More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2548 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2548  coproporphyrinogen III oxidase  100 
 
 
451 aa  929    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.963821  normal  0.259779 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1851  coproporphyrinogen III oxidase  67.18 
 
 
451 aa  616  1e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.532026  normal  0.685684 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0659  coproporphyrinogen III oxidase  63.72 
 
 
453 aa  575  1.0000000000000001e-163  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2354  coproporphyrinogen III oxidase  62.3 
 
 
450 aa  557  1e-157  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.148404 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0699  coproporphyrinogen III oxidase  62.3 
 
 
450 aa  555  1e-157  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0531  coproporphyrinogen III oxidase  60.59 
 
 
450 aa  553  1e-156  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.44156 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0977  coproporphyrinogen III oxidase  52.55 
 
 
452 aa  489  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606099  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1962  coproporphyrinogen III oxidase  52.99 
 
 
452 aa  483  1e-135  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.429779  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0317  coproporphyrinogen III oxidase  52.77 
 
 
452 aa  479  1e-134  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3859  coproporphyrinogen III oxidase  51.58 
 
 
442 aa  470  1.0000000000000001e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.652374  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2028  coproporphyrinogen III oxidase  45.07 
 
 
450 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0541  coproporphyrinogen III oxidase  45.25 
 
 
454 aa  393  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2555  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.82 
 
 
451 aa  370  1e-101  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.674135 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3244  coproporphyrinogen III oxidase  43.31 
 
 
480 aa  368  1e-101  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.0142288 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1747  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.49 
 
 
467 aa  367  1e-100  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.79617  normal  0.600328 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3814  coproporphyrinogen III oxidase  42.5 
 
 
449 aa  367  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.156886  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2110  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  47.04 
 
 
456 aa  356  5.999999999999999e-97  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.418405  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3865  coproporphyrinogen III oxidase  42.5 
 
 
449 aa  355  6.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.955864 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1862  coproporphyrinogen III oxidase  40.67 
 
 
449 aa  355  8.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1485  coproporphyrinogen III oxidase  40.36 
 
 
449 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0666165  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6824  coproporphyrinogen III oxidase  40.59 
 
 
450 aa  350  3e-95  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.979073  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2504  coproporphyrinogen III oxidase  39.23 
 
 
469 aa  345  8.999999999999999e-94  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3872  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.78 
 
 
470 aa  339  5e-92  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1560  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  43.88 
 
 
444 aa  338  9e-92  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0435  coproporphyrinogen III oxidase  40.49 
 
 
450 aa  332  7.000000000000001e-90  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1131  coproporphyrinogen III oxidase  38.64 
 
 
451 aa  330  3e-89  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0948  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  40.41 
 
 
490 aa  330  3e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.105916  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3273  coproporphyrinogen III oxidase  41.57 
 
 
448 aa  329  7e-89  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0887  coproporphyrinogen III oxidase  37.97 
 
 
453 aa  328  8e-89  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  decreased coverage  0.00571678  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6285  coproporphyrinogen III oxidase  38.44 
 
 
450 aa  328  2.0000000000000001e-88  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.180348  normal  0.950475 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0797  coproporphyrinogen III oxidase  37.26 
 
 
451 aa  327  3e-88  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4298  coproporphyrinogen III oxidase  37.86 
 
 
451 aa  325  1e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1010  coproporphyrinogen III oxidase  37.03 
 
 
451 aa  321  9.999999999999999e-87  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0750771  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1072  coproporphyrinogen III oxidase  37.03 
 
 
451 aa  321  1.9999999999999998e-86  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.202644  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1199  coproporphyrinogen III oxidase  38 
 
 
450 aa  318  9e-86  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00110576  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0159  coproporphyrinogen III oxidase  37.03 
 
 
453 aa  318  1e-85  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.219729  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1101  coproporphyrinogen III oxidase  38 
 
 
450 aa  317  4e-85  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00147181  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1571  coproporphyrinogen III oxidase  35.92 
 
 
453 aa  317  4e-85  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.000177625  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0384  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38 
 
 
457 aa  316  7e-85  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2633  coproporphyrinogen III oxidase  38.82 
 
 
444 aa  313  2.9999999999999996e-84  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0648  coproporphyrinogen III oxidase  38.35 
 
 
444 aa  311  1e-83  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.308464  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0655  coproporphyrinogen III oxidase  38.35 
 
 
444 aa  310  2e-83  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.372227  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1986  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  39.82 
 
 
454 aa  311  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1464  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.37 
 
 
462 aa  309  8e-83  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000299867  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2234  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.72 
 
 
456 aa  308  1.0000000000000001e-82  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.0025864  normal  0.861147 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0791  coproporphyrinogen III oxidase  41.27 
 
 
463 aa  307  2.0000000000000002e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.680878  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1695  coproporphyrinogen III oxidase  35.2 
 
 
452 aa  306  4.0000000000000004e-82  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0802  coproporphyrinogen III oxidase  40.13 
 
 
463 aa  306  5.0000000000000004e-82  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.519619  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2171  coproporphyrinogen III oxidase  39.78 
 
