200 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2313 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2313  peptidoglycan binding domain-containing protein  100 
 
 		 596 aa  1192    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0641  peptidoglycan binding domain-containing protein  47.48 
 
 		 589 aa  465  9.999999999999999e-131  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.757288 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1855  hypothetical protein  46.19 
 
 		 593 aa  462  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2734  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.99 
 
 		 585 aa  461  9.999999999999999e-129  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0504  peptidoglycan binding domain-containing protein  46.37 
 
 		 593 aa  462  9.999999999999999e-129  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2405  hypothetical protein  45.3 
 
 		 576 aa  441  9.999999999999999e-123  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0566608  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0537  peptidoglycan binding domain-containing protein  25.08 
 
 		 412 aa  93.2  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.268147  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2423  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  32.08 
 
 		 388 aa  86.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00407497 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3612  TPR repeat-containing protein  28.79 
 
 		 403 aa  82.4  0.00000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.220413  normal  0.0189387 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2705  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.19 
 
 		 414 aa  78.2  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.169129  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1261  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  25.05 
 
 		 485 aa  75.9  0.000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6421  peptidoglycan binding domain-containing protein  29.38 
 
 		 513 aa  67.8  0.0000000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1528  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  31.31 
 
 		 311 aa  64.3  0.000000006  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2798  ATPase central domain-containing protein  30.35 
 
 		 855 aa  62.4  0.00000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.416059  normal  0.219212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0365  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.54 
 
 		 456 aa  62.8  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.396847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0421  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  26.27 
 
 		 406 aa  61.2  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1209  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.9 
 
 		 337 aa  61.2  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0047  peptidoglycan binding domain-containing protein  24.14 
 
 		 448 aa  58.5  0.0000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3784  protease Do  32.28 
 
 		 492 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4861  protease Do  32.28 
 
 		 492 aa  58.5  0.0000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.837631 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4612  peptidoglycan binding domain-containing protein  43.94 
 
 		 244 aa  56.2  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3107  protease Do  33.58 
 
 		 504 aa  56.2  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.202807  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0040  protease Do  34.31 
 
 		 484 aa  55.5  0.000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4743  peptidoglycan binding domain-containing protein  27.75 
 
 		 573 aa  55.1  0.000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.258371  normal  0.341295 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3400  trypsin-like serine protease  25.69 
 
 		 406 aa  55.5  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2930  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  26.95 
 
 		 363 aa  55.5  0.000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.0248751 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1934  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  27.71 
 
 		 364 aa  55.1  0.000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.82848 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0671  protease Do  28.08 
 
 		 473 aa  55.1  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0470073  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02108  protease signal peptide protein  32.28 
 
 		 490 aa  54.7  0.000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2013  peptidase S1C, Do  29.9 
 
 		 480 aa  54.3  0.000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.000140166  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0310  serine protease  31.91 
 
 		 495 aa  53.5  0.00001  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.636573  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1012  serine protease  31.91 
 
 		 495 aa  53.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0006  2-alkenal reductase  28.4 
 
 		 349 aa  53.1  0.00001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0590  2-alkenal reductase  27.17 
 
 		 453 aa  53.1  0.00001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.00000000722472  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0605  serine protease  31.91 
 
 		 483 aa  53.1  0.00001  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2439  serine protease  31.91 
 
 		 483 aa  53.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0848  serine protease  31.91 
 
 		 495 aa  53.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.580249  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0853  serine protease  31.91 
 
 		 495 aa  53.5  0.00001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0053  serine protease  31.91 
 
 		 483 aa  53.1  0.00001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0675  serine protease  31.91 
 
 		 495 aa  52.8  0.00002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0676  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  29.35 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.146995  normal  0.128944 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3965  protease Do  32.47 
 
 		 514 aa  52.4  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.938465  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1880  hypothetical protein  28.87 
 
 		 519 aa  52  0.00003  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2006  peptidase S1C, Do  32.62 
 
 		 493 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2645  protease Do  32.62 
 
 		 493 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2616  protease Do  32.62 
 
 		 493 aa  52  0.00003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0529  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.87 
 
 		 519 aa  52  0.00003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0934  trypsin domain protein  28.81 
 
 		 382 aa  51.6  0.00004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0075  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.78 
 
 		 459 aa  51.6  0.00004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.542735 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2676  HtrA2 peptidase  31.34 
 
 		 351 aa  51.6  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.0673345 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5947  peptidase S1C, Do  31.91 
 
 		 494 aa  51.2  0.00005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.314622 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2386  protease Do  33.78 
 
 		 491 aa  51.6  0.00005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.444921  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0481  protease  30.23 
 
 		 371 aa  51.2  0.00005  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.43704  normal  0.335547 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3620  multifunctional serine-type endopeptidase /oxidoreductase  32.19 
 
