa  154  5e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.52607  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0240  nitrogen regulatory protein P-II  64.29 
 
 
112 aa  154  5e-37  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.806951 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3770  nitrogen regulatory protein P-II  62.5 
 
 
116 aa  154  5e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.929056 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1262  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  153  6e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.297918  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3631  nitrogen regulatory protein P-II 1  63.39 
 
 
112 aa  153  6e-37  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0076  nitrogen regulatory protein P-II  66.96 
 
 
112 aa  154  6e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0461291 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>