More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2448 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2448  OmpA/MotB  100 
 
 		 221 aa  431  1e-120  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.777464  normal  0.153951 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1033  OmpA family protein  47.19 
 
 		 228 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.383964  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2694  OmpA/MotB domain-containing protein  47.19 
 
 		 228 aa  192  5e-48  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.110946 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0195  OmpA/MotB domain-containing protein  46.32 
 
 		 228 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2875  OmpA/MotB domain-containing protein  47.78 
 
 		 215 aa  162  4.0000000000000004e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.616396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4257  OmpA/MotB  39.45 
 
 		 215 aa  148  6e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3025  OmpA/MotB domain protein  51.08 
 
 		 208 aa  146  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.970815  normal  0.30495 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1135  OmpA/MotB domain-containing protein  40.74 
 
 		 225 aa  138  7e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00317388  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1667  OmpA/MotB  51.45 
 
 		 219 aa  138  7.999999999999999e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.500476  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1262  OmpA/MotB  47.83 
 
 		 217 aa  134  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.140432  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1563  OmpA/MotB domain protein  38.01 
 
 		 231 aa  129  3e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.398665  normal  0.301983 
 
 
-
 
NC_004310  BR1204  OmpA family protein  46.38 
 
 		 220 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1167  OmpA family protein  46.38 
 
 		 243 aa  129  5.0000000000000004e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.146962  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04793  OmpA family protein  40.43 
 
 		 241 aa  127  1.0000000000000001e-28  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.188001  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3650  OmpA/MotB domain-containing protein  46.72 
 
 		 222 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3859  putative outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3968  putative outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.508971  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3840  putative outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3309  OmpA/MotB  44.2 
 
 		 226 aa  126  3e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3924  putative outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.835288 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4028  putative outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 220 aa  126  3e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0388504  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0509  surface antigen protein  37.22 
 
 		 218 aa  125  4.0000000000000003e-28  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0324571  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0160  OmpA/MotB domain protein  40.48 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0164  putative outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0679  OmpA/MotB domain-containing protein  37.85 
 
 		 230 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0519812  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3873  putative outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0700  OmpA/MotB domain protein  37.85 
 
 		 230 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3753  putative outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4047  putative outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4928  putative outer membrane lipoprotein  40.48 
 
 		 219 aa  125  6e-28  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.843277 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0709  OmpA/MotB domain-containing protein  37.85 
 
 		 230 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000940918  normal  0.29399 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3675  OmpA/MotB domain-containing protein  37.85 
 
 		 230 aa  125  6e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000026276  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03402  predicted outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 219 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03353  hypothetical protein  40 
 
 		 219 aa  125  7e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_3173  OmpA/MotB  46.81 
 
 		 230 aa  125  7e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3475  OmpA/MotB domain-containing protein  45.65 
 
 		 221 aa  124  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.542998  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04077  Outer membrane protein and related peptidoglycan-associated (lipo)protein  40.67 
 
 		 205 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1985  OmpA/MotB domain-containing protein  44.2 
 
 		 221 aa  124  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0328  OmpA/MotB domain-containing protein  42.76 
 
 		 224 aa  122  3e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1267  OmpA/MotB  38.64 
 
 		 223 aa  122  5e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000000164342  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3974  putative outer membrane lipoprotein  40 
 
 		 219 aa  122  5e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0815  putative lipoprotein  40.19 
 
 		 223 aa  120  9.999999999999999e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0172  putative outer membrane lipoprotein  39.05 
 
 		 220 aa  120  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0716  OmpA/MotB domain-containing protein  42.75 
 
 		 226 aa  119  3e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.12728 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0181  OmpA/MotB domain-containing protein  39.09 
 
 		 224 aa  119  3e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.235186 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0773  OmpA/MotB domain protein  42.34 
 
 		 236 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.892444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0798  OmpA/MotB domain-containing protein  42.34 
 
 		 247 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.870311  normal  0.182881 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4248  OmpA/MotB domain-containing protein  42.75 
 
 		 224 aa  119  3.9999999999999996e-26  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.000000908263  unclonable  0.0000000127118 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0812  OmpA/MotB domain-containing protein  42.34 
 
 		 240 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4333  porin  42.03 
 
 		 221 aa  119  3.9999999999999996e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0272  OmpA/MotB domain-containing protein  42.75 
 
 		 224 aa  118  6e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2617  OmpA family protein  37.61 
 
