More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2570 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2570  lysine exporter protein LysE/YggA  100 
 
 
205 aa  395  1e-109  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  hitchhiker  0.00200022  unclonable  4.06824e-08 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0187  amino-acid exporter protein  73.66 
 
 
204 aa  288  4e-77  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.452684  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0505  lysine exporter protein LysE/YggA  73.91 
 
 
210 aa  273  1e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1052  lysine exporter protein LysE/YggA  55.61 
 
 
203 aa  209  2e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0101  lysine exporter protein LysE/YggA  50.99 
 
 
205 aa  208  4e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.11084  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0387  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  54.9 
 
 
203 aa  208  4e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.45744 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0680  amino acid transporter LysE  52.43 
 
 
207 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.199989  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2775  lysine exporter protein LysE/YggA  54.41 
 
 
205 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2485  lysine exporter protein LysE/YggA  54.41 
 
 
204 aa  200  1e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.238287  normal  0.209 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4190  Rht family transporter amino acid efflux protein  56.25 
 
 
203 aa  198  5e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.107717  normal  0.194107 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0128  lysine exporter protein LysE/YggA  51.47 
 
 
203 aa  198  5e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1545  amino acid transporter LysE  48.78 
 
 
204 aa  196  2e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0086  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  54.81 
 
 
204 aa  193  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1199  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  48.02 
 
 
203 aa  194  1e-48  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0887  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  51.98 
 
 
205 aa  191  8e-48  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2814  lysine exporter protein LysE/YggA  53.66 
 
 
204 aa  189  3e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0715917  normal  0.713554 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0172  lysine exporter protein LysE/YggA  51.23 
 
 
203 aa  184  7e-46  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.253668  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3213  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  54.15 
 
 
204 aa  184  7e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1790  lysine exporter protein  44.55 
 
 
202 aa  177  1e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.217291  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2195  lysine exporter protein LysE/YggA  50.5 
 
 
220 aa  174  9e-43  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.431062 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1665  RhtB family transporter  52.94 
 
 
202 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0298  lysine exporter protein LysE/YggA  52.94 
 
 
202 aa  157  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0041  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  42.57 
 
 
203 aa  151  7e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0556  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.12 
 
 
208 aa  131  7e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0364  lysine exporter protein LysE/YggA  38.5 
 
 
203 aa  123  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0798  lysine exporter protein LysE/YggA  38.12 
 
 
206 aa  122  3e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2169  lysine exporter protein LysE/YggA  38.69 
 
 
227 aa  122  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2783  lysine exporter protein LysE/YggA  38.69 
 
 
204 aa  121  6e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.407704  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2794  lysine exporter protein LysE/YggA  38.69 
 
 
204 aa  120  1e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.31715 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0300  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39 
 
 
206 aa  120  1e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2701  lysine exporter protein LysE/YggA  37.69 
 
 
204 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.224581 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2843  lysine exporter protein LysE/YggA  37.69 
 
 
204 aa  119  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0605  LysE family translocator protein  38.19 
 
 
204 aa  119  4e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1992  lysine exporter protein LysE/YggA  36.63 
 
 
206 aa  119  4e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6113  lysine exporter protein LysE/YggA  37.69 
 
 
204 aa  119  4e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.588565  normal  0.238794 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0774  LysE type translocator  37.69 
 
 
204 aa  117  1e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0589  LysE family translocator protein  37.69 
 
 
204 aa  117  1e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.327685  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0334  lysine exporter protein LysE/YggA  36.82 
 
 
204 aa  116  2e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0532  lysine exporter protein LysE/YggA  37.19 
 
 
204 aa  117  2e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.101376  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0024  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.75 
 
 
208 aa  115  4e-25  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0273  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  39.5 
 
 
205 aa  115  5e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2583  hypothetical protein  31.68 
 
 
208 aa  115  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.258371  normal  0.140618 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2950  LysE family protein  37 
 
 
194 aa  114  7e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0068  LysE family protein  37 
 
 
194 aa  114  7e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3099  LysE family protein  37 
 
 
194 aa  114  7e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1522  LysE family protein  37 
 
 
194 aa  114  7e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0494  LysE family protein  37.19 
 
 
204 aa  114  8e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.515429  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0604  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  38.81 
 
 
204 aa  112  5e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0141585 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4114  amino acid efflux pump, RhtB family protein  37.81 
 
 
204 aa  110  2e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1147  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.98 
 
 
208 aa  109  3e-23  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3040  lysine exporter protein LysE/YggA  35.82 
 
