More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2349 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1126  type II secretion system protein E  74.85 
 
 		 484 aa  713    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.188659  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1905  putative Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  77.41 
 
 		 485 aa  709    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.094928  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0994  type II secretion system protein E  75.96 
 
 		 496 aa  730    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.010804  normal  0.584702 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0554  type II secretion system protein E  77.21 
 
 		 485 aa  705    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2349  type II secretion system protein E  100 
 
 		 485 aa  988    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.413673 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0302  type II secretion system protein E  77.69 
 
 		 484 aa  711    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1522  type II secretion system protein E  53.85 
 
 		 467 aa  530  1e-149  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2647  type II secretion system protein E  57.87 
 
 		 459 aa  509  1e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0641  type II secretion system protein E  57.38 
 
 		 456 aa  508  9.999999999999999e-143  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.677023  normal  0.303221 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6366  type II secretion system protein E  55.34 
 
 		 454 aa  502  1e-141  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.595615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4617  type II secretion system protein E  55.56 
 
 		 460 aa  501  1e-141  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.511137 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5324  type II secretion system protein E  56.14 
 
 		 462 aa  504  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0350722  decreased coverage  0.000466022 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6002  type II secretion system protein E  54.89 
 
 		 455 aa  500  1e-140  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.661496  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1316  type II secretion system protein  55.13 
 
 		 455 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2274  type II secretion system protein  53.38 
 
 		 455 aa  500  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5492  type II secretion system protein E  55.11 
 
 		 454 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0157969  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2966  type II/IV secretion system protein  55.13 
 
 		 455 aa  498  1e-140  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.265625  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6298  type II secretion system protein E  54.89 
 
 		 455 aa  499  1e-140  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6778  type II secretion system protein E  55.11 
 
 		 454 aa  499  1e-140  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.367997  normal  0.399772 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7195  Flp pilus assembly protein ATPase CpaF  54.76 
 
 		 455 aa  495  1e-139  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.141277  normal  0.285879 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3091  type II/IV secretion system protein  55.13 
 
 		 455 aa  498  1e-139  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3210  type II secretion system protein E  52.16 
 
 		 463 aa  496  1e-139  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.532215 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2555  type II secretion system protein E  53.73 
 
 		 464 aa  493  9.999999999999999e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.174933  normal  0.12963 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0588  type II secretion system protein E  54.83 
 
 		 454 aa  494  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.106283  normal  0.228191 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0545  type II secretion system protein E  53.83 
 
 		 454 aa  490  1e-137  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.732692 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0652  secretion ATPase protein  52.87 
 
 		 453 aa  487  1e-136  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.199713 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2569  type II secretion system protein E  51.18 
 
 		 463 aa  486  1e-136  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1528  type II secretion system protein E  55.31 
 
 		 457 aa  485  1e-136  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3009  type II secretion system protein E  54.99 
 
 		 445 aa  484  1e-135  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1161  type II secretion system protein E  49.9 
 
 		 469 aa  482  1e-135  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0799  type II secretion system protein E  54.55 
 
 		 452 aa  481  1e-134  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2761  type II secretion system protein E  56.93 
 
 		 416 aa  479  1e-134  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.580196 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1274  type II secretion system protein E  49.46 
 
 		 463 aa  477  1e-133  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0795  type II secretion system protein  53.64 
 
 		 472 aa  476  1e-133  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4396  type II secretion system protein E  54.37 
 
 		 481 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2366  putative pilus assembly protein  55.1 
 
 		 441 aa  475  1e-133  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.108206  normal  0.102588 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2354  type II secretion system protein E  55.42 
 
 		 452 aa  473  1e-132  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1918  type II secretion system protein E  53.25 
 
 		 442 aa  474  1e-132  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.250738  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1041  type II secretion system protein E  51.15 
 
 		 444 aa  472  1e-132  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.437209  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1752  Flp pilus assembly ATPase CpaF  51.06 
 
 		 451 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1682  type II secretion system protein E  52.38 
 
 		 465 aa  469  1.0000000000000001e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000847512 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0655  type II secretion system protein  54.03 
 
 		 479 aa  466  9.999999999999999e-131  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.181528 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2913  type II secretion system protein E  53.49 
 
 		 452 aa  467  9.999999999999999e-131  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1498  type II secretion system protein E  53.3 
 
 		 468 aa  465  9.999999999999999e-131  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2700  type II secretion system protein E  53.73 
 
 		 437 aa  466  9.999999999999999e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2738  type II secretion system protein E  54.33 
 
 		 624 aa  468  9.999999999999999e-131  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2019  type II secretion system protein E  53.88 
 
 		 442 aa  467  9.999999999999999e-131  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.547771  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4613  type II secretion system protein E  51.38 
 
 		 467 aa  463  1e-129  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2982  type II secretion system protein E  47.03 
 
 		 487 aa  460  9.999999999999999e-129  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.330952  hitchhiker  0.00479532 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2363  type II/IV secretion system protein  50.72 
 
