More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2577 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2577  methionyl-tRNA formyltransferase  100 
 
 		 308 aa  619  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.4212  hitchhiker  0.000000800769 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0181  methionyl-tRNA formyltransferase  73.9 
 
 		 299 aa  436  1e-121  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.142178  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0469  methionyl-tRNA formyltransferase  71.43 
 
 		 301 aa  432  1e-120  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.516302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0151  methionyl-tRNA formyltransferase  69.23 
 
 		 302 aa  407  1e-113  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.338305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0875  methionyl-tRNA formyltransferase  68.42 
 
 		 302 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2535  methionyl-tRNA formyltransferase  68.42 
 
 		 302 aa  406  1.0000000000000001e-112  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.614949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0642  methionyl-tRNA formyltransferase  67.12 
 
 		 297 aa  372  1e-102  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.183207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4042  methionyl-tRNA formyltransferase  59.08 
 
 		 308 aa  353  2e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.618576 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1345  methionyl-tRNA formyltransferase  59.87 
 
 		 306 aa  353  2.9999999999999997e-96  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0262  methionyl-tRNA formyltransferase  59.87 
 
 		 310 aa  352  4e-96  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4568  methionyl-tRNA formyltransferase  59.81 
 
 		 312 aa  351  8.999999999999999e-96  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2894  methionyl-tRNA formyltransferase  58.14 
 
 		 301 aa  348  6e-95  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1034  methionyl-tRNA formyltransferase  59.21 
 
 		 306 aa  347  1e-94  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.79271  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0975  methionyl-tRNA formyltransferase  58.88 
 
 		 306 aa  344  1e-93  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.569216  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0075  methionyl-tRNA formyltransferase  59.09 
 
 		 311 aa  342  5e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.716754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3351  methionyl-tRNA formyltransferase  60.78 
 
 		 309 aa  338  5.9999999999999996e-92  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0541  methionyl-tRNA formyltransferase  57.14 
 
 		 320 aa  338  7e-92  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.743734  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0058  methionyl-tRNA formyltransferase  58.12 
 
 		 311 aa  332  7.000000000000001e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.820848  normal  0.0373513 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0393  methionyl-tRNA formyltransferase  56.49 
 
 		 311 aa  325  5e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3304  methionyl-tRNA formyltransferase  58.82 
 
 		 307 aa  323  2e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0607232  normal  0.664052 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0249  methionyl-tRNA formyltransferase  54.9 
 
 		 306 aa  320  9.999999999999999e-87  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.153512 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4239  methionyl-tRNA formyltransferase  55.05 
 
 		 310 aa  318  6e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.856785  decreased coverage  0.00163892 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3147  methionyl-tRNA formyltransferase  56.41 
 
 		 313 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.222101  normal  0.377579 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0055  methionyl-tRNA formyltransferase  56.52 
 
 		 311 aa  318  9e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000555853 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1599  methionyl-tRNA formyltransferase  55.52 
 
 		 309 aa  316  3e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0493449 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0347  methionyl-tRNA formyltransferase  53.95 
 
 		 305 aa  316  4e-85  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.342124  normal  0.0280325 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  54.28 
 
 		 307 aa  315  6e-85  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1635  methionyl-tRNA formyltransferase  56.17 
 
 		 309 aa  312  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.138536  normal  0.117912 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3065  methionyl-tRNA formyltransferase  55.41 
 
 		 314 aa  310  1e-83  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.38579  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0410  methionyl-tRNA formyltransferase  54.3 
 
 		 301 aa  311  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1917  methionyl-tRNA formyltransferase  55.52 
 
 		 309 aa  310  2e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.741308  normal  0.233989 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0446  methionyl-tRNA formyltransferase  55.02 
 
 		 311 aa  310  2e-83  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1129  methionyl-tRNA formyltransferase  54.37 
 
 		 312 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.158103 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4748  methionyl-tRNA formyltransferase  52.77 
 
 		 310 aa  306  3e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130868  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0080  methionyl-tRNA formyltransferase  53.62 
 
 		 310 aa  306  4.0000000000000004e-82  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.450016  normal  0.0632026 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1320  methionyl-tRNA formyltransferase  53.62 
 
 		 309 aa  305  5.0000000000000004e-82  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7336  methionyl-tRNA formyltransferase  54.75 
 
 		 311 aa  303  2.0000000000000002e-81  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.685492  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0626  methionyl-tRNA formyltransferase  53.75 
 
 		 310 aa  302  4.0000000000000003e-81  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.274146  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0674  methionyl-tRNA formyltransferase  51.61 
 
 		 312 aa  302  6.000000000000001e-81  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3694  methionyl-tRNA formyltransferase  54.49 
 
 		 310 aa  296  4e-79  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0497  methionyl-tRNA formyltransferase  54.55 
 
 		 317 aa  293  4e-78  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.12463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0806  methionyl-tRNA formyltransferase  54.49 
 
 		 310 aa  291  1e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.283838 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3583  methionyl-tRNA formyltransferase  49.2 
 
 		 315 aa  286  4e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.291651  normal  0.0987748 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3774  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 315 aa  285  8e-76  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03138  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.511897  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4610  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 315 aa  283  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0267184  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03089  hypothetical protein  50 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.633166  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0426  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.459204  hitchhiker  0.00147266 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3481  methionyl-tRNA formyltransferase  50 
 