 		 487 aa  50.8  0.00006  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0388  protease Do  30 
 
 		 461 aa  51.2  0.00006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3922  peptidase S1 and S6 chymotrypsin/Hap  30.56 
 
 		 423 aa  50.8  0.00007  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.155869  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0682  protease Do  31.91 
 
 		 494 aa  50.8  0.00007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.160737  normal  0.370456 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1343  protease Do  30.87 
 
 		 481 aa  50.8  0.00007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.139056  normal  0.641282 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1716  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  31.4 
 
 		 280 aa  50.8  0.00007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.56437  normal  0.319195 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2663  protease Do  31.91 
 
 		 494 aa  50.4  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2536  protease Do  31.91 
 
 		 494 aa  50.4  0.00008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.483569  normal  0.898326 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0894  peptidoglycan-binding domain 1 protein  34.78 
 
 		 457 aa  50.4  0.00009  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0602  protease Do  31.72 
 
 		 516 aa  50.1  0.0001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000166487 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5561  peptidase S1C, Do  32.12 
 
 		 488 aa  50.1  0.0001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0731  peptidase S1C, Do  28.57 
 
 		 467 aa  50.1  0.0001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000553018  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3265  protease Do  31.51 
 
 		 504 aa  50.1  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01041  serine protease  32.47 
 
 		 373 aa  50.1  0.0001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.741511  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0214  peptidoglycan binding domain-containing protein  23.38 
 
 		 454 aa  50.4  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.103118 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4352  hypothetical protein  38.36 
 
 		 486 aa  50.1  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01061  serine protease  31.37 
 
 		 357 aa  49.7  0.0001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.057763  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1742  serine protease  29.47 
 
 		 461 aa  48.9  0.0002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.378867  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4354  hypothetical protein  34.19 
 
 		 477 aa  49.3  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2323  peptidase S1C, Do  27.37 
 
 		 463 aa  49.7  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.052989  normal  0.164438 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0088  Peptidoglycan-binding domain 1 protein  23.53 
 
 		 448 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00650  2-alkenal reductase  28.43 
 
 		 400 aa  48.9  0.0002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0701  serine protease  30.82 
 
 		 503 aa  49.3  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2494  serine protease  29.81 
 
 		 459 aa  49.3  0.0002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2200  serine protease  29.88 
 
 		 442 aa  49.7  0.0002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.550757  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0393  HtrA2 peptidase  30.82 
 
 		 397 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0384  2-alkenal reductase  30.82 
 
 		 383 aa  49.7  0.0002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1900  peptidase S1C, Do  32.62 
 
 		 489 aa  48.5  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0039  hypothetical protein  22.46 
 
 		 447 aa  48.5  0.0003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.304092  normal  0.27217 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3640  peptidase S1C, Do  29.58 
 
 		 487 aa  48.5  0.0003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.316615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0704  protease Do  30.97 
 
 		 500 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.762947  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3156  peptidase S1C, Do  26.32 
 
 		 464 aa  48.9  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.967436  normal  0.845897 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1086  protease Do  30.97 
 
 		 501 aa  48.5  0.0003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0760064 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0999  protease Do  28.93 
 
 		 461 aa  48.1  0.0004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3999  peptidoglycan binding domain-containing protein  40.35 
 
 		 568 aa  48.1  0.0004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.121283  normal  1 
 
 
-
 
NC_009359  OSTLU_31659  predicted protein  27.32 
 
 		 550 aa  47.8  0.0005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0143795  normal  0.0189648 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1014  peptidase S1C, Do  26.47 
 
 		 476 aa  47.8  0.0005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2247  ATPase  26.47 
 
 		 464 aa  47.8  0.0005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000505452  normal  0.0343548 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1243  2-alkenal reductase  31.84 
 
 		 397 aa  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.904095  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1175  2-alkenal reductase  31.84 
 
 		 397 aa  48.1  0.0005  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.561238  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0471  protease Do  30.82 
 
 		 500 aa  47.8  0.0006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0438945 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1115  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  31.84 
 
 		 334 aa  47.8  0.0006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0618  peptidoglycan binding domain-containing protein  22.93 
 
 		 460 aa  47.8  0.0006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.559119  normal  0.773085 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2464  HtrA2 peptidase  29.8 
 
 		 415 aa  47.8  0.0006  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2320  PDZ/DHR/GLGF  31.79 
 
 		 351 aa  47.4  0.0007  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.47953 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0736  peptidase S1 and S6, chymotrypsin/Hap  30.34 
 
 		 386 aa  47.4  0.0007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.00000000182436  normal  0.877655 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3198  protease Do  27.91 
 
 		 474 aa  47.4  0.0007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>