117 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2422 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2422  CopY family transcriptional regulator  100 
 
 		 149 aa  305  1.0000000000000001e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0381488  normal  0.701742 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3133  putative transcriptional regulator  51.16 
 
 		 135 aa  131  3e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0957082  normal  1 
 
 
-
 
NC_006365  plpp0075  hypothetical protein  45.36 
 
 		 140 aa  98.2  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  normal  0.0391705  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1403  hypothetical protein  43.3 
 
 		 146 aa  94.7  3e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1590  hypothetical protein  42.27 
 
 		 146 aa  94  7e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2641  transcriptional regulator, TrmB  39.82 
 
 		 127 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0464026  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3211  CopY family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 120 aa  72.4  0.000000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3380  transcriptional repressor, CopY family  32.77 
 
 		 124 aa  71.6  0.000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3753  transcriptional repressor, CopY family  27.78 
 
 		 122 aa  71.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.188052  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6189  transcriptional repressor, CopY family  33.62 
 
 		 123 aa  70.5  0.000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3296  CopY family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0782  transcriptional repressor, CopY family  30.09 
 
 		 124 aa  68.9  0.00000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.130795  normal  0.268772 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0214  Penicillinase repressor  28.07 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.156446 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4382  putative transcriptional regulator  30.09 
 
 		 126 aa  65.5  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0578  penicillinase repressor  32.11 
 
 		 126 aa  66.2  0.0000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1017  Penicillinase repressor  36.04 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.131861  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3667  transcriptional repressor, CopY family  28 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6204  transcriptional repressor, CopY family  28.95 
 
 		 130 aa  62.4  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.783598  normal  0.478416 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07470  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 117 aa  61.6  0.000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.717379  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1835  transcriptional repressor, CopY family  32.11 
 
 		 118 aa  62  0.000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07976  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  27.19 
 
 		 121 aa  61.2  0.000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1882  CopY family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 140 aa  61.2  0.000000005  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.128581  normal  0.417671 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07786  putative antibiotic resistance-related regulatory protein  27.73 
 
 		 155 aa  59.7  0.00000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0210  CopY family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 129 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.505174 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1811  CopY family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 124 aa  60.1  0.00000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5968  transcriptional repressor, CopY family  28.21 
 
 		 119 aa  58.2  0.00000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.930871 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5136  transcriptional repressor, CopY family  29.31 
 
 		 118 aa  58.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.110862  normal  0.0983115 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2772  CopY family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 122 aa  57.8  0.00000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00766879  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0359  CopY family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 122 aa  57  0.0000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.666305 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2770  CopY family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 122 aa  56.6  0.0000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.23877  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3721  transcriptional repressor, CopY family  27.43 
 
 		 124 aa  56.2  0.0000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.229138 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2033  transcriptional repressor, CopY family  28.33 
 
 		 124 aa  56.6  0.0000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5186  transcriptional repressor, CopY family  25.44 
 
 		 121 aa  55.5  0.0000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1935  transcriptional repressor, CopY family  29.46 
 
 		 122 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3788  transcriptional repressor, CopY family  22.03 
 
 		 124 aa  55.8  0.0000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00024943  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1362  CopY family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 124 aa  55.5  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2564  CopY family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 140 aa  54.7  0.0000005  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2519  methicillin-resistance regulatory protein MecI  21.55 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.0200801  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0498  CopY family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 139 aa  52.8  0.000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.584865 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0031  CopY family transcriptional regulator  21.55 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0031  penicillinase repressor  21.55 
 
 		 123 aa  53.5  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3208  CopY family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 125 aa  53.5  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.448139  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5737  CopY family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 130 aa  53.5  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00935  transcriptional regulator, BlaI family protein  23.85 
 
 		 130 aa  53.1  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1287  transcriptional repressor, CopY family  28.32 
 
 		 119 aa  53.5  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.58486  normal  0.221741 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3767  CopY family transcriptional repressor  35.23 
 
 		 139 aa  53.1  0.000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.164667  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1141  Penicillinase repressor  22.81 
 
 		 127 aa  52.8  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3341  CopY family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 131 aa  52  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0532  CopY family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 139 aa  51.2  0.000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.465688 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4716  transcriptional repressor, CopY family  29.92 
 
 		 153 aa  51.2  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0722064  normal  0.922597 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1285  CopY family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 139 aa  50.8  0.000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.237344 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2027  transcriptional repressor, CopY family  27.12 
 
 		 125 aa  50.8  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.129536  normal  0.867039 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6520  transcriptional repressor, CopY family  25.69 
 
 		 126 aa  50.1  0.000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.818398  normal  0.183506 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4517  CopY family transcriptional regulator  35 
 
