More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2460 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  617  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2989  LysR family transcriptional regulator  84.05 
 
 		 301 aa  535  1e-151  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.061408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  81.4 
 
 		 301 aa  522  1e-147  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  80.81 
 
 		 302 aa  501  1e-141  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0927  LysR family transcriptional regulator  78.79 
 
 		 313 aa  491  9.999999999999999e-139  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.503807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2586  LysR family transcriptional regulator  78.45 
 
 		 301 aa  488  1e-137  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0277024  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  40.54 
 
 		 305 aa  244  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  42.03 
 
 		 335 aa  243  3e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  39.73 
 
 		 297 aa  237  2e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  42.52 
 
 		 299 aa  235  6e-61  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 299 aa  234  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 307 aa  229  4e-59  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  42.21 
 
 		 301 aa  228  8e-59  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  40.86 
 
 		 299 aa  228  1e-58  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 303 aa  226  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 301 aa  226  3e-58  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  39.93 
 
 		 294 aa  224  1e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  39.46 
 
 		 299 aa  224  1e-57  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 302 aa  224  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 303 aa  224  2e-57  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  42.41 
 
 		 306 aa  223  2e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4604  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4350  LysR family transcriptional regulator  40.47 
 
 		 311 aa  223  3e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  39.38 
 
 		 303 aa  223  3e-57  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3528  transcriptional regulator, LysR family  40.48 
 
 		 299 aa  223  3e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.365912  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  40.69 
 
 		 303 aa  223  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 302 aa  221  8e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47830  transcription regulator pirR  40.34 
 
 		 293 aa  221  8e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.850432  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1116  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 316 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0980  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.926396 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  38.93 
 
 		 304 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 298 aa  220  1.9999999999999999e-56  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0266  LysR family transcriptional regulator  38.57 
 
 		 289 aa  219  3e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 313 aa  219  3e-56  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0372  LysR family transcriptional regulator  38.25 
 
 		 292 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 293 aa  219  3.9999999999999997e-56  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  39.12 
 
 		 301 aa  218  7e-56  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  38.18 
 
 		 299 aa  218  7e-56  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3621  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 298 aa  218  8.999999999999998e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  41.28 
 
 		 305 aa  218  1e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4232  carbonate dehydratase  38.73 
 
 		 289 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000232431 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  39.66 
 
 		 304 aa  217  1e-55  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 298 aa  217  1e-55  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3440  transcriptional regulator, LysR family protein  37.54 
 
 		 289 aa  217  2e-55  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.152771  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2223  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 310 aa  217  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.499839  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  216  2.9999999999999998e-55  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  37.84 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 313 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3576  carbonate dehydratase  39.01 
 
 		 309 aa  215  7e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 302 aa  215  8e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 304 aa  215  8e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 304 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1859  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.348315  normal  0.130903 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 295 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2297  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000212474  hitchhiker  0.000857441 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2250  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 302 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  38.75 
 
 		 307 aa  213  2.9999999999999995e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  38.98 
 
 		 300 aa  213  2.9999999999999995e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 304 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  37.02 
 
 		 296 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 307 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_004349  SO_A0165  LysR family transcriptional regulator  37.19 
 
 		 289 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  normal  0.705858  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  38.91 
 
 		 301 aa  212  4.9999999999999996e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4278  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 312 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.105517 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  39.29 
 
 		 288 aa  212  4.9999999999999996e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3371  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  212  7e-54  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.871101  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 324 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  39.79 
 
 		 301 aa  211  9e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0293  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  211  9e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4537  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 307 aa  211  1e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.151164 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 305 aa  211  1e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5232  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.275923  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4916  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4701  LysR family transcriptional regulator  37.97 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.186388  normal  0.461264 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000458  transcriptional regulator  35.23 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5354  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 303 aa  211  1e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3012  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0225148  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5917  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 322 aa  210  3e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5552  LysR family transcriptional regulator  39.25 
 
 		 305 aa  209  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.72 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 299 aa  209  5e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6421  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 305 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1940  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 288 aa  209  6e-53  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3662  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 306 aa  209  6e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.6979  normal  0.769038 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0816  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 289 aa  208  8e-53  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.65888  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1394  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0912  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  208  9e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.990881  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1372  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 310 aa  208  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0864691 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 296 aa  207  1e-52  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4247  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 297 aa  208  1e-52  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2108  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0847237  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  39.2 
 
 		 312 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2292  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>