More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2452 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2452  PfkB  100 
 
 		 330 aa  667    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.826037  normal  0.155331 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1671  PfkB  64.95 
 
 		 331 aa  451  1e-125  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.276087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3022  PfkB domain protein  65.64 
 
 		 333 aa  414  1e-114  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.523599  normal  0.417909 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2872  ribokinase-like domain-containing protein  57.44 
 
 		 335 aa  370  1e-101  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.417432 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0149  PfkB  46.01 
 
 		 407 aa  281  1e-74  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.029935  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0169  carbohydrate kinase  44.07 
 
 		 330 aa  279  4e-74  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0162  carbohydrate kinase  44.07 
 
 		 330 aa  279  4e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.98466  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0178  ribokinase-like domain-containing protein  43.94 
 
 		 331 aa  276  3e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.613115  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3378  ribokinase-like domain-containing protein  45.29 
 
 		 330 aa  276  4e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.463525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4021  PfkB  45.02 
 
 		 330 aa  273  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.737193  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0121  ribokinase-like domain-containing protein  44.51 
 
 		 328 aa  268  8e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.02163  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2691  ribokinase-like domain-containing protein  45.59 
 
 		 330 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.272607  normal  0.270933 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1030  pfkB family carbohydrate kinase  45.59 
 
 		 330 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.577037  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4407  PfkB domain protein  43.37 
 
 		 330 aa  266  5e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1307  PfkB domain protein  42.19 
 
 		 338 aa  263  2e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.887451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4087  PfkB domain protein  43.07 
 
 		 330 aa  263  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1165  PfkB domain protein  44.04 
 
 		 335 aa  263  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188666 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0316  pfkB family carbohydrate kinase  42.17 
 
 		 330 aa  263  4e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.930013  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5046  ribokinase-like domain-containing protein  45.18 
 
 		 329 aa  261  8e-69  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151131 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1838  carbohydrate kinase  42.01 
 
 		 335 aa  261  1e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2872  PfkB  44.75 
 
 		 332 aa  259  3e-68  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.626247 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05631  carbohydrate kinase  42.01 
 
 		 335 aa  260  3e-68  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.577343 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0690  carbohydrate kinase PfkB family  42.14 
 
 		 338 aa  258  9e-68  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_07411  carbohydrate kinase  42.01 
 
 		 342 aa  258  9e-68  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0457  PfkB  41.77 
 
 		 333 aa  258  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1639  ribokinase-like domain-containing protein  44.58 
 
 		 331 aa  257  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.487738  normal  0.0146751 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0198  ribokinase-like domain-containing protein  44.38 
 
 		 330 aa  255  6e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1260  PfkB domain protein  44.58 
 
 		 331 aa  256  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0251  PfkB  41.9 
 
 		 333 aa  254  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.214496  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0036  pfkB family carbohydrate kinase  42.51 
 
 		 333 aa  254  2.0000000000000002e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.564268  normal  0.540344 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05061  carbohydrate kinase  38.46 
 
 		 348 aa  253  4.0000000000000004e-66  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0313242  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1228  ribokinase-like domain-containing protein  43.56 
 
 		 337 aa  252  5.000000000000001e-66  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0010  PfkB  42.51 
 
 		 333 aa  250  3e-65  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00317456  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3532  ribokinase-like domain-containing protein  43.7 
 
 		 337 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.321565  normal  0.851243 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0461  PfkB domain protein  41.59 
 
 		 333 aa  246  3e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2989  ribokinase-like domain-containing protein  41.82 
 
 		 338 aa  243  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0151  PfkB  41.67 
 
 		 331 aa  243  5e-63  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5186  PfkB domain protein  41.06 
 
 		 337 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.430634  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0218  PfkB  42.38 
 
 		 333 aa  241  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0506  carbohydrate kinase-like  37 
 
 		 334 aa  241  1e-62  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0215  ribokinase-like domain-containing protein  42.3 
 
 		 333 aa  239  4e-62  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.26013  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1668  carbohydrate kinase PfkB family  40.31 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5108  PfkB domain protein  40.47 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.905931 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4645  ribokinase-like domain-containing protein  40.47 
 
 		 337 aa  238  8e-62  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.161745 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_05321  carbohydrate kinase  36.09 
 
 		 333 aa  236  5.0000000000000005e-61  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.0559209  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2565  ribokinase-like domain-containing protein  40.8 
 
 		 333 aa  235  8e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.650274  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05621  carbohydrate kinase  36.42 
 
 		 333 aa  233  2.0000000000000002e-60  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05691  carbohydrate kinase  35.78 
 
 		 338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.0990225  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0581  PfkB  40.67 
 
 		 333 aa  232  6e-60  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.189374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2022  ribokinase-like domain-containing protein  43.99 
 
 		 330 aa  229  4e-59  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2568  ribokinase-like domain-containing protein  41.53 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0562  PfkB domain protein  33.76 
 