 		 315 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000745387  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3603  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.109792  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3770  methionyl-tRNA formyltransferase  49.68 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0147386  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3604  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.575944 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3676  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3711  methionyl-tRNA formyltransferase  49.84 
 
 		 315 aa  283  3.0000000000000004e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.734888  normal  0.143925 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0016  methionyl-tRNA formyltransferase  50.79 
 
 		 319 aa  283  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000109798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  52.2 
 
 		 310 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.417966  decreased coverage  0.00000000000000611556 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3719  methionyl-tRNA formyltransferase  48.55 
 
 		 315 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.236435  hitchhiker  0.00730816 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0086  methionyl-tRNA formyltransferase  50.32 
 
 		 310 aa  281  1e-74  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2251  hitchhiker  0.0000000986218 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0067  methionyl-tRNA formyltransferase  51.86 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.196453  unclonable  0.000000439837 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0083  methionyl-tRNA formyltransferase  51.86 
 
 		 310 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.217446 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3672  methionyl-tRNA formyltransferase  49.52 
 
 		 315 aa  280  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0019  methionyl-tRNA formyltransferase  51.23 
 
 		 310 aa  280  3e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107334  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0042  methionyl-tRNA formyltransferase  49.83 
 
 		 311 aa  279  4e-74  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0054  methionyl-tRNA formyltransferase  51.93 
 
 		 314 aa  278  7e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0020  methionyl-tRNA formyltransferase  48.18 
 
 		 322 aa  277  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0178  methionyl-tRNA formyltransferase  50.53 
 
 		 314 aa  273  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0094  methionyl-tRNA formyltransferase  50.16 
 
 		 320 aa  272  6e-72  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.922112  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00190  methionyl-tRNA formyltransferase  52.63 
 
 		 314 aa  272  6e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.767541  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2844  methionyl-tRNA formyltransferase  48.01 
 
 		 308 aa  272  7e-72  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2868  methionyl-tRNA formyltransferase  51.74 
 
 		 325 aa  271  9e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3584  methionyl-tRNA formyltransferase  52.74 
 
 		 307 aa  269  4e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0090  methionyl-tRNA formyltransferase  49.65 
 
 		 314 aa  268  5.9999999999999995e-71  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.0186427  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2096  methionyl-tRNA formyltransferase  49.65 
 
 		 314 aa  268  5.9999999999999995e-71  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.156857  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3398  methionyl-tRNA formyltransferase  50.78 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.726388  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4053  methionyl-tRNA formyltransferase  50.78 
 
 		 323 aa  267  2e-70  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_2078  methionyl-tRNA formyltransferase  49.67 
 
 		 332 aa  267  2e-70  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04056  methionyl-tRNA formyltransferase  50.17 
 
 		 307 aa  266  2.9999999999999995e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0438  methionyl-tRNA formyltransferase  47.59 
 
 		 313 aa  266  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2322  methionyl-tRNA formyltransferase  48.86 
 
 		 310 aa  265  5e-70  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.103056  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0196  methionyl-tRNA formyltransferase  47.68 
 
 		 318 aa  264  1e-69  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  decreased coverage  0.00869838  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0192  methionyl-tRNA formyltransferase  47.24 
 
 		 312 aa  264  2e-69  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0649  methionyl-tRNA formyltransferase  43.91 
 
 		 318 aa  262  4.999999999999999e-69  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.95229e-24 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0018  methionyl-tRNA formyltransferase  50.18 
 
 		 314 aa  262  6e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00160  methionyl-tRNA formyltransferase  51.93 
 
 		 325 aa  261  8.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00021  methionyl-tRNA formyltransferase  46.18 
 
 		 312 aa  261  1e-68  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0831  methionyl-tRNA formyltransferase  49.69 
 
 		 327 aa  260  2e-68  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0635  methionyl-tRNA formyltransferase  43.59 
 
 		 318 aa  260  2e-68  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0157901  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2549  methionyl-tRNA formyltransferase  48.04 
 
 		 320 aa  260  2e-68  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.31631  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0284  methionyl-tRNA formyltransferase  51.28 
 
 		 315 aa  260  2e-68  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0176978 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0036  methionyl-tRNA formyltransferase  48.6 
 
 		 327 aa  259  4e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3790  methionyl-tRNA formyltransferase  46.45 
 
 		 315 aa  259  6e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.243321  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4512  methionyl-tRNA formyltransferase  47.1 
 
 		 314 aa  258  7e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.017466  hitchhiker  0.000185831 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1928  methionyl-tRNA formyltransferase  49.14 
 
 		 307 aa  258  7e-68  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0355  methionyl-tRNA formyltransferase  47.59 
 
 		 313 aa  258  8e-68  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.36252  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3877  methionyl-tRNA formyltransferase  48.57 
 
 		 323 aa  258  8e-68  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1864  methionyl-tRNA formyltransferase  48.8 
 
 		 307 aa  258  9e-68  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0022  methionyl-tRNA formyltransferase  44.52 
 
 		 315 aa  255  5e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0028  methionyl-tRNA formyltransferase  45.83 
 
 		 318 aa  255  5e-67  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.709441  hitchhiker  0.00475764 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3969  methionyl-tRNA formyltransferase  46.13 
 
 		 315 aa  255  6e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.483115  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>