 		 141 aa  49.7  0.00001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3429  transcriptional repressor, CopY family  25.41 
 
 		 123 aa  50.1  0.00001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.819538  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2616  transcriptional repressor, CopY family  23.01 
 
 		 124 aa  50.1  0.00001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4311  transcriptional repressor, CopY family  33.33 
 
 		 141 aa  50.1  0.00001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.972476  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG2186  transcriptional regulator, putative  26.73 
 
 		 111 aa  49.3  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4494  CopY family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 140 aa  48.9  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.000000131779  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3630  transcriptional repressor, CopY family  37.5 
 
 		 122 aa  48.1  0.00004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.336227  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1873  transcriptional regulator  22.03 
 
 		 155 aa  48.1  0.00004  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171303  hitchhiker  0.00000000171103 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4282  transcriptional repressor, CopY family  32.89 
 
 		 142 aa  48.1  0.00004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2754  transcriptional repressor, CopY family  23.89 
 
 		 133 aa  48.1  0.00004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.26689 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2853  CopY family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 148 aa  47.8  0.00005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3706  CopY family transcriptional regulator  28.97 
 
 		 166 aa  47.4  0.00007  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.450993  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0287  transcriptional repressor, CopY family  25.44 
 
 		 121 aa  47.4  0.00007  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.175686  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4145  transcriptional repressor, CopY family  37.33 
 
 		 122 aa  47  0.00008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  hitchhiker  0.00725866  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0628  copper transport repressor, CopY/TcrY family  20.37 
 
 		 161 aa  46.6  0.0001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.922307 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1547  negative transcriptional regulator - copper transport operon  24.78 
 
 		 143 aa  46.6  0.0001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1605  transcriptional repressor, CopY family  26.53 
 
 		 139 aa  46.6  0.0001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.809154  normal  0.110502 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5668  CopY family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0376  CopY family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 117 aa  45.8  0.0002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2816  CopY family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 128 aa  45.4  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5343  CopY family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 127 aa  46.2  0.0002  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.813895  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4745  transcriptional repressor, CopY family  36.11 
 
 		 118 aa  45.4  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.603775  normal  0.696635 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2928  CopY family transcriptional regulator  24.78 
 
 		 122 aa  45.8  0.0002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.315918  normal  0.877498 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3737  CopY family transcriptional regulator  22.81 
 
 		 123 aa  45.4  0.0002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.185846  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5182  transcriptional repressor, CopY family  26.09 
 
 		 132 aa  45.8  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.717917  hitchhiker  0.0058899 
 
 
-
 
NC_009339  Mflv_5379  CopY family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 153 aa  45.4  0.0003  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0024  transcriptional repressor, CopY family  31.82 
 
 		 122 aa  44.3  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0474358  normal  0.79806 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2877  transcriptional repressor, CopY family  23.33 
 
 		 125 aa  44.7  0.0005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006663  SEA0005  penicillinase repressor  21.62 
 
 		 117 aa  44.3  0.0006  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.014635  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0684  transcriptional repressor, CopY family  34.21 
 
 		 133 aa  43.9  0.0007  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009477  SaurJH9_2747  CopY family transcriptional regulator  21.62 
 
 		 126 aa  43.9  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.513766  n/a   
 
 
-
 
NC_009619  SaurJH1_2824  penicillinase repressor  21.62 
 
 		 126 aa  43.9  0.0007  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.167752  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3882  CopY family transcriptional regulator  22.12 
 
 		 122 aa  43.9  0.0007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0821415  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0182  CopY family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3889  CopY family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 133 aa  43.1  0.001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.976085 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1644  CopY family transcriptional regulator  22.41 
 
 		 138 aa  43.1  0.001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.204301  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3494  transcriptional repressor, CopY family  25.2 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2622  transcriptional repressor, CopY family  25.2 
 
 		 139 aa  43.1  0.001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0170436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_01860  predicted transcriptional regulator  32.1 
 
 		 131 aa  43.1  0.001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2606  Penicillinase repressor  33.75 
 
 		 126 aa  42.7  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4231  Penicillinase repressor  33.75 
 
 		 126 aa  42.7  0.001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5556  CopY family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 124 aa  42.7  0.002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.223258  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1459  penicillinase repressor  20.72 
 
 		 126 aa  42  0.003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.00000472068  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3680  transcriptional repressor, CopY family  30.65 
 
 		 139 aa  42  0.003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2588  transcriptional repressor, CopY family  21.74 
 
 		 169 aa  41.6  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3225  transcriptional repressor, CopY family  23.48 
 
 		 121 aa  42  0.003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.182385  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3352  transcriptional repressor, CopY family  20.18 
 
 		 128 aa  42  0.003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>