 		 328 aa  174  1.9999999999999998e-42  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1084  PfkB domain protein  30.91 
 
 		 327 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1113  PfkB domain protein  30.91 
 
 		 327 aa  167  2.9999999999999998e-40  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.941643 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1494  PfkB domain protein  32.06 
 
 		 331 aa  167  2.9999999999999998e-40  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0243607  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3284  ribokinase-like domain-containing protein  31.79 
 
 		 330 aa  164  3e-39  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000189129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0819  cell division protein FtsA  30.28 
 
 		 328 aa  157  2e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000392808  normal  0.759534 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3284  PfkB  29.11 
 
 		 336 aa  154  2e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.469583  normal  0.0441315 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0494  PfkB domain protein  33.23 
 
 		 360 aa  150  4e-35  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.441156  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2764  PfkB  30.58 
 
 		 370 aa  147  2.0000000000000003e-34  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.040802  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2200  PfkB  29.17 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.00000468276  decreased coverage  0.00888496 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2854  ribokinase-like domain-containing protein  32.2 
 
 		 328 aa  135  9e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000011716  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1910  carbohydrate kinase  29.72 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.0000000000000704659  hitchhiker  0.00127543 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1845  ribokinase-like domain-containing protein  27.78 
 
 		 341 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000273033  unclonable  0.000000000472438 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0055  ribokinase-like domain-containing protein  29.25 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.747338  normal  0.368725 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0735  PfkB domain-containing protein  28.72 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.263465  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1755  PfkB domain protein  31.37 
 
 		 304 aa  84  0.000000000000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2019  aminoimidazole riboside kinase  30.26 
 
 		 298 aa  83.2  0.000000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0270358  normal  0.162694 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0491  PfkB  29.78 
 
 		 303 aa  82.4  0.000000000000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0351  aminoimidazole riboside kinase  29.44 
 
 		 307 aa  81.6  0.00000000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.735787  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7068  PfkB  30.19 
 
 		 297 aa  81.3  0.00000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2014  PfkB domain protein  28.72 
 
 		 324 aa  80.1  0.00000000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2413  PfkB domain protein  27.84 
 
 		 642 aa  80.1  0.00000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0987  ribokinase  29.18 
 
 		 293 aa  79.7  0.00000000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.135221  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3755  PfkB domain protein  25.4 
 
 		 307 aa  78.6  0.0000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0212856  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1728  PfkB  25.77 
 
 		 645 aa  78.6  0.0000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.371371  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5895  sugar kinase, putative  30.92 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.760771  normal  0.0122717 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0077  PfkB  27.9 
 
 		 299 aa  77.4  0.0000000000003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.273667  normal  0.451983 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1736  PfkB domain protein  27.87 
 
 		 304 aa  76.3  0.0000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0395  aminoimidazole riboside kinase  27.24 
 
 		 311 aa  76.3  0.0000000000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0581877  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0902  PfkB domain protein  29.43 
 
 		 309 aa  76.3  0.0000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01230  fructokinase  24.73 
 
 		 311 aa  75.9  0.0000000000009  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.826599  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0500  inosine-guanosine kinase  24.41 
 
 		 434 aa  75.1  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0187048  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2001  PfkB domain protein  26.75 
 
 		 321 aa  75.1  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4848  ribokinase-like domain-containing protein  28.62 
 
 		 313 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.247088  normal  0.684962 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0971  aminoimidazole riboside kinase  26.37 
 
 		 308 aa  74.7  0.000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.00309121  normal  0.0346902 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01741  predicted kinase  28.47 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5056  PfkB domain protein  28.72 
 
 		 320 aa  73.9  0.000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0185  ribokinase  27.34 
 
 		 291 aa  73.9  0.000000000003  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  decreased coverage  0.00000069064  normal  0.0609987 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1268  PfkB domain protein  28.73 
 
 		 333 aa  74.3  0.000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.63046  normal  0.760626 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01729  hypothetical protein  28.47 
 
 		 315 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2129  putative sugar kinase  27.34 
 
 		 298 aa  73.6  0.000000000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.101939  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1117  ribokinase-like domain-containing protein  29.5 
 
 		 305 aa  73.6  0.000000000004  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  0.145837 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0041  ribokinase-like domain-containing protein  28.9 
 
 		 304 aa  73.6  0.000000000004  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1860  ribokinase-like domain-containing protein  28.47 
 
 		 315 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.335723  decreased coverage  0.00000390561 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1649  ribokinase-like domain-containing protein  28.73 
 
 		 308 aa  73.2  0.000000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.0416676  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0389  PfkB  26.04 
 
 		 323 aa  73.2  0.000000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.211683  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  28.92 
 
 		 315 aa  72.8  0.000000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1870  PfkB domain protein  28.12 
 
 		 315 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0114143  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3998  ribokinase-like domain-containing protein  27.08 
 
 		 308 aa  72.4  0.00000000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.0662614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>