More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2628 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2548  1A family penicillin-binding protein  63.47 
 
 		 788 aa  886    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.340929  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0887  glycosyl transferase family protein  63.64 
 
 		 831 aa  884    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.656493  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0142  penicillin-binding protein  66.18 
 
 		 729 aa  912    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4055  peptidoglycan glycosyltransferase  60.52 
 
 		 744 aa  808    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2033  1A family penicillin-binding protein  60.84 
 
 		 776 aa  763    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.431137  normal  0.140468 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2628  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 		 735 aa  1497    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0118  1A family penicillin-binding protein  67.19 
 
 		 788 aa  874    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0362  1A family penicillin-binding protein  43.04 
 
 		 741 aa  448  1.0000000000000001e-124  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.244077 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0132  penicillin-binding protein 1A  41.04 
 
 		 734 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.675311  normal  0.447888 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4776  1A family penicillin-binding protein  43.28 
 
 		 727 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.119918  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3175  1A family penicillin-binding protein  44.08 
 
 		 728 aa  442  9.999999999999999e-123  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0580  penicillin-binding protein, 1A family  42.6 
 
 		 739 aa  438  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4417  penicillin-binding protein, 1A family  41 
 
 		 779 aa  436  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.896917  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5243  penicillin-binding protein, 1A family  42.97 
 
 		 727 aa  436  1e-120  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.766198  normal  0.919451 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5318  penicillin-binding protein, 1A family  43.08 
 
 		 728 aa  435  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6778  1A family penicillin-binding protein  43.85 
 
 		 714 aa  435  1e-120  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.395595  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4097  penicillin-binding protein, 1A family  40.68 
 
 		 776 aa  433  1e-120  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7653  putative penicillin-binding protein pbpC/mrcB-like protein  43.02 
 
 		 734 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.278881 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0008  1A family penicillin-binding protein  40.42 
 
 		 775 aa  432  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000321042 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0453  penicillin-binding protein 1A  42.46 
 
 		 757 aa  426  1e-118  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.287636  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7522  penicillin-binding protein, 1A family  41.75 
 
 		 714 aa  427  1e-118  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276054  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0124  penicillin-binding protein 1A  40.44 
 
 		 720 aa  424  1e-117  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.994879  normal  0.789667 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0227  penicillin-binding protein 1A  39.4 
 
 		 732 aa  423  1e-117  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.369543  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0041  penicillin-binding protein 1A  41.14 
 
 		 735 aa  422  1e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0305  penicillin-binding protein  37.64 
 
 		 833 aa  422  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3046  1A family penicillin-binding protein  39.31 
 
 		 720 aa  414  1e-114  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.370823  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3388  1A family penicillin-binding protein  39.97 
 
 		 750 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3703  penicillin-binding protein, 1A family  39.01 
 
 		 712 aa  405  1e-111  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.053736 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4205  1A family penicillin-binding protein  39.57 
 
 		 654 aa  399  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.317935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1150  penicillin-binding protein 1A  40.34 
 
 		 759 aa  388  1e-106  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0897  1A family penicillin-binding protein  38.89 
 
 		 691 aa  387  1e-106  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.376717 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1653  1A family penicillin-binding protein  38.28 
 
 		 768 aa  387  1e-106  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.64242  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0916  1A family penicillin-binding protein  41.47 
 
 		 656 aa  386  1e-106  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.129187 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3393  penicillin-binding protein 1A  40.68 
 
 		 651 aa  384  1e-105  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1403  penicillin-binding protein 1A  40.37 
 
 		 760 aa  385  1e-105  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3056  putative penicillin-binding protein  38.75 
 
 		 759 aa  384  1e-105  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3986  1A family penicillin-binding protein  39.28 
 
 		 723 aa  384  1e-105  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0117  1A family penicillin-binding protein  37.43 
 
 		 763 aa  379  1e-103  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0114  1A family penicillin-binding protein  37.43 
 
 		 730 aa  379  1e-103  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.572692  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3506  penicillin-binding protein 1A  39.69 
 
 		 769 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.430284 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0131  1A family penicillin-binding protein  38.01 
 
 		 770 aa  375  1e-102  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1787  penicillin-binding protein 1A  38.66 
 
 		 757 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.495648  normal  0.0540885 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1953  penicillin-binding protein 1A  39.52 
 
 		 750 aa  375  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.330059 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2073  penicillin-binding protein, 1A family  39.19 
 
 		 758 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2868  1A family penicillin-binding protein  38.95 
 
 		 669 aa  369  1e-100  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.0010427  normal  0.721279 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1662  penicillin-binding protein, 1A family  37.67 
 
 		 742 aa  367  1e-100  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.460487 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0720  penicillin-binding protein, 1A family  39.16 
 
 		 744 aa  365  1e-99  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0942081  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0767  penicillin-binding protein, 1A family  38.3 
 
 		 763 aa  363  6e-99  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.210188  normal  0.891602 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0883  1A family penicillin-binding protein  37.23 
 
 		 714 aa  363  6e-99  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1627  1A family penicillin-binding protein  36.95 
 
 		 718 aa  363  9e-99  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.216077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0864  penicillin-binding protein, 1A family  36.42 
 
 		 760 aa  359  9.999999999999999e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.930859 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0583  1A family penicillin-binding protein  36.77 
 
 		 724 aa  358  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0928  1A family penicillin-binding protein  36.87 
 