 
208 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.408857  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5326  lysine exporter protein LysE/YggA  35.82 
 
 
208 aa  106  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.692371  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0322  lysine exporter protein LysE/YggA  35.64 
 
 
209 aa  106  3e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.279488  normal  0.801106 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4942  lysine exporter protein LysE/YggA  35.82 
 
 
208 aa  105  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.774081  normal  0.20679 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0914  amino acid efflux protein, putative  35.82 
 
 
209 aa  104  1e-21  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.996112 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1160  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.55 
 
 
207 aa  103  2e-21  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  3.97574e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3676  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.51 
 
 
218 aa  101  7e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3353  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.51 
 
 
218 aa  101  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1045  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  32.83 
 
 
211 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1191  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  33.5 
 
 
211 aa  100  2e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.217594  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3911  putative amino acid (threonine) efflux protein  38.12 
 
 
208 aa  99  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.856049  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2266  lysine exporter protein LysE/YggA  32.84 
 
 
211 aa  99.4  4e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000228935  hitchhiker  2.85135e-07 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0929  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  37.95 
 
 
209 aa  99  4e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0784  amino acid efflux/transport protein  34.43 
 
 
208 aa  99  5e-20  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1194  amino acid transporter LysE  40.26 
 
 
206 aa  97.8  9e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  decreased coverage  0.00235397  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1808  lysine exporter protein LysE/YggA  32.5 
 
 
207 aa  97.4  1e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.702237  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4224  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.31 
 
 
211 aa  97.1  2e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.59284  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0418  transport transmembrane protein  38.61 
 
 
206 aa  96.7  2e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.475588  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0023  lysine exporter protein LysE/YggA  31.98 
 
 
209 aa  96.7  2e-19  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1611  lysine exporter protein LysE/YggA  26.37 
 
 
207 aa  97.1  2e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.0311017  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0073  transporter transmembrane protein  32.5 
 
 
215 aa  96.3  3e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.163554  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0823  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.08 
 
 
208 aa  95.5  5e-19  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  5.49104e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0277  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  34.67 
 
 
208 aa  95.1  7e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6476  lysine exporter protein LysE/YggA  32.84 
 
 
211 aa  95.1  7e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.772782 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1442  lysine exporter protein LysE/YggA  32.02 
 
 
217 aa  94.7  8e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.754857 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4244  lysine exporter protein LysE/YggA  34.1 
 
 
212 aa  94.7  8e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2925  amino acid transporter LysE  30.54 
 
 
209 aa  94.4  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0920317  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4548  lysine exporter protein LysE/YggA  32.82 
 
 
212 aa  94.4  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.340064  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2805  lysine exporter protein LysE/YggA  38.31 
 
 
208 aa  93.6  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.164797  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3385  lysine exporter protein LysE/YggA  29.13 
 
 
214 aa  93.2  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00201071 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3434  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  31.22 
 
 
218 aa  93.2  2e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0162  LysE family translocator protein  30.3 
 
 
211 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0348  homoserine/homoserine lactone efflux protein  30.3 
 
 
211 aa  93.2  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0144  homoserine/threonine efflux protein, putative  30.3 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2355  LysE family translocator protein  30.3 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2277  LysE family translocator protein  30.3 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2803  LysE family translocator protein  30.3 
 
 
211 aa  92.4  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0153  LysE family translocator protein  30.3 
 
 
211 aa  92  5e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2383  lysine exporter protein LysE/YggA  28.71 
 
 
217 aa  91.7  6e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.77882  normal  0.612853 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3214  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  35.08 
 
 
198 aa  91.3  9e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3365  lysine exporter protein LysE/YggA  31.35 
 
 
211 aa  91.3  9e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.44522 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3064  lysine exporter protein LysE/YggA  30.43 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1795  lysine exporter protein LysE/YggA  32.67 
 
 
212 aa  90.9  1e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3865  lysine exporter protein LysE/YggA  30.85 
 
 
210 aa  91.3  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.149729 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2059  LysE family amino acid efflux protein  28.71 
 
 
217 aa  91.3  1e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.513091  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2291  lysine exporter protein LysE/YggA  34.8 
 
 
213 aa  90.9  1e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.888062 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0038  lysine exporter protein LysE/YggA  32.32 
 
 
211 aa  90.9  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4042  Lysine exporter protein (LYSE/YGGA)  28.04 
 
 
213 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69310  LysE family efflux protein  35.15 
 
 
209 aa  90.5  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5994  hypothetical protein  35.15 
 
 
209 aa  90.1  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>