 
464 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.467483  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2042  coproporphyrinogen III oxidase  39.78 
 
 
464 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.241644  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2571  coproporphyrinogen III oxidase  39.78 
 
 
464 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0738  coproporphyrinogen III oxidase  39.78 
 
 
464 aa  306  6e-82  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.507081  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0435  coproporphyrinogen III oxidase  39.46 
 
 
463 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0914  coproporphyrinogen III oxidase  39.46 
 
 
463 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.652481  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1092  coproporphyrinogen III oxidase  37.64 
 
 
460 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1008  coproporphyrinogen III oxidase  37.64 
 
 
460 aa  305  1.0000000000000001e-81  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4018  coproporphyrinogen III oxidase  39.01 
 
 
463 aa  304  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.809241  normal  0.669249 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3483  coproporphyrinogen III oxidase  37.44 
 
 
494 aa  303  4.0000000000000003e-81  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.331416  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3061  coproporphyrinogen III oxidase  39.1 
 
 
464 aa  302  9e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0884  coproporphyrinogen III oxidase  39.46 
 
 
463 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.599698 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0086  coproporphyrinogen III oxidase  38.75 
 
 
446 aa  301  2e-80  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.652683  normal  0.197179 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3122  coproporphyrinogen III oxidase  39.1 
 
 
464 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3096  coproporphyrinogen III oxidase  39.1 
 
 
464 aa  301  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3156  coproporphyrinogen III oxidase  37 
 
 
494 aa  301  2e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.574693 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0606  coproporphyrinogen III oxidase  35 
 
 
455 aa  300  3e-80  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.219505  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1362  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  38.07 
 
 
458 aa  300  4e-80  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.82538  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1952  coproporphyrinogen III oxidase  36.57 
 
 
473 aa  299  5e-80  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.0253288  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4779  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  34.98 
 
 
465 aa  300  5e-80  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.0897448 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0614  coproporphyrinogen III oxidase  36.81 
 
 
472 aa  299  6e-80  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.546946  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1289  coproporphyrinogen III oxidase  35.78 
 
 
473 aa  299  9e-80  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0687  coproporphyrinogen III oxidase  35.59 
 
 
452 aa  298  1e-79  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1509  coproporphyrinogen III oxidase  38.88 
 
 
464 aa  298  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0230115  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2477  coproporphyrinogen III oxidase  39.37 
 
 
482 aa  298  1e-79  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.99297  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2603  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  35.06 
 
 
469 aa  297  2e-79  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3774  coproporphyrinogen III oxidase  37.7 
 
 
468 aa  297  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.46395  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0740  coproporphyrinogen III oxidase  36.11 
 
 
472 aa  297  3e-79  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1372  oxygen-independent coproporphyrinogen III oxidase  37.64 
 
 
478 aa  297  3e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.292242  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1217  coproporphyrinogen III oxidase  37.67 
 
 
458 aa  296  4e-79  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0047  coproporphyrinogen III oxidase  37.12 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.577126  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3323  coproporphyrinogen III oxidase  36.4 
 
 
489 aa  296  4e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3913  coproporphyrinogen III oxidase  37.35 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3911  coproporphyrinogen III oxidase  37.59 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal  0.0495726 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4493  coproporphyrinogen III oxidase  37.12 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.320649 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4351  coproporphyrinogen III oxidase  37.12 
 
 
446 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1938  coproporphyrinogen III oxidase  36.92 
 
 
465 aa  296  5e-79  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.1825  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4296  coproporphyrinogen III oxidase  37.12 
 
 
446 aa  296  6e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000258009 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0026  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  36.61 
 
 
468 aa  295  8e-79  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1148  coproporphyrinogen III oxidase  37.67 
 
 
458 aa  295  9e-79  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2643  coproporphyrinogen III oxidase, anaerobic  38.92 
 
 
441 aa  295  9e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1579  coproporphyrinogen III oxidase  35.88 
 
 
474 aa  295  1e-78  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00577188 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1089  coproporphyrinogen III oxidase  37.67 
 
 
458 aa  295  1e-78  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_4003  coproporphyrinogen III oxidase  37.35 
 
 
446 aa  295  1e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.258904 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4116  coproporphyrinogen III oxidase  37.35 
 
 
446 aa  295  1e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0658  coproporphyrinogen III oxidase  35.19 
 
 
473 aa  294  2e-78  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0598  coproporphyrinogen III oxidase  35.19 
 
 
475 aa  294  3e-78  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4393  coproporphyrinogen III oxidase  35.02 
 
 
472 aa  293  4e-78  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000149984 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0096  coproporphyrinogen III oxidase  36.05 
 
 
446 aa  293  4e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4099  coproporphyrinogen III oxidase  38.01 
 
 
457 aa  293  5e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.740793  normal  0.772417 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0090  coproporphyrinogen III oxidase  36.05 
 
 
446 aa  293  6e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00142789 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3474  coproporphyrinogen III oxidase  35.71 
 
 
500 aa  292  8e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>