More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2362 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_2362  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  100 
 
 
430 aa  852  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.54755  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0666  cell cycle protein  42.3 
 
 
412 aa  258  2e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2319  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.05 
 
 
412 aa  255  1e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.074868  normal  0.706957 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0689  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.8 
 
 
409 aa  245  8e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.119595 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1114  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.38 
 
 
417 aa  240  3e-62  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0822323  normal  0.384948 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0565  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.59 
 
 
412 aa  234  1e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD1254  cell cycle protein MesJ, putative  32.08 
 
 
431 aa  216  4e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0978  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  39.49 
 
 
422 aa  207  2e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0172584  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1097  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  27.56 
 
 
434 aa  181  2e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0878  cell cycle protein MesJ  28.5 
 
 
433 aa  179  1e-43  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3082  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.64 
 
 
368 aa  160  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2125  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.61 
 
 
443 aa  160  6e-38  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.378443  normal  0.301003 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2711  tRNA(Ile)-lysidine synthase  45.07 
 
 
371 aa  150  3e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.658001  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5387  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  54.17 
 
 
342 aa  149  7e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4334  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.17 
 
 
345 aa  149  8e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.114566 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3507  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.86 
 
 
345 aa  149  9e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.381977  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5490  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.13 
 
 
339 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2413  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.76 
 
 
450 aa  144  3e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4841  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.62 
 
 
342 aa  141  3e-32  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0339142  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1316  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.67 
 
 
346 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5309  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.77 
 
 
347 aa  138  2e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6875  tRNA(Ile)-lysidine synthase  49.44 
 
 
358 aa  137  3e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.487527  normal  0.0484276 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4744  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.58 
 
 
346 aa  137  4e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.925373  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3637  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.3 
 
 
400 aa  136  7e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.845838  normal  0.200954 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0077  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  37.97 
 
 
326 aa  134  2e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4142  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  42.59 
 
 
347 aa  130  5e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3626  hypothetical protein  33.33 
 
 
454 aa  129  1e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0712602  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1817  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  49.46 
 
 
346 aa  126  8e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19753  normal  0.581265 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0779  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.15 
 
 
377 aa  126  9e-28  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0526339 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3492  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.28 
 
 
491 aa  122  1e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0309662  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0282  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  49.09 
 
 
344 aa  120  7e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.271533  normal  0.0151148 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0861  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.33 
 
 
442 aa  115  2e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3197  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.27 
 
 
492 aa  115  2e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.508884  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0869  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  22.41 
 
 
455 aa  114  4e-24  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3168  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.1 
 
 
446 aa  112  9e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0365  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.97 
 
 
390 aa  112  9e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2624  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.75 
 
 
453 aa  112  1e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0094  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.25 
 
 
454 aa  112  1e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0079  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.29 
 
 
509 aa  111  2e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2187  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  42.16 
 
 
444 aa  110  4e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.150034  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0402  tRNA(Ile)-lysidine synthetase, MesJ  36 
 
 
430 aa  110  5e-23  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.0260657  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0846  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.75 
 
 
469 aa  110  5e-23  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00012547  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0228  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.5 
 
 
473 aa  110  6e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1179  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
464 aa  109  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.34468  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00560  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.18 
 
 
468 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0427403  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.42 
 
 
471 aa  108  1e-22  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.0862311  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1464  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.91 
 
 
464 aa  109  1e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.727377  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1598  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  44.65 
 
 
284 aa  108  2e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.331107 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1636  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  42.22 
 
 
448 aa  108  2e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3027  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.9 
 
 
486 aa  108  3e-22  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00722625  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4968  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  43.33 
 
 
334 aa  107  3e-22  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.295349 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0068  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.81 
 
 
480 aa  107  4e-22  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.552857  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0977  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  31.72 
 
 
438 aa  107  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2735  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.08 
 
 
459 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  9.20326e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1692  hypothetical protein  42.22 
 
 
448 aa  107  4e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0541  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.06 
 
 
336 aa  106  7e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.41194  normal  0.862893 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0083  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.68 
 
 
481 aa  105  1e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.24629  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1051  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  30.24 
 
 
442 aa  105  2e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1004  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.64 
 
 
521 aa  103  5e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.925519  normal  0.368038 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0086  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.32 
 
 
470 aa  103  5e-21  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1222  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.53 
 
 
456 aa  103  7e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.633545  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0441  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  38.21 
 
 
321 aa  101  3e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.226465  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1618  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  39.66 
 
 
524 aa  101  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.0950801 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1442  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  41.01 
 
 
440 aa  100  3e-20  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0104  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  34.22 
 
 
455 aa  101  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.192858  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1810  cell cycle protein MesJ, putative  38.05 
 
 
471 aa  100  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0106411  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1097  PP-loop protein  37.91 
 
 
462 aa  100  6e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.873661  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0321  hypoxanthine phosphoribosyltransferase  36.29 
 
 
682 aa  100  7e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.124455 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0437  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.1 
 
 
349 aa  99.8  8e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  2.03685e-05  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2474  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.43 
 
 
469 aa  99.8  8e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0062  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like  36.06 
 
 
464 aa  99.8  9e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1671  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.56 
 
 
455 aa  99.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.121682 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.85 
 
 
335 aa  99.4  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.379803  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2788  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.43 
 
 
469 aa  99  2e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3087  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  37.56 
 
 
325 aa  99  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0825  hypothetical protein  35.56 
 
 
431 aa  98.2  2e-19  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0475  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.8 
 
 
449 aa  98.2  2e-19  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1551  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  29.63 
 
 
241 aa  98.2  2e-19  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  hitchhiker  7.25449e-11 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0850  hypothetical protein  35.56 
 
 
431 aa  98.6  2e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0872  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  25.7 
 
 
311 aa  98.6  2e-19  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.203605  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1627  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.85 
 
 
335 aa  97.8  3e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0996  cell cycle protein  38.8 
 
 
458 aa  98.2  3e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.44135e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0060  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  36.36 
 
 
464 aa  97.8  3e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1692  tRNA(Ile)-lysidine synthase  32.8 
 
 
449 aa  97.8  3e-19  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2248  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  40.22 
 
 
485 aa  97.8  3e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  7.93902e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0589  cell cycle protein MesJ  38.92 
 
 
445 aa  97.8  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0620316  normal  0.254248 
 
 
-
 
NC_009044  PICST_31371  predicted protein  28.3 
 
 
484 aa  97.1  5e-19  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1203  PP-loop  32.95 
 
 
476 aa  97.1  6e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2046  hypothetical protein  33.2 
 
 
454 aa  97.1  6e-19  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    hitchhiker  8.39704e-06 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1208  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  33.41 
 
 
438 aa  96.7  7e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.429523  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1125  PP-loop  38.54 
 
 
484 aa  96.7  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00891393  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1572  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  32.2 
 
 
462 aa  96.3  9e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.685949  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1088  tRNA(Ile)-lysidine synthetase-like protein  34.62 
 
 
487 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00200666  normal  0.0296865 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0148  MesJ/Ycf62 family protein  28.68 
 
 
432 aa  95.9  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0014  hypothetical protein  23.83 
 
 
401 aa  95.1  2e-18  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.709368  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0959  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  35.8 
 
 
425 aa  95.1  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0581  ATP/GTP hydrolase  30.27 
 
 
330 aa  95.1  2e-18  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17280  hypothetical protein  38.89 
 
 
442 aa  94.7  3e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0357  tRNA(Ile)-lysidine synthetase  34.05 
 
 
414 aa  94.7  3e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.173835  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1360  PP-loop  38.55 
 
 
445 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>