 		 560 aa  460  9.999999999999999e-129  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.158902  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2825  type II secretion system protein E  52.33 
 
 		 450 aa  459  9.999999999999999e-129  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0804  type II secretion system protein E  52.91 
 
 		 473 aa  458  9.999999999999999e-129  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3355  type II secretion system protein E  50 
 
 		 488 aa  460  9.999999999999999e-129  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3206  type II secretion system protein E  52.28 
 
 		 437 aa  457  1e-127  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.235983 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3966  type II secretion system protein E  53.49 
 
 		 449 aa  457  1e-127  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.406102 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2116  type II secretion system protein E  50.9 
 
 		 457 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.768773  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1055  type II secretion system protein E  51.8 
 
 		 437 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1876  type II secretion system protein E  46.84 
 
 		 477 aa  452  1.0000000000000001e-126  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0748  FHA domain-containing protein  50.35 
 
 		 572 aa  449  1e-125  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0422  type II secretion system protein E  49.15 
 
 		 508 aa  449  1e-125  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3241  type II secretion system protein E  46.74 
 
 		 478 aa  445  1.0000000000000001e-124  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1856  type II secretion system protein E  50.43 
 
 		 521 aa  446  1.0000000000000001e-124  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.808966  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3116  type II secretion system protein E  49.89 
 
 		 491 aa  447  1.0000000000000001e-124  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.761799  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4203  type II secretion system protein E  49.78 
 
 		 484 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0834137  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1781  type II secretion system protein E  50 
 
 		 467 aa  444  1e-123  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.615567  normal  0.227871 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3716  type II secretion system protein E  48.91 
 
 		 490 aa  445  1e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.058843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0388  type II secretion system protein E  48.9 
 
 		 489 aa  442  1e-123  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1019  type II secretion system protein E  49.76 
 
 		 472 aa  444  1e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7034  putative secretory protein kinase, cpaF-like gene  51.69 
 
 		 433 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.473497 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0708  type II/IV secretion system protein E  46.71 
 
 		 589 aa  443  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.844285  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4479  type II secretion system protein E  51.2 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0298  type II secretion system protein E  50.97 
 
 		 488 aa  441  9.999999999999999e-123  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011879  Achl_4444  type II secretion system protein E  51.27 
 
 		 465 aa  441  9.999999999999999e-123  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00432597 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3523  type II secretion system protein E  51.21 
 
 		 482 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.779224  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2290  type II secretion system protein E  47.38 
 
 		 498 aa  440  9.999999999999999e-123  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4191  type II secretion system protein E  50.93 
 
 		 491 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0604  type II secretion system protein E  48.98 
 
 		 476 aa  441  9.999999999999999e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2381  type II secretion system protein E  51.42 
 
 		 483 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.587547  normal  0.373771 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2830  type II secretion system protein E  50.83 
 
 		 482 aa  439  9.999999999999999e-123  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2483  type II secretion system protein E  48.98 
 
 		 482 aa  435  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.930862 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0644  FHA domain-containing protein  50.36 
 
 		 569 aa  437  1e-121  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.61095 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0214  component of type IV pilus  48.42 
 
 		 492 aa  436  1e-121  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2045  type II secretion system protein E  50.11 
 
 		 458 aa  437  1e-121  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0948744  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2706  type II secretion system protein E  49.43 
 
 		 482 aa  436  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.542458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1109  type II secretion system protein E  48.58 
 
 		 608 aa  436  1e-121  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.280352  normal  0.0921606 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002649  type II/IV secretion system ATP hydrolase TadA/VirB11/CpaF TadA subfamily  53.54 
 
 		 458 aa  434  1e-120  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3794  type II secretion system protein E  47.47 
 
 		 480 aa  434  1e-120  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0875515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0726  type II secretion system protein E  46.25 
 
 		 492 aa  433  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.50497  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2316  type II secretion system protein E  51.82 
 
 		 677 aa  432  1e-120  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2411  type II secretion system protein E  52.02 
 
 		 485 aa  433  1e-120  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1852  type II secretion system protein E  51.15 
 
 		 470 aa  431  1e-119  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00303958  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0236  type II secretion system protein E  49.64 
 
 		 482 aa  428  1e-119  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.505122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3422  type II secretion system protein E  53.71 
 
 		 468 aa  427  1e-118  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.351074  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3490  type II secretion system protein E  46.8 
 
 		 478 aa  428  1e-118  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.057514 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5122  type II secretion system protein E  48.91 
 
 		 477 aa  426  1e-118  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0451051 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1833  type II secretion system protein E  50.12 
 
 		 437 aa  427  1e-118  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2694  type II secretion system protein E  50.24 
 
 		 474 aa  427  1e-118  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.00162868  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2639  type II secretion system protein E  52.15 
 
 		 491 aa  426  1e-118  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1515  secretory protein kinase, cpaF  50.26 
 
 		 432 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0638595  normal  0.0739759 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3793  type II secretion system protein E  50.76 
 
 		 485 aa  423  1e-117  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>