 		 784 aa  357  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0506  penicillin-binding protein, 1A family  42.24 
 
 		 796 aa  358  2.9999999999999997e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.396512  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0889  penicillin-binding protein, 1A family  36.54 
 
 		 765 aa  357  3.9999999999999996e-97  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.53881  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0583  1A family penicillin-binding protein  36.61 
 
 		 718 aa  357  5.999999999999999e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.161794  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2677  1A family penicillin-binding protein  36.62 
 
 		 724 aa  356  7.999999999999999e-97  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.288371  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6858  penicillin-binding protein, 1A family  39.73 
 
 		 626 aa  355  2e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0203  1A family penicillin-binding protein  39.83 
 
 		 658 aa  353  8e-96  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1115  1A family penicillin-binding protein  38.99 
 
 		 743 aa  351  2e-95  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.331133  normal  0.670301 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0878  1A family penicillin-binding protein  36.34 
 
 		 764 aa  350  4e-95  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.337969  hitchhiker  0.000893073 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3921  1A family penicillin-binding protein  37 
 
 		 712 aa  350  4e-95  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0187238 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1701  1A family penicillin-binding protein  40.88 
 
 		 626 aa  346  7e-94  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.41226  normal  0.0892672 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1046  1A family penicillin-binding protein  40.24 
 
 		 810 aa  344  2.9999999999999997e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1323  penicillin binding protein  36.94 
 
 		 707 aa  335  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.295305  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0706  1A family penicillin-binding protein  39.51 
 
 		 830 aa  334  4e-90  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.679519  normal  0.247814 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0719  penicillin-binding protein, 1A family  39.42 
 
 		 830 aa  333  7.000000000000001e-90  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.347949  normal  0.695169 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3611  1A family penicillin-binding protein  38.85 
 
 		 814 aa  332  1e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.246117  hitchhiker  0.00429634 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0677  penicillin-binding protein, 1A family  38.54 
 
 		 815 aa  332  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.187464 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2817  1A family penicillin-binding protein  35.62 
 
 		 709 aa  331  3e-89  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.515125  normal  0.127975 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0950  penicillin-binding protein 1A  34.55 
 
 		 776 aa  330  5.0000000000000004e-89  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3329  penicillin-binding protein 1A  35.59 
 
 		 712 aa  330  8e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2520  penicillin-binding protein 1A  38.84 
 
 		 750 aa  326  8.000000000000001e-88  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2976  penicillin-binding protein 1A  34.94 
 
 		 732 aa  325  2e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.706338  normal  0.0468757 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0785  penicillin-binding protein 1A  37.07 
 
 		 712 aa  324  3e-87  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.649225 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1128  penicillin-binding protein, 1A family  35.83 
 
 		 648 aa  318  2e-85  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_20671  putative penicillin binding protein  35.15 
 
 		 658 aa  316  9.999999999999999e-85  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.427619 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1056  penicillin-binding protein, 1A family  36.92 
 
 		 751 aa  315  1.9999999999999998e-84  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0805  penicillin-binding protein 1A  34.16 
 
 		 680 aa  311  4e-83  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0444532  normal  0.0112407 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0626  1A family penicillin-binding protein  38.02 
 
 		 733 aa  308  3e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.10684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1022  penicillin-binding protein, 1A family  35.51 
 
 		 736 aa  307  5.0000000000000004e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.53642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0894  penicillin-binding protein, 1A family  35.36 
 
 		 728 aa  306  1.0000000000000001e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4703  1A family penicillin-binding protein  33 
 
 		 755 aa  306  1.0000000000000001e-81  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1078  1A family penicillin-binding protein  37.66 
 
 		 727 aa  305  3.0000000000000004e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.319269  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1453  penicillin-binding protein 1A  37.46 
 
 		 699 aa  305  3.0000000000000004e-81  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.8478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2904  penicillin-binding protein, 1A family  34.19 
 
 		 811 aa  302  1e-80  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1369  1A family penicillin-binding protein  35.28 
 
 		 765 aa  300  5e-80  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1109  peptidoglycan glycosyltransferase  32.45 
 
 		 795 aa  300  7e-80  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.000046818  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0858  penicillin-binding protein, 1A family  35.25 
 
 		 618 aa  300  9e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00486988  hitchhiker  0.00041503 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0444  1A family penicillin-binding protein  35.1 
 
 		 654 aa  299  1e-79  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1696  penicillin-binding protein, 1A family  36.45 
 
 		 761 aa  296  8e-79  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.235679  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1574  penicillin-binding protein 1A  33.17 
 
 		 692 aa  294  4e-78  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.53157  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5168  1A family penicillin-binding protein  36.1 
 
 		 683 aa  294  4e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1342  penicillin-binding protein, 1A family  36.72 
 
 		 824 aa  292  1e-77  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1371  penicillin-binding protein, 1A family  36.53 
 
 		 824 aa  290  5.0000000000000004e-77  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04231  putative penicillin binding protein  32.28 
 
 		 602 aa  290  7e-77  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5467  penicillin-binding protein  35.87 
 
 		 683 aa  290  8e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5071  penicillin-binding protein  35.87 
 
 		 683 aa  289  1e-76  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5504  penicillin-binding protein  35.92 
 
 		 683 aa  288  2e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5055  penicillin-binding protein  35.76 
 
 		 683 aa  289  2e-76  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>