 		 225 aa  118  7.999999999999999e-26  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.19379  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0606  OmpA/MotB domain-containing protein  45.39 
 
 		 227 aa  118  7.999999999999999e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0759282 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0163  OmpA/MotB domain protein  41.1 
 
 		 223 aa  118  9e-26  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2821  OmpA/MotB domain-containing protein  42.75 
 
 		 236 aa  117  9.999999999999999e-26  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.700022  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2054  lipoprotein PG3  38.55 
 
 		 223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0950809 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1164  ompA family protein  41.61 
 
 		 229 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.867796  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1005  OmpA/MotB  40.88 
 
 		 229 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4687  hypothetical protein  41.61 
 
 		 237 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.427745  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53500  hypothetical protein  41.61 
 
 		 237 aa  116  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00118983 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0062  putative outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 		 220 aa  116  3e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4416  OmpA/MotB domain-containing protein  41.61 
 
 		 240 aa  115  3.9999999999999997e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.632487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2322  OmpA/MotB domain-containing protein  43.48 
 
 		 222 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0351877 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3649  OmpA/MotB domain-containing protein  43.26 
 
 		 218 aa  115  5e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3096  OmpA family protein  42.75 
 
 		 222 aa  115  6e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.625816  normal  0.135451 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2067  OmpA/MotB domain protein  43.36 
 
 		 216 aa  115  6e-25  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.697357  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5036  ompA family protein  37.26 
 
 		 222 aa  114  7.999999999999999e-25  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0728  OmpA/MotB domain protein  42.86 
 
 		 209 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41140  OmpA family protein  43.8 
 
 		 222 aa  114  1.0000000000000001e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3624  OmpA/MotB domain-containing protein  38.14 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0928297  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0908  OmpA/MotB domain-containing protein  40 
 
 		 224 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.685511 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0181  OmpA/MotB domain protein  39.13 
 
 		 263 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.833655  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3969  OmpA family protein  40.58 
 
 		 228 aa  113  3e-24  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2146  OmpA/MotB domain-containing protein  43.75 
 
 		 218 aa  112  5e-24  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.47635  normal  0.386424 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3101  OmpA/MotB  43.17 
 
 		 230 aa  111  8.000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.282577  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4135  putative outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 		 219 aa  110  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3787  putative outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0019  putative outer membrane lipoprotein  41.3 
 
 		 219 aa  111  1.0000000000000001e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.45375  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0762  OmpA/MotB domain protein  34.82 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.420349  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0708  OmpA/MotB domain-containing protein  39.13 
 
 		 228 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.808623  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0666  OmpA/MotB domain-containing protein  39.86 
 
 		 230 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.00000000515803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0120  OmpA/MotB domain protein  39.13 
 
 		 218 aa  108  5e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2769  OmpA/MotB domain protein  43.07 
 
 		 215 aa  108  6e-23  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0665  OmpA/MotB domain-containing protein  39.13 
 
 		 230 aa  108  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000180741  normal  0.0736379 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3356  OmpA/MotB domain-containing protein  39.13 
 
 		 230 aa  107  1e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000065492  normal  0.0242167 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10923  OmpA family protein  32.86 
 
 		 233 aa  105  4e-22  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.497163  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4703  OmpA/MotB  39.42 
 
 		 237 aa  105  5e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2341  hypothetical protein  36 
 
 		 225 aa  105  6e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.616476  normal  0.556458 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003729  outer membrane protein  41.01 
 
 		 222 aa  103  1e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.113552  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0675  OmpA  46.9 
 
 		 212 aa  103  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2166  outer membrane protein  38.36 
 
 		 224 aa  103  2e-21  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000706819  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0280  OmpA/MotB domain-containing protein  42.03 
 
 		 215 aa  103  2e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0488759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1275  OmpA/MotB domain protein  38.42 
 
 		 227 aa  103  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0265448  normal  0.247655 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2282  OmpA/MotB domain protein  37.56 
 
 		 221 aa  102  4e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00992877 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1865  OmpA family protein  40.15 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1793  OmpA/MotB domain-containing protein  40.15 
 
 		 241 aa  102  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.224575  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1805  outer membrane protein OmpA  50 
 
 		 321 aa  102  6e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2380  hypothetical protein  46.02 
 
 		 209 aa  101  9e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.074872  hitchhiker  0.00369317 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2813  OmpA/MotB domain protein  40.1 
 
 		 221 aa  100  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0749  OmpA/MotB  39.86 
 
 		 225 aa  100  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>