More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2373 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2373  Holliday junction resolvase  100 
 
 		 188 aa  383  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.511513 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2208  Holliday junction resolvase  69.74 
 
 		 168 aa  227  6e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.147946  normal  0.881162 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0556  Holliday junction resolvase  69.08 
 
 		 168 aa  224  5.0000000000000005e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.657324  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0964  Holliday junction resolvase  69.09 
 
 		 191 aa  214  5e-55  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1230  Holliday junction resolvase  70.39 
 
 		 168 aa  206  2e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0696  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  63.16 
 
 		 164 aa  197  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.381333  normal  0.521985 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1103  Holliday junction resolvase  69.74 
 
 		 176 aa  194  6e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.788041  normal  0.52984 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3512  Holliday junction resolvase  60.76 
 
 		 169 aa  179  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.658473  normal  0.710668 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3217  Holliday junction resolvase  58.86 
 
 		 169 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.571528 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0151  Holliday junction resolvase  51.23 
 
 		 167 aa  169  3e-41  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2115  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  52.2 
 
 		 175 aa  168  4e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0681536  normal  0.335061 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0421  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  51.27 
 
 		 158 aa  167  8e-41  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.300701  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3604  Holliday junction resolvase  57.14 
 
 		 169 aa  167  9e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.758164  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1218  Holliday junction resolvase  52.83 
 
 		 168 aa  164  8e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.806199 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2639  Holliday junction resolvase  57.89 
 
 		 167 aa  163  1.0000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4272  Holliday junction resolvase  58.43 
 
 		 198 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0821163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4170  Holliday junction resolvase  57.83 
 
 		 232 aa  159  2e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1211  Holliday junction resolvase  52.98 
 
 		 172 aa  156  1e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0285  Holliday junction resolvase  57.14 
 
 		 189 aa  155  3e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.357314  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1647  Holliday junction resolvase  54.9 
 
 		 173 aa  155  4e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3523  Holliday junction resolvase  55.15 
 
 		 178 aa  154  5.0000000000000005e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1289  Holliday junction resolvase  60.24 
 
 		 174 aa  154  5.0000000000000005e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0004  Holliday junction resolvase  58.78 
 
 		 175 aa  153  1e-36  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.00000281167  normal  0.194479 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2726  Holliday junction resolvase  58.17 
 
 		 172 aa  152  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2328  Holliday junction resolvase  61.07 
 
 		 217 aa  152  2e-36  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0343755  normal  0.15621 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4806  Holliday junction resolvase  54.22 
 
 		 175 aa  152  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1704  Holliday junction resolvase  54.25 
 
 		 173 aa  151  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.723247  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0002  Holliday junction resolvase  57.89 
 
 		 176 aa  151  4e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3065  Holliday junction resolvase  51.33 
 
 		 169 aa  151  5e-36  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.31187  normal  0.469914 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0962  Holliday junction resolvase  58.33 
 
 		 189 aa  151  7e-36  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00555421 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0926  Holliday junction resolvase  58.33 
 
 		 189 aa  151  7e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.66838  normal  0.256944 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6909  Holliday junction resolvase  53.94 
 
 		 175 aa  151  7e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.293196 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3179  Holliday junction resolvase  53.37 
 
 		 171 aa  150  7e-36  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  50.98 
 
 		 164 aa  149  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  50.96 
 
 		 164 aa  147  1.0000000000000001e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0902  Holliday junction resolvase  57.05 
 
 		 189 aa  146  2.0000000000000003e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.577145 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1087  Holliday junction resolvase  56.21 
 
 		 169 aa  145  4.0000000000000006e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.109065  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  52.8 
 
 		 180 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  50.65 
 
 		 181 aa  144  1e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  49.68 
 
 		 180 aa  142  2e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 183 aa  142  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 183 aa  143  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  50.65 
 
 		 181 aa  143  2e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  51.3 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  52.94 
 
 		 181 aa  142  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  51.66 
 
 		 181 aa  142  4e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 		 284 aa  141  6e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  49.03 
 
 		 180 aa  141  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0930  Holliday junction resolvase  54.96 
 
 		 207 aa  141  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.811793 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  47.06 
 
 		 275 aa  141  6e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  48.47 
 
 		 182 aa  140  9.999999999999999e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  48.43 
 
 		 164 aa  140  9.999999999999999e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  47.74 
 
 		 180 aa  139  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  48.39 
 
 		 180 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  48.41 
 
 		 164 aa  139  3e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000174044 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  47.65 
 
 		 173 aa  139  3e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  48.39 
 
 		 180 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2141  Holliday junction resolvase  52.41 
 
 		 165 aa  138  4.999999999999999e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  48.39 
 
 		 180 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  47.74 
 
 		 180 aa  138  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  48.37 
 
 		 180 aa  138  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  48.37 
 
 		 180 aa  137  8.999999999999999e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  48.39 
 
 		 172 aa  137  1e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2906  Holliday junction resolvase  52.53 
 
 		 167 aa  137  1e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  49.33 
 
 		 183 aa  137  1e-31  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  49.02 
 
 		 171 aa  136  2e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000523238  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0336  Holliday junction resolvase  48.37 
 
 		 156 aa  135  2e-31  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.248302  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  48.5 
 
 		 186 aa  135  3.0000000000000003e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  48.5 
 
 		 186 aa  135  3.0000000000000003e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  48.03 
 
 		 176 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0784  Holliday junction resolvase  48.43 
 
 		 169 aa  135  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.193363  normal  0.216447 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0833  Holliday junction resolvase  48.47 
 
 		 182 aa  135  5e-31  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0886896 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  49.32 
 
 		 173 aa  134  6.0000000000000005e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  44.16 
 
 		 162 aa  132  3e-30  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  50.32 
 
 		 184 aa  132  3e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1109  Holliday junction resolvase  48.08 
 
 		 159 aa  132  3e-30  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000000183978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  48.7 
 
 		 161 aa  131  5e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0531  Holliday junction resolvase  49.69 
 
 		 183 aa  131  6e-30  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  49.33 
 
 		 173 aa  131  6.999999999999999e-30  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000786785  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01598  Holliday junction resolvase  47.97 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  45.7 
 
 		 180 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0060  Holliday junction resolvase  49.69 
 
 		 166 aa  129  2.0000000000000002e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  47.3 
 
 		 173 aa  129  2.0000000000000002e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1747  Holliday junction resolvase  44.64 
 
 		 170 aa  129  3e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.607448  normal  0.595925 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1346  Holliday junction resolvase  44.74 
 
 		 166 aa  129  3e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000000795843  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1582  Holliday junction resolvase  45.1 
 
 		 168 aa  129  3e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.330429  normal  0.489243 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1322  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  46.36 
 
 		 179 aa  129  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0725718  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0995  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  44.1 
 
 		 183 aa  129  3e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.410626  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3417  Holliday junction resolvase  48.08 
 
 		 182 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.124566  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0930  Holliday junction resolvase  49.08 
 
 		 182 aa  128  4.0000000000000003e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.515185  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0142  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  41.4 
 
 		 162 aa  128  6e-29  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1777  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  47.53 
 
 		 173 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00202932  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1109  Holliday junction resolvase  47.53 
 
 		 173 aa  127  7.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2599  Holliday junction resolvase  47.53 
 
 		 173 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109079  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1769  Holliday junction resolvase  47.53 
 
 		 173 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0125353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1956  Holliday junction resolvase  47.53 
 
 		 173 aa  127  7.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396234  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>